第一节课 单细胞测序技术与应用
1.单细胞组学研究简介
2.单细胞转录组测序技术发展及其原理
3.单细胞转录组样本处理、建库及测序
4.单细胞组学在肿瘤、发育、免疫等科研领域的应用及研究思路
5.单细胞测序常用图表解读
第二节课：R语言入门及图形绘制
1.R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明
2.多种来源R包的安装及使用
3.R语言简单语法及常见命令
4.R语言数据处理及统计应用
5.R语言绘图实操：小提琴图，箱型图，火山图，热图，网络图，GO、KEGG富集图
第三节课：单细胞转录组数据分析模块及思路
1.单细胞经典文献串讲熟悉单细胞分析内容和重点
2.单细胞高分文章分析思路解析（细胞群鉴定、拟时序分析、差异表达、功能富集、转录因子、细胞通讯等）
3.单细胞10大分析模块总结
4.单细胞组学分析常用数据库介绍及使用
5.自测和挖掘单细胞项目思路归纳总结
第四节课：Linux服务器使用及常规多组学分析实战
1.Linux命令入门讲解及实操训练
2.常规bulk组学分析软件及流程介绍
3.RNA-seq上游质控、比对及基因表达定量
4.ChIP-seq数据分析、peak calling及图形可视化
5.ATAC-seq数据分析及peak calling
第五节课：单细胞转录组数据分析实操
1.10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操
2.从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操
3.通过Seurat质控基因和细胞
4.Seurat归一化处理、PCA降维、聚类、tSNE、UMAP可视化
5.多种方法定义细胞类型
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第六节课：单细胞转录组多样本整合及分析
1.DoubletFinder进行双细胞去除
2.重要参数个性化调整讲解
3.细胞亚分群分析
4.单细胞组间差异分析
5.通过Seurat 及harmony合并多样本及消除样本异质性
第七节课：多种功能富集及基因集打分方法实操
1.功能富集分析介绍及常用图形解析
2.通过R包进行GO及KEGG功能富集
3.通过DAVID及metascape等网站进行富集分析
4.GSEA软件及R包完成GSEA分析
5.通过GSVA，AddModuleScore，AUCell等计算基因集得分
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第八节课：多种拟时序分析方法介绍及实操
1.monocle拟时序分析细胞及基因选择、降维及细胞排序
2.monocle拟时序各种常用图形绘制
3.monocle拟时序差异表达基因鉴定及功能富集
4.RNA速率方法介绍及流程讲解
5.CytoTRACE进行拟时间分析
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第九节课：细胞通讯及细胞代谢分析介绍及实操
1.Cellphonedb细胞通讯分析和图形可视化
2.CellChat单和多数据集分析
3.CellChat各种图形可视化
4.NicheNet分析配体对下游基因调控
5.scMetabolism单细胞代谢分析
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第十节课：转录调控网络及拷贝数变异分析
1.SCENIC转录因子分析方法介绍
2.SCENIC共表达网络推断和motif分析
3.SCENIC细胞调控网络活性得分和可视化
4.hdWGCNA单细胞共表达网络分析
5.inferCNV推断染色体拷贝数变异
第十一节课：单细胞多组学分析思路和方法
1.单细胞各种组学技术介绍
2.单细胞常用联合组学解析
3.单细胞多组学整合分析方法
4.转录组+蛋白组联合分析
5.转录组+ATAC联合分析
第十二节课：空间转录组理论及分析内容
1.空间转录组技术发展历程和原理介绍
2.空间转录组技术在科研领域的应用
3.空间转录组CNS文章思路解析及常见图形解读
4.空间转录组技术在癌症、发育及神经科学等领域的研究内容及思路
5.空间转录组学分析模块及与单细胞数据整合分析思路
第十三节课：空间转录组分析及与单细胞联合分析实操
1.10x Visium官方分析软件Space Ranger讲解及实操
2.Space Ranger输出结果解读
3.通过Seurat软件进行降维、聚类和可视化
4.通过Seurat进行基因表达可视化，空间变量特征识别
5.与单细胞数据关联分析（空间细胞类型定义）
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第十四节课：空间转录组细胞通讯、轨迹、共定位及共表达分析
1.空间转录组细胞通讯分析
2.空间转录组打分及可视化
3.空间转录组空间轨迹分析
4.空间转录组共定位分析
5.空间转录组共表达分析
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第十五节课： 机器学习基础理论及单细胞应用介绍
1.机器学习基本概念介绍
2.常用机器学习模型介绍
3.单细胞分析中的常见机器学习方法
4.降维聚类的机器学习算法
5.分群注释的机器学习算法
第十六节课：机器学习方法应用及单细胞空间多组学思路总结
1.机器学习方法进行细胞类型注释
2.机器学习方法Tangram预测空间转录组的基因表达
3.机器学习方法cell2location预测空间转录组的细胞类型
4.归纳总结零成本单细胞和空间转录组数据挖掘思路
5.单细胞及空间多组学基金申请思路、准备内容及注意事项等
