Phoenix WinNonlin | PML代码模型之靶点介导的药物处置(TMDD)模型

学术   2024-05-29 14:47   江苏  


本文旨在教给大家通过Phoenix WinNonlin中实现TMDD模型的建立,包含Partial MM消除的经验模型和Full TMDD/QE/Qss等模型,并且对几种模型的选择提供一些参考。



靶点介导的药物处置(TMDD)

介绍

1993 年,Gerhard Levy 首先提出了靶点介导的药物处置( target mediated drug disposition,TMDD) 理论,用于描述药物与生物靶点(例如,受体)的高亲和力的现象,并阐述TMDD对药物体内药代动力学(PK)和药效动力学(PD)的影响。一般小分子药物在体内靶点饱和的情况在模型拟合中经常被忽略,是因为在血浆或者组织中非特异性靶点容量很大,很难被饱和。某些药物,特别是单抗大分子药物,由于其分子量大,药物分布和消除都和一般药物具有很大不同,且具有靶点特异性,那么靶点介导的药物处置过程就不容忽视。


下图为大分子单抗不同剂量下的典型药时曲线(浓度取对数),通常我们将其分成4个阶段:

第一阶段

药物与靶点间快速形成平衡。

第二阶段

靶点处于饱和状态,药物主要通过异化作用消除,一级动力学,所以曲线呈现线性特征。

第三阶段

靶点的饱和状态逐步减弱,此时靶点介导药物处置,这一消除途径的影响越来越明显,总体呈现为非线性 PK。

第四阶段

药物浓度进一步降低,靶点远未达饱和,靶点介导的消除和异化作用都为一级动力学过程,总体又呈现为线性PK [1]


图 | 大分子单抗不同剂量下的典型药时曲线

(浓度取对数)


靶点介导的药物处置(TMDD)

常用模型

米氏消除+一级线性消除的经验模型[2]

靶点介导的药物处置(TMDD)常用模型


TMDD 半机制模型

靶点介导的药物处置(TMDD)常用模型


全TMDD 模型对应的微分方程:


TMDD QE/Qss 模型

靶点介导的药物处置(TMDD)常用模型


QE 近似模型:配体-受体结合和解离比其余的系统过程快几个数量级,所以可以假设 Km(复合物内化)远小于 Koff(解离) ,通过一个解离平衡常数 KD 来代替 Kon 和 Koff,完成模型简化:


Qss 近似模型:接着还可以把复合物内化速率和配体-受体结合解离看成一个整体,用 Kss 表示(复合物内化消除速率和结合-解离速率相当,不可忽略),就简化为 Qss 模型:


 实操环节

教程使用的数据和代码可通过文末方式进行下载


米氏消除+一级线性消除的经验模型

01

准备数据:


02

打开 Phoenix WinNonlin 软件,

File → New project,Import 准备好的数据,将数据发送到XY plot 作图:

注意图中标红的部分,这是 TMDD(或者非线性消除)的典型特征,最好能够有不同剂量的 PK数据,因为剂量太低或者太高,TMDD 特征都不是很明显。


03

将数据 send to→Phoenix model(Maximum likehood model),先设置静脉二房室的基础模型。


04

随后点击右侧的 Edit as graphical 转成图形编辑模式,添加一条新的消除途径, 并将其设置为 Saturating。


05

映射好数据,设置好初始值,将算法设置为 Naïve Pool。


06

运行该任务,即可查看拟合结果。


Full TMDD 模型

01

使用相同数据,send to → Phoenix model(Maximum likehood model ),点击右边的 Edit as textual 切换成代码模式:


02

在 Model 中替换为以下代码[3]

test(){

    deriv(A1 = (-Cl*C -Cld*(C-C2) -(kon*C*R -koff*LR)*V))

    deriv(A2 = Cld * (C-C2))

    deriv(R = kin -kout*R -kon*C*R + koff*LR)

    deriv(LR = kon*C*R - koff*LR - keRL*LR)

    C = A1/V

    C2 = A2/Vt

    kin = R0*kout  

    dosepoint(A1)

    sequence{R = R0}

    error(CEps = 0.1)

 #error(REps = 0.1) #当需要增加该观测变量时,去掉前面的井号;

 #error(LREps = 0.1) #当需要增加该观测变量时,去掉前面的井号;

    observe(CObs = C + C*CEps)

 #observe(RObs = R + R*REps)#当需要增加该观测变量时,去掉前面的井号;

#observe(LRObs = LR + LR*LREps) #当需要增加该观测变量时,去掉前面的井号;

    fixef(V = c(, 0.1, ), Vt = c(, 0.1, ), Cl = c(, .01, ), Cld = c(, 0.005, ), R0 = c(, 15, ))

    fixef(kon = c(, 0.091, ), koff = c(, 0.0011, ), kout = c(, 0.014, ), keRL = c(, .0036, ))

    secondary(Kd = koff / kon, Km = (koff + keRL)/kon)

}

滑动上方,查看完整代码


备注:

· 前面带#号的 "observe()" 和 "error()" 是成对的,增加对应的观测变量时,成对的"observe()" 和 "error()" 前面的#号要求一起去掉;

· fixef()语句是表示参数初值设置的地方


03

在 main 中进行数据映射,run options 中将算法设置为 Naïve Pool。


04

运行该任务,查看结果:

我们可以对比一下分别提供 C,C+R 和 C+R+LR 观测值的拟合结果。


我们从拟合图看到,你和效果差不多,但是从参数 (Theta)结果可以看到,当用户提供的信息越多,越丰富,参数拟合的精度也越高(RSE%越小)。但是通常来说,大多数时候,我们只有配体的数据,这也是在做 Full TMDD 模型时候的困境。


 TMDD 简化模型

当数据有限时,比如只有配体的数据,那么 QE/Qss 等简化 TMDD 模型[4][5],或许是不错的选择。TMDD 简化模型原理我们在第二部分常用模型中已经介绍,使用方法依然是复制代码至 model 中使用,和前面的 Full TMDD 模型相同,代码如下:


代码

QE模型PML代码

test(){

#Adapted from Gibiansky et al. 2008 Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics". Parameterized for CL.

 

dosepoint(Atot)

#给药剂量单位应换算为 pmol/kg. pmol (dose) / mL (Volume) = nM. 对于分子量为150KDa的分子来说,6700 pmol/kg 约等于 1 mg/kg

deriv(Atot = (-Kint*Ctot -((CL/V1)+(Q/V1)-Kint)*C1)*V1 + Q*C2)

Kint = Kdeg

Ctot = Atot / V1

C1 = 1/2*((Ctot-Rtot-KD)+sqrt((Ctot-Rtot-KD)^2+4*KD*Ctot))  

Cugml = C1*0.15

#假设分子量为150KDa,将nM转换为观测数据的ug/mL的单位,如果分子不是150KDa,请按照实际分子量设置此处。

deriv(A2 = Q*C1 - Q*C2)  

C2 = A2/V2

#Target:靶点部分的代码

Ksyn = R0 * Kdeg

deriv(Rtot = Ksyn - Kdeg*Rtot-(Kint-Kdeg)*(Ctot-C1) )

Complex = Rtot*C1/(KD+C1)

Rfree = Rtot - Complex

ROpercent = Complex / Rtot * 100

error(CEps=0.1)     

observe(CObs = Cugml*(1+CEps))     

sequence{  

Rtot = R0

}

stparm(V1 = tvV1)        

stparm(V2 = tvV2)

stparm(R0 = tvR0)

stparm(CL = tvCL)

stparm(Q = tvQ)  

stparm(KD = tvKD)

#stparm(Kint = tvKint)

#degradation/internalization of complex. Add this to the model if the degradation of complex is different from degradation of free Receptor

 

stparm(Kdeg = tvKdeg)

# degradation of Receptor.


fixef(tvR0 = c(, 12,)) # nM; steady state conc of the receptor

fixef(tvV1 = c(, 0.05, )) # ml/kg; Volume of central comp

fixef(tvV2 = c(, 0.1, )) # ml/kg; Volume of peripheral comp

fixef(tvCL = c(, 0.001, )) # ml/kg/d; Clearance

fixef(tvQ = c(, 0.003, ))  # ml/kg/d; Intercompartmental clearance

fixef(tvKD = c(, 9, )) # nM; KD = dissociation constant = koff/kon

#fixef(tvKint = c(,0.2,)) #degradation of complex. Add this to the model if the degradation of complex is different from degradation of free receptor      

fixef(tvKdeg = c(, 0.003, )) # 1/d; degradation rate of receptor. T1/2 = ln2/kdeg.

}

滑动上方,查看完整代码


代码

Qss模型PML代码

test(){

#Adapted from Gibiansky et al. 2008 Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics". Parameterized for CL.


dosepoint(Atot)#给药剂量单位应换算为 pmol/kg. pmol (dose) / mL (Volume) = nM. 对于分子量为150KDa的分子来说,6700 pmol/kg 约等于 1 mg/kg 

#mAb

deriv(Atot = (-Kint*Ctot -((CL/V1)+(Q/V1)-Kint)*C1)*V1 + Q*C2) #总药量变化微分方程

Kint = Kdeg 

Ctot = Atot / V1 

C1 = 1/2*((Ctot-Rtot-Kss)+sqrt((Ctot-Rtot-Kss)^2+4*Kss*Ctot))

Cugml = C1*0.15

deriv(A2 = Q*(C1 -C2)) 

C2 = A2/V2

#Target:靶点部分的代码

Ksyn = R0 * Kdeg

deriv(Rtot = Ksyn - Kdeg*Rtot-(Kint-Kdeg)*Complex )

Complex = Rtot*C1/(Kss+C1)

Rfree = Rtot - Complex 

ROpercent = Complex / Rtot * 100

error(CEps=0.1)

observe(CObs = Cugml*(1+CEps))

sequence{

Rtot = R0

}

stparm(V1 = tvV1)

stparm(V2 = tvV2)

stparm(R0 = tvR0)

stparm(CL = tvCL)

stparm(Q = tvQ)

stparm(Kss = tvKss)

#stparm(Kint = tvKint)#degradation/internalization of complex. Add this to the model if the degradation of complex is different from degradation of free Receptor

stparm(Kdeg = tvKdeg)# degradation of Receptor. 

fixef(tvR0 = c(, 12,))# nM; steady state conc of the receptor

fixef(tvV1 = c(, 0.05, ))# ml/kg; Volume of central comp

fixef(tvV2 = c(, 0.1, ))# ml/kg; Volume of peripheral comp

fixef(tvCL = c(, 0.001, ))# ml/kg/d; Clearance

fixef(tvQ = c(, 0.003, ))# ml/kg/d; Intercompartmental clearance

fixef(tvKss = c(, 9, ))# nM; Kss = steady state constant =(koff+Kint)/kon

 #fixef(tvKint = c(,0.2,))#degradation of complex. Add this to the model if the degradation of complex is different from degradation of free receptor

fixef(tvKdeg = c(, 0.003, ))# 1/d; degradation rate of receptor. T1/2 = ln2/kdeg.

}

滑动上方,查看完整代码


模型参数初始值

图 | 治疗性单克隆抗体的典型参数范围


上表是一些单克隆抗体参数的参考范围,可以通过这个表格来换算一些参数的初值。另外,一些配体受体亲和力参数,比如Kon,Koff,Kdeg等可以参考非临床或者体外试验的一些结果,可以更好的帮助大家获取参数初值。


总结     

上面提到的多个模型,结合文献[6],我们可以对模型的选择做个总结:

1. 从研究目的出发:

· 如果目的是为了首次临床剂量的推算,那么完整的TMDD或者基于生理的TMDD模型更加合适

· 如果研究目的是为了预测数据进行末端半衰期的计算,Qss模型将不是合理的选择,因为它不能准确预测药物末端相的药动学行为,此时QE将是更好的选择。


2. 考虑获取数据的局限:

· 只有配体浓度数据时,简化的TMDD模型或经验模型是更好的选择

· 如果游离受体浓度远大于药物浓度时,则QE模型可能是无效的,准确性无法保证(主要是低剂量的时候)

· 数据信息量比较不足时,采样点不充分,时间不够长,MM经验模型或许是一种稳健的选择。


总之,我们可以根据目的和数据情况,综合判断可以选择哪些模型来做。



参考文献:

1. Peletier L A, Gabrielsson J. Dynamics of target-mediated drug disposition: characteristic profiles and parameter identification[J]. Journal of pharmacokinetics and pharmacodynamics, 2012, 39: 429-451.

2. Gabrielsson J, Weiner D. Pharmacokinetic and Pharmacodynamic Data Analysis, Concepts and Applications, 5th ed.

3. Mager D E, Jusko W J. General pharmacokinetic model for drugs exhibiting target-mediated drug disposition[J]. Journal of pharmacokinetics and pharmacodynamics, 2001, 28: 507-532.

4. Mager D E, Krzyzanski W. Quasi-equilibrium pharmacokinetic model for drugs exhibiting target-mediated drug disposition[J]. Pharmaceutical research, 2005, 22: 1589-1596.

5. Gibiansky L, Gibiansky E, Kakkar T, et al. Approximations of the target-mediated drug disposition model and identifiability of model parameters[J]. Journal of pharmacokinetics and pharmacodynamics, 2008, 35: 573-591.


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