前段时间，在一篇客户Cancer Cell文章看到很多带有显著性标记的散点图，如下图（H、K、I），个人觉得挺好看的。那么，如何绘制文献中这般好看的差异散点图？其实，绘制方法很简单，只需Prism就可以轻松完成！
首先，打开软件后，通过双击窗口灰色区域新建工程文件，在弹出的向导页面表格类型选Column，Data table选enter or import data…，Options选默认的第1项。接下来将数据粘贴到表格中，表格的名字默认为Data 1，如下图。![]()
接着进行方差分析（主要是均值的多重比较），只需点左侧导航栏Results选项下的New Analysis，选择One-way ANOVA即可，如下。这里的数据非配对数据，实验设计选项这里保持默认即可，如下。然后是多重比较设置。这里选择第3项，如下，使用对照（第1列）和其余3列数据两两比较，其他参数保持默认即可。均值的多重比较结果如下，我们看到αCHI3L1和对照组（IgG）相比差异不显著，而另外两个比较组则差异显著。![]()
表格数据填完后，其实图表绘制已基本上“完成”了，只需点左侧导航栏中Graphs菜单下的Data1，然后选择图表类型为Individual values即可看到绘制结果，通过Change菜单或Change Colors按钮对表标的进行的自定义颜色调整，这里直接应用默认配色方案。双击图表区域可以直接调整单个分组散点的颜色和形状，如下，Data set这里选择相应分组的数据集，当然也可同时调整所有分组的图形样式。点击Draw选项区域下的自动添加显著标记按钮，然后双击显著性标记图形，可以自定义显著性标记样式。最后，通过File\Export Graph导出所需格式的图片，建议导出PDF格式图片，以便在Adobe illustrator调整成文献中那般的样式。![]()
Zheng H, An M, Luo Y, et al. PDGFRα+ ITGA11+ fibroblasts foster early-stage cancer lymphovascular invasion and lymphatic metastasis via ITGA11-SELE interplay[J]. Cancer Cell, 2024, 42(4): 682-700. e12.
好啦，以上就是差异散点图的绘制方法！最后，如果想轻松绘制好看的科研图表，推荐大家使用在线工具OmicShare tools（https://www.omicshare. com/tools/）。此外，基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者，公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、翻译组、基因组等40条业务线，欢迎留言咨询！医学项目：020-84889324
*未经许可，不得以任何方式复制或抄袭本篇文章之部分或全部内容。版权所有，侵权必究。
![]()
联系方式：020-39341079；service@genedenovo.com
