circRNA（环状 RNA）在生命活动中起着至关重要的作用。它们具有独特的结构和功能，circRNA不具有5'端帽子和3'端poly(A)结构，相反，circRNA通过共价键将3'和5'末端连接起来形成完整的环形结构，避免被核酸外切酶降解，因而比线性RNA更稳定，更具有保守性。circRNA 可能参与基因表达的调控。它们可以通过与 miRNA（微小 RNA）相互作用，影响 miRNA 对靶基因的调控，从而在转录后水平调节基因表达。因此对circRNA的鉴定。
CIRCexplorer2和CIRI是目前circRNA产品中的两款circRNA鉴定工具，CIRCexplorer2需要【基因注释文件】和【参考基因组序列文件】来注释环状RNA，具有高准确性；CIRI是一款使用BWA-MEM比对结果，支持基于BSJ de novo的检测，具有高灵敏度。find_circ也是一款支持BSJ de novo检测的circRNA鉴定工具，除了常规的鉴定工作外，在鉴定circRNA数量明显偏低的样本中也可以使用find_circ进行circRNA的补充鉴定，辅助说明非分析流程导致的数目偏低。
find_circ的基本原理：find_circ根据bowtie2比对结果，从没有比对到参考序列的reads的两端各提取20nt的anchor序列，将每一对anchor序列再次与参考序列比对。如果anchor序列的5' 端比对到参考序列（起始与终止位点分别记为A3，A4），anchor序列的3'端比对到此位点的上游（起始与终止位点分别记为A1，A2），并且在参考序列的A2到A3之间存在剪接位点（GT-AG），则将此read作为候选circRNA。最后将read count大于等于2的候选circRNA作为鉴定的circRNA。
find_circ是基于py脚本进行circRNA的鉴定，其需要使用Bowtie2进行circRNA反向剪切位点鉴定相关的序列比对，也需要提供基于Bowtie2建立的基因组索引。（服务器已安装，直接调用即可）。如果项目是在联川开展和分析的，基因组建库时已经构建好索引（基于分析参数的基因组路径查询索引，Bowtie2索引和HISAT2是提前构建好的），分析流程中已包含unmapped.bam，直接进入步骤2即可。如果没有，可以参考下述命令，使用Bowtie2进行基因组索引构建和比对（Bowtie2索引为鉴定circRNA所必须，但是基因组比对可以使用Bowtie2、HISAT2、TopHat中的任意一款，此处不做示例），使用samtools进行unmapped.bam的提取。
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find_circ基于比对工具（比如Bowtie2、HISAT2、TopHat等）输出的unmapped.bam进行下游分析。如果是原始数据，可以使用Bowtie2、HISAT2、TopHat进行基因组比对并输出unmapped.bam。
以下是运行指令：
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我们来看一下最终的输出结果：
find_cric最终输出文件为find_circ.candidates.bed，输出circRNA的候选，内容如下：
列说明如下：
find_circ的检出效率比CIRCexplorer2稍高，但和CIRI相差无几，使用find_circ不一定显著增加circRNA的鉴定数目，且不同的上游基因组比对工具（Bowtie2、HISAT2、TopHat）衔接find_circ鉴定的circRNA数量有所不同，但没有显著差异。find_circ的优点是对于基因组注释不完善的物种进行circRNA的鉴定，甚至没有基因组的物种（需要较为完善的全长转录组数据），且能分析来自线粒体的circRNA（在结果筛选时不过滤线粒体来源），并且find_circ基于python2，无需安装，便于快速上手使用。
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