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本文带来近期在基因编辑CRISPR方面的全球最新研究进展和工业界成果

热门话题

• HuidaGene Therapeutics 的研究人员开发出一种高保真RNA靶向系统hfCas13Y，用于降低MECP2重复综合征 (MDS)中的 MECP2 蛋白水平。通过 AAV9 递送，hfCas13Y-g MECP2可纠正转基因小鼠的基因表达、改善行为并延长其存活时间。在猴子中，单次注射可使整个大脑的MECP2表达降低约 52%。该方法为治疗 MDS 和其他剂量敏感疾病提供了一种有希望的策略。
• 科学家们开发出了一种新型环状单链 DNA 技术，该技术能够在各种细胞类型中实现高效的基因整合，成功率高达 70%。该系统可携带长达 20 kb 的基因序列，为 CAR-T 细胞疗法的发展带来希望。https://www.nature.com/articles/s41587-024-02504-9
  

基础研究

• CRISPR-Cas9 筛查已确定 406 个黑色素瘤基因，可进行亚型分析（C1-C3），具有不同的预后和免疫特征。热肿瘤亚型 C1 显示出最佳生存率，而冷肿瘤亚型 C3 的结果最差。包括RABIF在内的基因模型将低风险热肿瘤与更长的生存期联系起来。RABIF抑制可减少黑色素瘤的生长，为改进免疫治疗策略提供了见解。https://link.springer.com/article/10.1007/s00403-024-03633-6
• 体内 CRISPR 筛选揭示了癌细胞 CD28 通过稳定 Cd274 mRNA 和上调 PD-L1 促进免疫逃逸的新作用。CD28缺失激活cDC1和 CD8+ T 细胞，抑制肿瘤生长并克服 TNBC 模型中的抗 PD-1 耐药性。靶向CD28为增强乳腺癌免疫治疗提供了一种有希望的策略。https://www.cell.com/cancer-cell/abstract/S1535-6108(24)00443-4
• 加州大学圣地亚哥分校的研究人员开发了SCHEMATIC 资源，这是一种利用组合 CRISPR 基因敲除来识别各种癌症背景下的合成致死基因相互作用的系统方法。该方法将基因相互作用筛选与药物基因组学相结合，以增强精准肿瘤学。https://www.nature.com/articles/s41588-024-01971-9
• CRISPR 阵列组装的新策略可实现高效多路复用，在单个反应中最多可组装 12 个 crRNA（AsCas12a）和 15 个 crRNA（RfxCas13d）。Pol II 和 Pol III 启动子驱动的阵列显示出不同的表达模式，针对特定应用进行了优化。这种方法简化了多路复用 CRISPR，可用于解剖复杂的细胞网络并推进多靶点基因疗法。https://www.cell.com/molecular-therapy-family/nucleic-acids/fulltext/S2162-2531(24)00315-9
• CRISPR-Cas9 已用于删除人类 iPSC 中RUNX1基因附近的非编码 GWAS 位点，证明了非编码变体在骨形成中的调节作用以及基因组编辑在治疗骨病方面的潜力。这些编辑增强了体外成骨作用和体内骨再生，可能是通过上调RUNX1长同工酶和其他靶标（如SETD4）实现的。https://www.nature.com/articles/s41413-024-00369-x
• 双载体系统使用第三代腺病毒 (AdV) 进行 CRISPR-Cas9 传递，使用单链 AAV 进行供体 DNA 传递，可通过同源重组或 HMEJ 实现精确的转基因插入，效率高达 93%。高保真核酸酶可最大限度地减少脱靶 AAV 插入，为多功能、有效的基因组编辑提供了一种协调、无选择的方法。https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae1213/7919506?login=false
• CRISPR-Cas12a 诊断已针对使用 ARTEMIS 的单核苷酸变异 (SNV) 检测进行了优化，ARTEMIS 是一种计算机模拟工具，可识别 Cas12a 种子区域中的 SNV。crRNA中的合成错配增强了特异性，可检测 928 种临床相关变异，包括BRAFV600E和TP53V272M。Cas12a可可靠地识别患者来源的 cfDNA 中的 SNV，从而推动精准、经济高效的癌症诊断和个性化医疗的发展。https://www.cell.com/cell-reports-methods/fulltext/S2667-2375(24)00302-3
• CRISPR 碱基编辑筛选已确定影响 DNA 损伤反应的赖氨酸突变和基因。C17orf53 K494突变通过破坏 RPA 相互作用增加了顺铂敏感性，而STK35则成为一种新型 DDR 调节剂。这些发现为基因组稳定性机制提供了见解，并突出了与癌症治疗具有潜在相关性的变异。https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(24)01398-6
• 研究表明，CRISPR-Cas9 对BCL11A +58 和 +55 增强子的双重编辑可通过破坏关键调控基序来增强 HSPC 中的 HbF 诱导。编辑静止细胞可避免长片段缺失和微核，从而在 SCD 模型中保留 HSC 植入和 HbF 功效。该策略为 β-血红蛋白病疗法提供了更高的安全性和效力。https://www.cell.com/cell-stem-cell/abstract/S1934-5909(24)00400-4
• 结合 iMXene 催化和 CRISPR/dCas9 递送的级联修复系统增强了益生菌对炎症性肠病的治疗效果。它中和活性氧物质，激活抗炎 NLRP12，促进鼠李糖乳杆菌定植，减少炎症并恢复肠道菌群。实验模型显示肠道修复效果显著，健康状况改善，凸显了创新炎症性疾病治疗的潜力。https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.202412429
• CRISPR-Cas9 介导的同源性定向修复纠正了患者来源的 iPSC 中的 TSC2 致病变异，包括 GAP 域中的剪接受体突变和错义突变。这些同源系为结节性硬化症的建模和促进这种常染色体显性遗传病的治疗发展提供了宝贵的工具。https://www.liebertpub.com/doi/10.1089/crispr.2024.0079

临床和临床前

• Vor Bio的1/2 期 VBP101 试验针对 trem-cel（经 CRISPR/Cas9 基因编辑修饰以缺乏 CD33 的 CD34+ 细胞）与 Mylotarg 联合用于高风险 AML 移植后患者，结果令人鼓舞。数据亮点包括可靠的植入（100% 中性粒细胞恢复，中位数为 9.5 天）、血细胞计数保存以及 Mylotarg 治疗窗口扩大。Trem -cel制造实现了较高的 CD33 编辑效率（中位数为 90%）。FDA 反馈支持注册试验设计。
• Beam Therapeutics的BEAM-101在 ASH 2024 上公布的1/2 期 BEACON 试验中表现出了强大的疗效，该试验针对严重镰状细胞病。所有七名患者均实现了 >60% HbF、<40% HbS 和贫血缓解。观察到快速中性粒细胞（17 天）和血小板（19 天）植入，溶血标志物正常化，植入后无 VOC。安全性与白消安预处理一致，证实了 BEAM-101 转变 SCD 治疗的潜力。
• Beam Therapeutics已证明其ESCAPE 平台将碱基编辑的 HSC（BEAM-104）与抗 CD117 抗体（BEAM-103）相结合，在非人类灵长类动物中发挥作用。该方法可实现持久的 HbF 生成（>80% 的细胞表达 γ-珠蛋白）、正常的造血功能，并且与基因毒性方案相比毒性降低。临床开发正在计划中。
• HuidaGene Therapeutics已在其 MUSCLE 试验中为 HG302 的第一位患者给药， HG302 是一种基于 CRISPR 的疗法，针对杜氏肌营养不良症 (DMD)。HG302 使用专有的 hfCas12Max 核酸酶进行精确的外显子 51 跳跃，通过单个低剂量 AAV 载体递送，最大限度地降低免疫相关风险。这种方法旨在克服与高剂量 AAV 疗法相关的安全问题，为 DMD 患者提供一种可能更安全的一次性治疗，以恢复肌营养不良蛋白的产生。
• Fate Therapeutics的FT819是一种现成的 CD19 靶向 CRISPR 设计的 CAR T 细胞疗法，在中度至重度系统性红斑狼疮 (SLE) 伴有狼疮性肾炎的 1 期研究中显示出良好的结果。在接受无氟达拉滨治疗的三名患者中，观察到快速的 CD19+ B 细胞耗竭、无严重不良事件和持久缓解。第一名患者在第 6 个月实现了无药物缓解和免疫重置。
• Poseida Therapeutics在 ASH 年会上展示了其两种 Cas-CLOVER 编辑同种异体 CAR-T 疗法的有希望的数据。P-BCMA-ALLO1 在复发/难治性多发性骨髓瘤中的 1 期结果显示，优化淋巴细胞清除组中的总体反应率为 91%，其中 BCMA 初治患者的反应率为 100%。双靶向 P-CD19CD20-ALLO1 的临床前研究结果显示其具有优异的抗肿瘤活性，并证明了使用 T 细胞接合器可持久地重新激活 CAR-T。
• Vertex Pharmaceuticals在 ASH 2024 上展示了长期数据，表明CRISPR-Cas9 疗法 CASGEVY 对镰状细胞病 (SCD) 和β-地中海贫血 (TDT) 具有持久益处。在 SCD 中，93% 的患者在平均 30.9 个月的时间内没有出现血管闭塞性危象。在 TDT 中，98% 的患者在平均 34.5 个月的时间内实现了输血独立性。持续的生活质量改善和稳定的 HbF 水平凸显了其变革潜力。
• CRISPR Therapeutics在 ASH 2024 上展示了CTX112 的 1/2 期有希望的数据，CTX112 是一种用于治疗复发/难治性 CD19 阳性 B 细胞恶性肿瘤的同种异体 CRISPR-Cas9 编辑 CAR-T 疗法。在各种剂量水平下， CTX112实现了 67% 的客观缓解率和 50% 的完全缓解率，并在六个月内持续缓解。该疗法显示出良好的安全性，没有剂量限制性毒性或严重不良事件，凸显了其作为可扩展的现成 CAR-T 选项的潜力。
• Editas Medicine报告了RUBY 试验中积极的中期数据，该试验针对 reni-cel (EDIT-301) 治疗严重镰状细胞病- 自体 CD34+ 造血干细胞和祖细胞 (HSPC)，使用 CRISPR-AsCas12a 在HBG1/2基因启动子中进行编辑。在 28 名患者中，有 27 名患者在治疗后没有出现血管闭塞事件，并且reni-cel导致总血红蛋白（6 个月时平均为 13.8 g/dL）和 HbF（48.1%）持续增加。
• Be Biopharma即将启动其 BeCoMe-9 试验，评估 BE-101 治疗 B 型血友病的效果。BE-101 是一种使用 CRISPR-Cas9 基因改造的自体 B 细胞来表达人类 IX 因子 (hFIX) 的疗法，可提供持续、可重复给药的 hFIX 水平以减少出血事件。该疗法已获得孤儿药和快速通道资格，旨在证明其 1/2 期试验的安全性和有效性，推动 B 细胞医学成为变革性治疗平台。

工业界

• SNIPR Biome从欧洲投资银行获得了高达2000 万欧元的 HERA Invest 资金，用于对抗抗生素耐药性。SNIPR 使用基于 CRISPR 的技术，针对大肠杆菌等多重耐药细菌。这笔资金支持其主要疗法SNIPR001，用于预防血液感染，彰显了欧洲对健康创新和应对全球生物威胁的承诺。

• Cellectis已从欧洲投资银行获得了4000 万欧元信贷额度中的最后 500 万欧元，用于推进其同种异体 CAR T 细胞疗法 UCART22 和 UCART20x22的研发。这笔款项包括发行 611,426 份认股权证，允许欧洲投资银行以每股 1.70 欧元的价格购买股票。这笔款项将在六年内到期，年利率为 6%，用于支持 Cellectis 的细胞疗法产品线开发。

• ProQR Therapeutics扩大了与 RSRT 的雷特综合征合作，获得 910 万美元资金，用于推进 AX-2402（一种针对 MECP2 R270X 突变的 Axiomer RNA 编辑疗法）进入临床试验。该平台有可能解决各种雷特突变，影响广泛的患者群体。此次合作旨在加速这种严重神经发育障碍的转化疗法，该障碍存在大量未满足的需求。
• Editas Medicine正将重点完全转向基于 CRISPR 的体内疗法，目标是在两年内实现人体概念验证。临床前突破包括使用 tLNPs 编辑 HBG1/2 启动子以诱导镰状细胞和β-地中海贫血中的 HbF，以及在灵长类动物中进行高效肝脏编辑。该公司将裁员 65%，停止 reni-cel 开发，并将其现金流延长至 2027 年第二季度。
• 英国医学研究委员会已启动两个研究卓越中心 (CoRE)，其中包括治疗基因组学中心，14 年来获得高达 5000 万英镑的支持。该中心将与创新基因组学研究所合作，开发可扩展的、人工智能驱动的方法，重新编程无法治愈的遗传疾病的基因疗法，旨在降低成本并加快监管审批。初步目标包括血液、眼部和脑部疾病。
• Chroma Medicine和Nvelop Therapeutics合并成立了 nChroma Bio，将先进的表观遗传编辑与可编程非病毒传递相结合，以扩大基因医学的范围。在 7500 万美元融资的支持下，nChroma 将利用 DNA 安全的基因表达调节，推进其用于治疗乙型肝炎和丁型肝炎的领先候选药物 CRMA-1001。该公司旨在开拓针对肝脏和肝外疾病的新型体内疗法。

• 一种新型 LAMP-CRISPR/Cas12b 方法能够快速、单管检测环境样本中的弓形虫。该方法以B1基因为目标，结合了等温扩增、基于 CRISPR 的识别和横向流动试纸条，以获得直观的结果。该方法具有高度特异性和灵敏度，在 0.1 个卵囊灵敏度下检测到 9 种弓形虫基因型，并在 112 个环境样本中显示出 100% 的准确率，为人畜共患疾病监测提供了有力的工具。https://link.springer.com/article/10.1186/s40249-024-01266-5

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