eLife:环境异质性可以改变区域扩张中的种群遗传学

文摘   2024-12-03 08:46   瑞士  

原文献信息:Gralka, M.; Hallatschek, O. Environmental heterogeneity can tip the population genetics of range expansions. eLife 2019, 8(e44359.
摘要:
大多数区域扩张中的种群遗传学通常被认为由拓殖边缘的达尔文选择与随机遗传漂变(genetic drift)之间的竞争所决定。然而,我们的研究表明,区域扩张中的进化动态对环境异质性引发的额外波动高度敏感。在随机模式化表面上生长的细菌菌落中追踪具有可调适应性效应的突变克隆,我们发现环境异质性可以显著降低选择的有效性。时间推移显微镜和计算机模拟表明,这一效应通常源于拓殖前沿的局部“钉扎pinning”,即在环境异质性的结构决定的特定长度尺度上,前沿的部分区域被减缓。这种钉扎效应将区域扩张集中在少数拥有拓殖路径的“幸运”个体中,从而改变了中性进化动态,并相对提高了随机性的重要性,而非选择性的重要性。

主要内容:

在漫长的进化历程中,无数种群通过探索并占据新的地域来不断拓展其生存范围。这种扩张行为既可以在宏观尺度上跨越数千公里、历经数千年,如人类从非洲大陆向全球的迁徙壮举;也可以在微观层面,于数毫米的空间内、几个月的时间里上演,诸如肿瘤内部细胞群体的迅速增殖。在此拓殖之旅中,突变可能随机出现,这些变异有的能增强种群在新环境中的适应性,有的则可能削弱。尤其当有利突变在种群边缘地带出现时,那么它就有足够的空间进行拓殖,并极有可能在种群基因库中被固定,这一过程被形象地称为“基因冲浪gene surfing”。

这一现象在生存环境相对“均一”的种群中得到了广泛认知,比如西伯利亚辽阔无垠的草原,新开拓的空间与原有领地环境相似。然而,自然界的多数地域并非如此单一。若新领地布满异质性,如山脉与山谷交错的地形,情况又将如何?

Gralka与Hallatschek两位研究者深入探讨了地形变化对基因冲浪等进化现象的具体影响。他们采用大肠杆菌作为实验对象,结合实验室研究与计算机模拟技术,揭示了复杂环境——细菌尺度上的“山脉谷地”——对种群中突变命运具有深远影响。在此情境下,突变发生地的环境是否适宜拓殖,成为了比突变本身对适应性影响更为关键的因素。因此,即便是有益的突变,若发生在如悬崖峭壁般的不利位置,其传播范围也将大打折扣;相反,若突变幸运地出现在类似细菌世界的平缓边缘地带,则更有可能在种群中稳定遗传。

这些发现表明,种群在拓殖过程中的适应能力是有限的,如果突变发生在正确的位置,甚至可能导致有害突变在种群中的传播。深入理解这些复杂的进化动态,对于准确重构物种的进化历程至关重要,特别是当我们试图从当代基因组的突变模式中追溯其历史轨迹时。这类知识也有助于开发新的癌症治疗方法,利用这些进化过程来减缓或停止肿瘤的拓殖。

文中图表:

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