精选|2024暑期微生物研究系列课

学术   2024-09-11 10:34   上海  
自2024年7月2日起至8月29日,由唯那生物精心策划的暑期免费公开课在顺利完成6个系列27节的直播课程后顺利落下帷幕,课程受到广大老师的热情参与和积极讨论,唯那生物一直致力于为您真正解决问题,希望我们的暑期系列课程及接下来的内容能真正为您的科研助力。
本次课程采取了实操直播与互动式问答相结合的教学模式,细致入微地剖析了微生物cgMLST研究、进化树美化、微生态入门、耐药毒力预测、基因组组装注释及科研绘图修图等方面的内容,其专业性受到了广大师生的一致好评。我们要感谢所有参与本次公开课学习和互动的老师和同学们,希望每一位参与者都能在这次学习经历中丰富知识储备,激发学术灵感。唯那生物将继续致力于科学普及与教育推广,感谢大家长期以来的信任与支持,我们期待在不远的将来,以更加精彩的课程回馈大家,满足广大微生物研究人员的学习需求。
目前与这些直播课相关的综合性课程大部分已经上架在我们的密码子学院平台上(https://college.mimazi.net/),包括:
  • 《cgMLST分析实战营:微生物分型技术进阶课》

  • 《精通系统发育树美化与数据可视化:iTOL实战全攻略》

  • 《微生物菌群研究必修课:从深入理解到灵活应用》

  • 《微生物抗性与毒力基因注释:ABRicate软件全能实战》

由于篇幅的限制,直播课的内容更加精简和核心,而综合性课程相比较更加全面和完整,且包含了直播课的所有内容,以下是上述课程的介绍:


微生物研究系列课一
本套课程深入解读了微生物分子分型技术的类型和方法,以及MLST分型、cgMLST分型的区别与联系。课程系统阐述了cgMLST分型的理论背景、实操方法、数据的前处理、多情形的分型实操、结果的进一步绘图加工、典型文献案例和典型物种案例剖析与结果重现等,全方位、系统化地教授了cgMLST分子分型的分析流程和应用方向。通过本套课程的学习,可以全面掌握cgMLST上下游数据整合处理方法,有助于提升微生物进化研究的深度和系统性。

本课程是《微生物分子分型-MLST》课程的延伸和扩展,MLST课程链接:https://college.mimazi.net/course/article-6.html

主要内容:
(1)微生物分型的生物学意义,常用的分析手段及核酸分型方法介绍;
(2)cgMLST的原理、特点讲解及常用数据库网站介绍;
(3)操作实战:cgMLST在线分析及多样本数据整理;
(4)操作实战:cgMLST本地分析软件安装,实操详解,结果解读;
(5)操作实战:从头构建cgMLST/wgMLST分型方案;
(6)操作实战:基于已有分型方案进行新样本的cgMLST分析;
(7)操作实战:如何将线上分析结果转化为绘图所需数据格式;
(6)使用Phyloviz、GrapeTree软件绘制最小生成树所需数据准备与分析实操;
(7)cgMLST应用思路及相关案例分享。
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链接:https://college.mimazi.net/course/article-65.html

微生物研究系列课二
本课程专为进化树的美化加工和各类数据的关联分析展示需求而设计,深入探讨和挖掘iTOL网站的强大功能。课程从进化树的基本构建方法、模型选择、结果解读和拓扑结构的基本展示入手,层层递进,涵盖了添加和优化各类注释信息等复杂操作,支持多种风格的进化树美化展示,成图结果,可直接用于专业级高水平科研杂志的文章发表,有助于大幅提升数据的视觉效果和解读价值。

主要内容:

  • 进化树理论知识:剖析进化树的类型、生物学意义,掌握常见算法及其结果解读。

  • iTOL基础操作:学习数据上传、基础设置及结果导出的完整流程。

  • 标签与样式调整:掌握标签信息修改、样式设定、分支样式调整及clade分组的应用。

  • 特征信息可视化:深入了解如何通过条带、符号、热图等形式展示样本背景或基因组特征信息。

  • 统计数据可视化:实操讲解柱状图、堆叠图、饼图及关联性图表的应用,提升统计数据的表现力。

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链接:https://college.mimazi.net/course/article-64.html



微生物研究系列课三

本套课程立足于帮助微生物菌群多样性和宏基因组测序研究的科研人员深入理解微生物组学研究的方案设计、分析原理,课程还提供了关键结果的解读、异常结果的处理方案等,以此来指导科研人员灵活使用结果文件或对结果文件做合理的后续加工处理。

本套课程作为微生物菌群多样性和宏基因组测序研究的入门课,可以引导科研人员快速梳理结果数据,实用性强,具有很高的含金量。
要内容:
(1)选对方法选对路:如何选择合适的测序方法?典型文章的设计思路是怎样的?可以怎么整合各类数据使文章更具有科研价值?
(2)深入浅出读懂α、β多样性:理解背后原理,学会灵活使用,避免误区。
(3)异常样本的识别与处理:如何判断和找出异常样本?如何合理处理异常样本?
(4)多组学关联分析与网络分析:提炼与升华,让文章和结果数据展示出更大的价值。
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链接:https://college.mimazi.net/course/article-69.html



微生物研究系列课四

本课程专为病原微生物微生物学研究人员而开发,课程深入讲解了ABRicate软件的安装与使用,演示和解读了预测微生物的抗性基因和毒力基因的具体方法。ABRicate是一款功能强大的工具,集成了多个权威数据库,包括:

  • NCBI AMRFinderPlus NCBI耐药数据库

  • CARD 综合性的耐药数据库

  • Resfinder耐药数据库

  • ARG-ANNOT 非冗余耐药数据库

  • MEGARES 人工校正的抗性基因数据库,包括抗生素抗性基因,杀虫剂抗性基因以及重金属抗性基因

  • EcOH 大肠杆菌O/H抗原数据库

  • PlasmidFinder 质粒数据库

  • VFDB 毒力基因数据库

  • Ecoli_VF 大肠杆菌毒力因子预测

通过本课程,您将学会如何使用ABRicate对上述任意数据库进行基因注释分析,从而深入解读相关的生物信息学数据。
主要内容:
(1)ABRicate软件简介:了解ABRicate的基本功能与应用场景。
(2)ABRicate软件安装指南:详细演示如何在不同操作系统上安装ABRicate。
(3)线下数据库更新:学习如何更新并维护ABRicate所需的本地数据库。
(4)分析运行与操作:实操演示如何选择数据库并进行基因注释分析。
(5)结果解读与报告生成:掌握如何解读分析结果,并生成有价值的研究报告。

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链接:https://college.mimazi.net/course/article-66.html


此外,关于“细菌基因组组装及注释”以及“科研绘图、修图系列”的综合性课程我们之后也会陆续发布到密码子学院平台上,敬请期待。


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