《cgMLST分析实战营:微生物分型技术进阶课》
《精通系统发育树美化与数据可视化:iTOL实战全攻略》
《微生物菌群研究必修课:从深入理解到灵活应用》
《微生物抗性与毒力基因注释:ABRicate软件全能实战》
本课程是《微生物分子分型-MLST》课程的延伸和扩展,MLST课程链接:https://college.mimazi.net/course/article-6.html
主要内容:
进化树理论知识:剖析进化树的类型、生物学意义,掌握常见算法及其结果解读。
iTOL基础操作:学习数据上传、基础设置及结果导出的完整流程。
标签与样式调整:掌握标签信息修改、样式设定、分支样式调整及clade分组的应用。
特征信息可视化:深入了解如何通过条带、符号、热图等形式展示样本背景或基因组特征信息。
统计数据可视化:实操讲解柱状图、堆叠图、饼图及关联性图表的应用,提升统计数据的表现力。
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链接:https://college.mimazi.net/course/article-64.html
微生物研究系列课三
本套课程立足于帮助微生物菌群多样性和宏基因组测序研究的科研人员深入理解微生物组学研究的方案设计、分析原理,课程还提供了关键结果的解读、异常结果的处理方案等,以此来指导科研人员灵活使用结果文件或对结果文件做合理的后续加工处理。
本课程专为病原微生物微生物学研究人员而开发,课程深入讲解了ABRicate软件的安装与使用,演示和解读了预测微生物的抗性基因和毒力基因的具体方法。ABRicate是一款功能强大的工具,集成了多个权威数据库,包括:
NCBI AMRFinderPlus NCBI耐药数据库
CARD 综合性的耐药数据库
Resfinder耐药数据库
ARG-ANNOT 非冗余耐药数据库
MEGARES 人工校正的抗性基因数据库,包括抗生素抗性基因,杀虫剂抗性基因以及重金属抗性基因
EcOH 大肠杆菌O/H抗原数据库
PlasmidFinder 质粒数据库
VFDB 毒力基因数据库
Ecoli_VF 大肠杆菌毒力因子预测
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此外,关于“细菌基因组组装及注释”以及“科研绘图、修图系列”的综合性课程我们之后也会陆续发布到密码子学院平台上,敬请期待。