Pathoplexus数据库包含埃博拉病毒、西尼罗河病毒以及另一种危险病原体的序列。
Genome sequences of West Nile virus (pictured) are being uploaded and shared on a new online database. Credit: Dr Linda Stannard, UCT/Science Photo Library
尽快共享序列对于识别新病毒、跟踪可能使其对人类更具威胁的变异，以及设计疫苗都非常重要，澳大利亚悉尼大学的病毒学家Edward Holmes说道。
Pathoplexus目前专注于四种未在其他数据库中具体包含的病毒：克里米亚-刚果出血热病毒、苏丹型埃博拉病毒、扎伊尔型埃博拉病毒和西尼罗河病毒。团队表示，未来将添加其他病原体。
现存的障碍
目前最大的存储库之一是美国的GenBank，它为其基因组数据提供不受限制的访问权限。但公共访问意味着理论上任何人都可以使用这些数据发表科学论文，而无需承认数据所有者的贡献。这阻碍了科学家，特别是来自低收入国家的科学家，在公共卫生紧急情况下迅速共享数据。另一种替代存储库GISAID要求用户注册，并同意承认数据所有者，并尽力与其合作。该数据库旨在确保数据提交者的权利。
在COVID-19大流行期间，GISAID非常受欢迎，它包含了近1700万个COVID-19病毒（SARS-CoV-2）的序列。然而，研究人员对其管理透明度、如何解决关于归属的争议以及对违反其使用条件的处罚方式提出了担忧。
“过去几年GISAID引发了很多挫败感，”东京大学的进化病毒学家Spyros Lytras说道，“但科学界也从中吸取了如何做得更好的教训。我们作为一个社区需要从头开始，Pathoplexus可能是解决方案。”
GISAID的一位代表在电子邮件中表示，它与科学界的信任关系很强，有超过70,000名研究人员使用该网站。其管理机构的角色和资金来源在网站上都有展示，自2008年成立以来，其使用条款未曾改变。
建立信任
Pathoplexus为用户提供了一些保护措施。例如，研究人员可以设置数据使用的限制，规定在一年内未经其明确许可，不得将数据用作科学出版物的关键内容。这应该给数据所有者足够的时间提交他们的研究成果。
用户还必须在其出版物中为数据所有者署名。“我们致力于建立一个社区，让研究人员有信心他们的贡献会受到尊重并得到适当的认可，”Pathoplexus成员、位于南非开普敦的全球联盟“公共卫生基因流行病学联盟”（Public Health Alliance for Genomic Epidemiology）运营负责人Jamie Southgate说道。
Pathoplexus不会像GISAID那样阻止违反使用条款的个人访问该网站。相反，如果发布的数据违反了条款，团队将联系期刊，以确保数据按照共享时的方式使用，Pathoplexus联合创始人、瑞士巴塞尔热带与公共卫生研究所的分子流行病学家Emma Hodcroft说道。“我们试图非常明确地规定这些条款。”
“这是一个很好的、聪明的解决方案，”位于达卡的儿童健康研究基金会分子微生物学家Senjuti Saha说道，她同意通过联系出版商的方式处理问题。“这就是事情应该进行的方式。”她认为Pathoplexus的透明度将会在科学界中建立信任。
但目前判断该存储库能否解决当前数据共享的问题还为时过早，Saha说道。“这是一项出色且极具潜力的第一步。”
用户可能也会坚持在本地数据库上共享序列。例如，在中国，研究人员可能更倾向于在中国的数据库上发布新兴病毒的序列，来自中国深圳中山大学的进化生物学家、Pathoplexus科学顾问委员会成员的Shi Mang说道。但对于已知病毒，他们可能会使用拥有良好维护的集合库，Pathoplexus也提供了这样的集合库。
改善用户体验
Pathoplexus的创建者试图改善用户体验，比如尽可能简化上传过程。Pathoplexus还会检查序列数据及其附带信息中的错误，并帮助将病毒组织成亚型。“这实际上吸引我到这个数据库，”Shi说道。在当前存储库中，错误的序列会给研究人员带来很多麻烦，他说。
到目前为止，Pathoplexus已使用GenBank的数据为四种病毒填充了网站。成千上万的人访问了该网站，其中50人创建了账户来提交数据，但尚无人提交序列，Hodcroft说道。“我们并未期望在我们启动的病原体上收到大量数据。”
研究其他病毒的研究人员将不得不等待数据库扩展以包含它们。而为了扩展，团队需要确保长期的资金。该网站目前由志愿者和捐赠的计算时间运行，这将在大约六个月后结束。Hodcroft表示她目前的首要任务是吸引捐助者。“我谨慎地保持希望。”
