与常规的文献管理工具EndNote相比，Zotero支持Mac、Windows和Linux多种系统，而且是免费的。Zotero支持9000多种杂志期刊的参考文献样式，也可以通过编辑/首选项中的引用选项添加更多样式。Grammarly 是一款广受欢迎的语法和拼写检查工具。它可以检查文章中的拼写错误、语法错误、标点符号使用等问题，并提供改进建议。只需使用邮箱注册一个Grammarly 账号，就可以上手使用免费版本了。https://www.grammarly.com/ProWritingAid 是另一个功能强大的在线写作工具，它不仅可以检查语法和拼写错误，还能提供句子结构、词汇使用、写作风格相关的建议。Grammarly侧重语法检查，而 ProWritingAid 更侧重于润色和精简语句。https://prowritingaid.com/NOUNPLUS是一个免费的语法拼写在线检测工具，无需注册账号，用法也简单，只需将文本内容复制粘贴到搜索框中，点击搜索按钮即可。https://www.nounplus.net/在科研绘图过程中，最费时间的是绘图数据的整理，而且不同绘图软件对数据格式的要求也是不同的。比如，Origin和Prism大多情况下需要宽数据，而ggplot2则需要长数据。对于 “宽数据”格式，更方便数据录入和阅读，而“长数据”格式则更适合数据分析与可视化。例如，将相关性系数矩阵（宽数据）转成网络图的边文件（长数据），这样就可以直接在Cytoscape、Gephi等软件进行网络图绘制。https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/transtable一直被大家忽视的Excel其实也可以绘制一些专业的图表，例如使用Excel可以直接绘制下图这样的3D饼图，我们可以逐一调整饼图分区的颜色，也可以直接使用OfficePLUS的图表样式一键应用配色。OmicShare除了支持各种常见科研图表的绘制，其实也可以绘制更好看更有特色的图表，如下图这般的“网络”韦恩图，图中大的节点（node）为分组名称，小的节点为组内的元素。https://www.omicshare.com/tools/home/report/report_venn_network.html下面继续分享一种“春日风格”的热图绘制方法，所用工具也为OmicShare tools的热图工具，新版的热图工具除了支持为热图添加分组注释条，也可以指定展示特定的文字标签，这样，即使绘制上百个基因的热图，基因标签也不会重叠在一起，绘图效果如下。https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmapSTRING数据库，全称为Search Tool for Recurring Instances of Neighbouring Genes，目标是整合所有已知和预测的蛋白互作关系，包括直接关系（physical interactions）和间接关系（functional associations）。对于自己构建的网络，比如蛋白互作网络，可以直接通过File/Import/Network from File 导入到Cytoscape软件中进行可视化。导入网络后，在左侧style属性选项栏中，可对网络图的节点和边进行样式调整。比如，可以点击方形色块（对应 Def. 列方形按钮）修改节点（Node）的填充颜色，如下。Cytoscape软件比较强大地方是可以轻松将网络图的图形属性（颜色、大小、粗细等）与数据建立映射关系。NGPhylogeny.fr是一个不错的在线进化树构建工具，提供进化树构建所需的Blast、Alignment、Curation等一整套工具和构建流程。NGPhylogeny.fr的建树流程可分为“全自动”（即One Click）、“半自动”(Advanced)、“自定义”(A la Carte)三种模式。所谓“全自动”模式，即用默认的工具和参数进行进化树的构建，而“半自动”模式则使用默认的工具但可以自定义参数，至于自定义模式则建树工具和参数全部可自定义。从1993年的第一版到最新的MEGA 11，在这30年间，MEGA的下载次数达297万，有10万多次引用，MEGA毫无疑问是目前科研人员使用最多的进化树构建软件。https://www.megasoftware.net/home关于进化树美化在线工具，你可能首先想到的就是iTOL，它是最受欢迎的进化树注释、美化工具，目前已经更新到第6版。不过，由于iTOL是国外网站，有时候使用起来可能会没那么流畅。EvolView于2012年发布，它是由中国科学院北京基因组研究所开发的一款功能类似iTOL的进化树美化工具，EvolView也非常受欢迎，目前已更新到第4版。由于EvolView是国产在线工具，所以大家不用担心因网速较慢引起的卡顿问题。http://www.evolgenius.info/evolview/DAVID（Database for Annotation Visualization and Integrated Discovery）是一个综合性的生物信息学工具，除了基因功能富集分析，它也提供基因ID转换功能，它以将基因ID转换为其他常用的ID类型。https://david.ncifcrf.gov/home.jsp关于最强大的基因ID转换工具，非Ensembl 的BioMart莫属，如下图。当然，Ensembl不仅仅只有这一个数据库，还有植物（如下图）、真菌、原生动物、后生动物、细菌数据库，相应的也可以使用BioMart进行基因ID转换。同样，我们也可以下载转换结果表格，使用OmicShare的动态桑基图工具进行查看比较，如下，可见转换结果与OmicShare的基因ID工具完全一样。http://www.ensembl.org/index.htmlIBS (illustrator for biological sequence) 是一个绘制基因蛋白序列结构示意图的在线工具，如果不知道如何动手绘制的时候，可参考工具示例文件的样式进行绘制。http://ibs.biocuckoo.org/Softberry包含数百个实用的在线分析小工具，其中，大家比较熟悉的FGENESH是一款较为准确的真核基因预测工具。http://www.softberry.com/berry.phtml工具的用法很简单，将DNA序列复制粘贴到序列输入框，或者点击上 “选择文件”按钮，上传DNA序列文件，然后搜索并选择核酸序列所对应的物种，比如我这里的范例文件是人的序列，然后点击“search”按钮提交任务即可。![]()
好啦，本次的实用科研工具实操教程就分享到这里啦！基迪奥生物是定制化组学测序与生物信息分析服务领域的领先者，公司组学服务涉及单细胞组学、空间组学、翻译组、 基因组等40条业务线，欢迎留言咨询！![]()
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