iTOL模板下载及用途说明

学术   2024-09-02 09:20   上海  

iTOL是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具,绘图过程中我们可以在iTOL页面随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体,也可以通过iTOL提供的注释模板来添加多种类型的样本信息或基因组数据。

如何下载iTOL注释模板?

① 打开iTOL网页(https://itol.embl.de/),在上方的Help中选择“Help pages”,打开如下界面。

② 使用“ctrl+F”输入关键词“example_data”,点击发现的“example_data.zip”链接下载iTOL模板。


如何理解多样化的iTOL注释模板?

在下载的“example_data.zip”包中,除“tree_of_life.tree.txt”为示例树文件以外,其余41项都是注释模板。这些模板中原有的数据(Data部分)与示例树文件的样本或分支对应,因此我们可以在“tree_of_life.tree.txt”的基础上添加这些模板来查看其对应的功能。而实际作图时Data部分需要替换为我们自己的数据。
如下图所示,不同的模板针对于不同的使用场景进行使用,包括分支、标签的样式修改,标签的替换,样本分组信息、基因组数据的添加等等。某些模板含有相同的功能,但它们对数据的格式要求可能不同。对于同一类型的注释,比如添加标签符号的“tol_binary”,添加条带颜色的“tol_color_strip”等等,都含有多个模板,这些模板仅表现为填入数据及参数设置的差异,本质上是相同的模板,择一使用即可。


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iTOL基础操作:学习数据上传、基础设置及结果导出的完整流程。

标签与样式调整:掌握标签信息修改、样式设定、分支样式调整及clade分组的应用。

特征信息可视化:深入了解如何通过条带、符号、热图等形式展示样本背景或基因组特征信息。

统计数据可视化:实操讲解柱状图、堆叠图、饼图及关联性图表的应用,提升统计数据的表现力。

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