背景
月经周期中阴道微生物群的组成是动态的，有些女性保持正常菌群或菌群失调状态，而另一些则在这两种状态之间转换。究竟是什么决定了这些动态变化，以及这些差异是由微生物本身决定还是主要受宿主影响，仍不清楚。为了解决这一问题，我们对 49 名健康的年轻女性在月经周期中每日采集的阴道拭子进行了元基因组测序。我们对阴道微生物群的动态进行了分类，并评估了宿主行为的影响，以及微生物群在物种、菌株、基因和噬菌体层面的差异。
结果
根据月经周期中群落状态类型 (CST) 的每日变化，阴道微生物群被分为四种阴道群落动态 (VCD)，并在名为 VALODY 的分类工具中报告：稳定健康菌群、持续菌群失调、月经相关和不稳定失调。我们比较了四种 VCD 之间细菌、噬菌体和细菌基因含量的丰度。即使分配到同一群落状态类型，具有不同 VCD 的女性在相对噬菌体丰度和细菌组成方面也表现出显著差异。具有不稳定 VCD 的女性噬菌体数量较高，更可能以 L. iners 为主，其阴道加德纳菌更可能携带细菌素编码基因。
结论
VCD 提出了一种新颖的时间序列分类，揭示了不同程度阴道菌群失调的复杂性。了解噬菌体基因丰度和菌株差异，可以更深入地理解永久性菌群失调的发生和维持。应用 VCD 进一步表征不同类型的微生物群动态，有助于对疾病的研究，并能在个体和群体层面进行比较。根据我们的数据，临床医生需要两到三个周期中期样本和两个月经期样本，才能将菌群失调样本准确归类到 VCD 中。未来，研究暂时性 VCD 是否与持续性菌群失调具有类似的风险特征及临床结果，将变得至关重要。这一框架有助于跨学科团队解读阴道微生物群在女性健康和生殖中的作用。
期刊简介
BMC 开放获取期刊 Microbiome 致力于为微生物生态学的研究人员提供一个良好的学术研讨平台。期刊接收范围包括微生物群在人类、动物、植物或环境中定殖的研究。
2023 IF：13.8
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Defining Vaginal Community Dynamics: daily microbiome transitions, the role of menstruation, bacteriophages, and bacterial genes
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