生信论文写作，还需掌握各类统计检验和图表绘制技巧，往往会耗费大量时间成本。推荐一个超Nice的在线绘图平台OmicShare（引用4500+的交互式在线数据分析可视化工具平台），只需提供数据，即可一键完成99%生命科学领域论文图表的绘制而无需任何编程基础，支持参数动态交互，发表级SCI图表戳手可得！今日为大家分享OmicShare中除KEGG和GO富集分析外，使用量最Top的写作必备热门工具，全部都可轻松直出，有需要的小伙伴们赶紧画起来！热图，通过将表格矩阵中的数值按照一定规律映射在对应热图格子中，以格子的渐变颜色变化，来直观展现数据在不同样本/分组的变化规律，常用于各类表格数据的展示，如生理生化指标、基因表达差异、微生物物种丰度等等。当表格数据差距较大，可进行归一化操作，使数据在同一量级进行比较与展示，根据分析需求进行聚类，将数值接近的行/列元素聚集成簇进行比较。https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportheatmap.html韦恩图，用于展示数据集之间的交集情况，在韦恩图中一般以椭圆、正圆等图形代表不同的数据集，以圆圈之间的重叠区域代表数据集之间的交集情况。OmicShare动态韦恩图支持通过筛选后的元素数据文件或筛选前的丰度数据文件绘制韦恩图，并提取子集的元素信息。当输入数据的组别数量≥6时，会自动绘制花瓣韦恩图。2-7组韦恩图绘制样式分别如下：https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportvenn.html对一个带表头的表格数据（如基因表达量数据等）进行主成分分析（PCA），并将数据降维到2维或3维空间，以便在散点图中展示。支持2D或3D的PCA散点图绘制与美化。通过PCA散点图，可以直观观察不同样本（如不同组织、处理条件或时间点）在主成分空间中的分布，帮助我们：揭示样本间差异、识别群组间的差异或相似性、监测异常值或离群点等。https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportpca.html差异代谢物分析在代谢组研究中有着重要的作用，通过寻找两组间的差异代谢物，可研究与生理病理变化相关的代谢物与代谢通路。差异代谢物的筛选通常采取结合单变量统计分析和多变量统计分析的方法。因为代谢组数据具有“高维、高噪声、高变异”的特点，因此多元统计分析被广泛应用于差异代谢物分析中，可更好地揭示不同代谢物之间的关系，挖掘两组样本之间差异的代谢物。在采用多变量统计分析的同时，结合T检验的单变量统计分析，可以避免只使用一类统计分析方法带来的假阳性错误或模型过拟合，有助于得到更准确的分析结果。该工具支持提供PLS-DA和OPLS-DA两种方法选择。OmicShare (O)PLS-DA工具绘制示例https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/diff_metabolin组间相关性热图，计算两个表格之间所有元素的两两相关性，并用热图展示：OmicShare 动态相关性热图（组间）绘制示例https://www.omicshare.com/tools/home/report/reporticabg.html组内相关性热图，计算表格内所有元素的两两相关性，并用热图展示：OmicShare 动态相关性热图（组内）绘制示例https://www.omicshare.com/tools/home/report/reporticawg.html旨在帮助用户解决常见研究物种的基因ID在不同数据库之间的ID转换，并且提供基因的常见注释信息。选择要转换的ID类型，默认可读取4种类型之一（Ensembl/ Symbol / Entrez / Synonym），可输出含KEGG和GO注释在内的共计12种不同ID。拟南芥（Arabidopsis thaliana）、牛（Bos taurus）、山羊（Capra hircus）、秀丽线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophila melanogaster）、斑马鱼（danio rerio）、鸡（gallus gallus）、人（homo sapiens）、猕猴（Macaca mulatta）、小鼠（mus musculus）、籼稻（oryza indica）、水稻（oryza sativa）、大鼠（rattus norvegicus）、酵母（Saccharomyces cerevisiae）、番茄（Solanum lycopersicum）、猪（Sus scrofa）、小麦（Triticum aestivum）、玉米（Zea mays）。https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/convert_geneid差异分析，转录组等组学研究中最基础且核心的分析内容之一，以生物学意义的方式定性基因表达量，计算两个比较组的基因表达差异倍数（Fold change），得到显著性P值，然后通过多重假设检验矫正筛选出具有统计学意义的显著差异表达基因，从而为我们挑选目标基因缩小范围，再将结果与后续分析点相结合，如富集分析等，以探究相关的生物学过程和分子机制。该工具edgeR或DESeq2可自由选择。![]()
OmicShare edgeR/DESeq2差异分析绘制示例（部分）https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/diffanalysis针对差异分析后的结果表格，还可以结合自己的背景需求，进一步绘制更加个性化、美观的火山图。OmicShare动态火山图工具可自由修改各项参数、配色，以及图标标注目标基因标签。https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportvolcano.html利用t检验或Wilcoxon秩和检验进行两组样本的差异分析，并在箱线图上添加两样本间的显著性连线与标记。https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/box_mul_sig利用富集分析后结果表，绘制个性化的富集分析气泡图：https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_enrich_bubble.html桑基图用于展示数据的流动变化，输入关联分析数据或其他数据绘制桑基图，可查看数据的流向，或展示数据间的关联。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_sankey.html以上就是在OmicShare中使用量常年名列前茅的热门工具榜单。如果想要数据可视化更上一层楼，可选择尝试绘制OmicShare中的进阶图表：将常规热图“卷折”后的环状版，特别适合于绘制常规热图显得过长，又或是需要展示的id标签较多时使用。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_circular_heatmap.html云雨图，即将二分之一小提琴图、箱线图、抖动散点图三者合一的组合类变形图表，因形似“云雨”而得名。常用于展示数据的分布状态和概率密度，和箱线图、小提琴图的用法相似。https://www.omicshare.com/tools/home/report/reportraincloud.html堆叠柱状图能够清楚展示不同元素在样本间的占比情况，河流图优势则在于更能够展示梯度变化趋势。堆叠连线图则为堆叠柱状图+堆叠面积图的结合，能准确展示不同元素占比的同时，也能直观感受元素在不同样本间的占比增减趋势变化。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_stack_line.html比例韦恩图，按照实际数据集大小比例绘图，在显示不同样本或分组间共有或独有数据元素的同时，还能够直观从图面感知数据集间的比例关系，比常规韦恩图更加清晰。![]()
https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/prop_venn网络韦恩图，由网络图和韦恩图衍生出来的新数据可视化方式，可用于展示不同分组之间共有或特有的基因，如下图，图中大的节点（node）为分组名称，小的节点为组内元素。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_venn_network.html以组间差异倍数的对数值log2FC为纵坐标，以比较组的名称为横坐标，可一次性展示多个比较组的差异基因。一般而言，对于传统的火山图，一张图一次只能展示一个比较组的差异基因，而多组差异火山图可一次性展示多个比较组的差异基因。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_diff_scatter_chart.html好啦，今日分享毕！更多科研干货、绘图技能关注基迪奥生物副号SCIPainter不迷路！OmicShare是基迪奥生物旗下，以交互式生信工具、原创组学书籍、生信论坛以及视频教程于一体的生信平台，现140000+科研人注册使用，超4500+篇SCI引用。即刻注册，轻松开启NCS绘图之旅！
OmicShare Tools最新方法学文章已发表iMeta：
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发表期刊：iMeta
发表时间：202408
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引用OmicShare Tools的参考文献为：
Mu, Hongyan, Jianzhou Chen, Wenjie Huang, Gui Huang, Meiying Deng, Shimiao Hong, Peng Ai, Chuan Gao, and Huangkai Zhou. 2024. “OmicShare tools: a Zero‐Code Interactive Online Platform for Biological Data Analysis and Visualization.” iMeta e228. https://doi.org/10.1002/imt2.228
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