香菇菌种接种成活率及发菌速度正常，但在使用后，制袋成活率低。可能的原因有：香菇菌种老化或菌龄不足、菌种培养料配方不合理、菌种装瓶或装袋过松、制袋过松、人为操作失误。
解决的办法：及时使用已成熟菌种（如暂时不用可冷藏10-30天），制作菌种时应选用适合的培养料，精确称量各配方重量，装瓶或装袋不可过松，菌种过松在制袋接种时可造成菌种散碎，严重影响制袋时的接种成活率，制作栽培袋时不可过于松散，栽培袋过松影响接种的成活率，人为接种不熟练也影响菌种的成活率。
总而言之，香菇菌种制作过程中，只有对配料、装瓶（袋）、灭菌、接种、发菌管理等环节正确把握，对含水量、装料松紧度、发菌温度等需要精确把握，才能生产出优质的香菇菌种，为生产制袋打好基础。
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