Nature Biotechnology:塑料分解细菌推动生物修复业务的增长

文摘   2024-10-02 09:02   瑞士  

原文献信息:Johnson, B. Plastic-eating bacteria boost growing business of bioremediation. Nat Biotechno. (2024).

细菌、真菌和植物可以通过培养和工程化设计,去除受污染土壤和水中的塑料、化学品和污染物。

法国生物技术公司Carbios展示了由微生物酶再生的生物循环PET瓶,内含L'Occitane沐浴露,标志着塑料再生技术的新突破。这种酶技术不仅限于塑料,还扩展至全氟和多氟烷基物质等污染物的生物修复,预计未来几年市场规模将大幅增长。塑料分解酶只是利用微生物来消化污染物的一种手段。政府和生物技术公司正在投资生物修复技术,即利用活生物体去除污染物的技术。这项技术已经被证明是可行的,预计到2023年至2028年间,市场规模将增长82.9亿美元。

然而,尽管分离出的微生物酶正在商业化用于生物修复,其他潜在的方法,如将活的或基因改造的微生物添加到受污染的水或土壤中,仍面临技术挑战或可能被监管障碍阻止。

细菌进化去消化塑料

塑料生物循环再利用领域在2016年获得了发展,当时《科学》杂志发表了一篇论文,介绍了在日本发现的细菌Ideonella sakaiensis 201-F6,这种细菌含有能够分解PET塑料的酶。该发现激发了对塑料生物修复的广泛兴趣。

Brunel大学的工程师Ronan McCarthy解释道,细菌进化迅速,因此会找到适应环境并消化可用碳源(包括塑料)的方式。他认为,I. sakaiensis 201-F6可能通过植物细胞壁消化的酯酶进化出了其塑料分解酶。

在此之前,科学家们的重点一直放在角质酶上,角质酶是能够水解植物角质层的脂解酶/酯解酶。角质酶允许真菌通过植物表皮进行消化,尽管速度较慢,但它们也能分解塑料。McCarthy形容这种塑料降解代表了这些物种的“酶促多效性”,因为天然存在的角质层具有与制造塑料类似的碳-碳键。

对于Carbios来说,关键在于塑料分解的微生物酶,他们通过筛选找到了最佳塑料分解酶,即叶枝堆肥角质酶。Carbios公司通过基因工程改进了这种酶,尤其是叶枝堆肥角质酶的突变体,使其能在10小时内分解90%的PET。Carbios的技术用于法国两大化妆品公司L'Oréal和L'Occitane的生物再生塑料生产。位于Longlaville的工厂每年回收5万吨塑料废物。Carbios还计划将其技术授权给其他公司,受到了法国政府的大力支持。

生物膜培养富集

研究人员通过宏基因组学发现塑料分解酶,但大多效率低。McCarthy实验室通过生物膜培养,成功富集了塑料分解细菌,如Pseudomonas stutzeri,并发现了相关酶。生物膜促进了塑料消化酶的研究,有望商业化。与使用整个微生物不同,许多公司选择提纯酶,因为其监管要求较低,且技术无争议,具有商业潜力。

合成生物解决方案

意大利DnD Biotech公司通过采集污染微生物群体,找到降解石油烃的细菌,改善了修复效果。新加坡Allozymes则通过机器学习预测蛋白质序列,开发合成酶,并获政府支持。该公司通过酶库和设计酶获利,被称为“酶界的谷歌”。

海洋中的机遇

BlueRemediomics团队通过海洋宏基因组数据寻找塑料降解酶,利用AlphaFold分析新酶的结构,筛选出能降解塑料的候选酶。该团队发现了一种在低温下有效的新酶,尚未发表。此外,他们还寻找降解骨头、农药、抗生素的微生物酶,并发布了MGnify基因组资源库,包含30万种微生物基因组。

颗粒化的潜力

美国德克萨斯农工大学的环境研究员Susie Dai表示,与传统的化学修复相比,生物修复成本较低且维护少,但效率较低。她筛选了数百种真菌,发现了三种有前途的微生物,包括两种新发现的白腐真菌菌株,能够迅速吸收聚苯乙烯和聚甲基丙烯酸甲酯微塑料。白腐真菌不消化塑料,而是将其储存在内部颗粒中,这种颗粒化方法成本低,适合应用于水处理厂。

不再“永远存在”的化学物质

塑料污染已成为全球关注的重点,但PFAS(全氟和多氟烷基物质)的危害也不容忽视,这些“永远的化学物质”即使在微量下也有毒,常见于家庭用品中,并能渗入水源。研究人员正努力寻找能够降解PFAS的微生物,尽管已有发现,但降解速度过慢,因此Dai团队转向植物的使用。他们构建了人工植物和天然真菌的“纳米框架”,以低成本材料吸引并浓缩PFAS,为真菌提供栖息地。这一生物工程方法为去除PFAS提供了新途径,特别是在美国环保署对PFAS设定新标准后。

此外,植物和微藻也能去除抗生素等新兴污染物。Hanyang University的Jeon利用植物和微藻来净化水中的抗生素,他发现这些生物能够自然去除抗生素和其他污染物,适合种植在湿地中。同时,小球藻可用于去除染料,Jeon的研究显示其能有效转化多种染料,结合活性污泥的使用可进一步增强生物修复效果。随着全球纺织工业预计达到超过7500亿美元,这些微生物的商业化潜力巨大。

基因编辑的土壤

生物修复的未来可能在于直接编辑受污染现场的微生物群落,使其具备去除污染物的能力。Banfield预计,基因编辑的环境试验将在五年内开展,尽管监管障碍依然存在。她与CRISPR发现者Jennifer Doudna合作,设计了一种基于CRISPR-Cas的编辑工具DART(DNA-editing All-in-one RNA-guided CRISPR-Cas Transposase),用于编辑难以培养的共生细菌。该方法通过接合、电穿孔或自然DNA转化引入随机整合的mariner转座子,为宏基因组测序提供足迹。尽管这一方法仍处于验证阶段,未来可用于工程化细菌以去除土壤污染物。然而,Banfield强调,需要更多研究来了解微生物群落及其编辑技术,以确保其在产生实际效果之前能够有效应用。

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