背景
食源性细菌单核细胞增生李斯特菌（Lm）会引发一系列疾病，从轻度胃肠炎到在高危人群中具有较高致死率的侵袭性感染。了解侵袭性Lm的种群基因组结构对于制定在地方和区域社区中最有效的公共卫生干预措施和感染控制政策至关重要。
方法
研究人员对美国纽约州 58 个县在为期二十年的主动监测计划中采集的 936 份人类临床样本中的Lm分离株进行了全基因组测序，这些样本主要来自血液和脑脊液。他们对这些菌株的进化关系、种群结构、抗菌耐药性基因、致病性基因和可移动遗传元件进行了表征。
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结果
该种群在遗传上存在异质性，包括 I-IV 谱系、89 个克隆复合体、200 种序列类型和六个已知血清群。除了固有的抗菌耐药性基因（fosX、lin、norB 和 sul）外，其他耐药性基因 tetM、tetS、ermG、msrD 和 mefA 在该种群中分布稀疏。在每个谱系内，研究确定了核心基因组比对中单核苷酸多态性（SNP）差异小于或等于20的分离株簇。这些分离株簇可能代表共享最近共同祖先的分离株，例如，它们来自同一污染源或表明存在传播或暴发的证据。我们确定了 38 个流行病学相关的分离株簇，确认了 8 起先前报道的疾病暴发，并发现了隐性暴发和未检测到的传播链，甚至在罕见的 Lm III 谱系（ST3171）中也发现了这些现象。动物相关的 III 和 IV 型谱系的存在可能表明动物特异性菌株可能溢出到人类中。许多可传播的克隆在数年内持续存在，并跨越该州不同的遥远地区。
结论
本研究揭示了侵袭性李斯特菌病的细菌决定因素，这主要由当地传播谱系的多样性、固有和可移动的抗菌耐药性和致病性基因，以及跨地域和时间尺度的持续性所驱动。研究结果将为发现将为公共卫生工作提供依据，帮助降低侵袭性李斯特菌病的负担，包括制定食品安全措施、溯源和暴发检测。
期刊简介
Genome Medicine是BMC旗下的旗舰期刊，专注于遗传学、基因组学和多组学的应用，为相关疾病的研究、诊断和治疗提供依据。同时，该期刊也注重产学结合，是连结基础研究和临床试验的桥梁。
2023 IF：10.4
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Long-term persistence of diverse clones shapes the transmission landscape of invasive Listeria monocytogenes
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