绝了!和 “潘展乐” 速度有的一拼!20天飞速接收,孟德尔随机化这篇5分+文章,绝对是生信小白的神助攻!上分没跑了~

文摘   2024-11-19 10:00   上海  

大海哥最近假期ing,回味巴黎奥运,潘展乐这个小伙子还真是不简单,看多少遍他的比赛都会被惊艳到!实力说明一切,直接打破了美国近 40 年的垄断局面,成为新生代中国当之无愧的“飞鱼”!无独有偶,在科研道路上,同样有着许多优秀的文章如潘展乐在赛场上那般大放异彩,分析手段论文接收等方面来看,都堪称科研圈的“潘展乐”。

而今天呢,大海哥要为大家介绍一篇文献,西南医科大学附属医院团队的这篇,从众多成果中脱颖而出,一下捕捉到了大海哥的心巴!短短 20 天便成功实现 Accept!逻辑之严密,每一个论证环节都紧密相连,思路之清晰,纯分析,0实验,真可谓是“buff 叠满了”!

有哪些亮点加速了发表时间呢?

① 采用双向两样本孟德尔随机化(MR)方法,全面探究了 2821 种血浆蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病及其并发症的潜在因果关系。

② 确定了 23 种血浆蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病具有潜在因果联系。

③ 遗传数据来源于多项大规模、公开的全基因组关联研究,且精心设计以减少样本重叠,降低混淆效应风险。    

④ 结合多种敏感性分析技术,增强了研究结果的可靠性。

乍一看是不是很简单,其实它还真就那么简单,别想复杂了~PS:游泳速度看潘展乐,论文速度看生信/孟德尔随机化! 掌握思路,换个疾病模型,多种MR分析共同发力,轻松复现0实验,接收快,这不就是发文“白月光”嘛!想学习和复现思路的朋友直接找大海哥就行,给你安排到位!


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²题目:血浆蛋白与蛋白比率与2型糖尿病及其并发症之间的因果关系:蛋白质组学孟德尔随机化研究

²杂志:Diabetes Obes Metab

²影响因子:IF=5.4



研究背景



介绍糖尿病是内分泌系统的重要疾病,全球发病率不断上升,其发病与遗传、不良饮食习惯、肥胖和久坐生活方式等因素有关。全球范围内的基因组关联研究有助于评估 2 型糖尿病的遗传易感性,同时蛋白质与疾病关系的研究也在不断深入。关于血浆蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病及其并发症的关联研究相对较少,本研究旨在通过 MR 方法探究其潜在相关性    



数据来源





研究思路



通过 MR 方法,利用 FinnGen 数据进行发现,META 分析数据进行验证,探究 2821 种血浆蛋白比率水平与 2 型糖尿病发病的因果关系,以及与 2 型糖尿病并发症的相关性,并分析 BMI 在其中的中介作用。为后续统计分析选择足够数量的单核苷酸多态性(SNPs),并通过一系列标准进行筛选。主要采用逆方差加权(IVW)方法评估血浆蛋白比率水平与 2 型糖尿病的关系,并结合四种敏感性分析技术进行验证,同时进行反向 MR 分析、单变量 MR 分析和两步 MR 分析等。



研究结果



1.血浆蛋白-蛋白比率和2型糖尿病之间的关联

在两个数据集中,共 23 种血浆蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病风险同时存在关联,且不同比率对应的 2 型糖尿病风险不同。敏感性分析结果与 IVW 结果一致,表明特定血浆蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病关联的异质性可能较小

2.2型糖尿病相关蛋白-蛋白比率与糖尿病并发症之间的关联

8 种血浆蛋白比率水平与至少一种 2 型糖尿病并发症相关,且大多数蛋白 - 蛋白比率与 2 型糖尿病并发症的关联不存在明显的方向性多效性,敏感性分析结果也与 IVW 结果相符。

在 FinnGen 研究中,未发现 2 型糖尿病与任何血浆蛋白比率水平之间存在反向因果关系,但在验证数据集中,发现 2 型糖尿病患者的精氨酸酶 1(ARG1)/ 转谷氨酰胺酶 2(TGM2)蛋白水平比率和 50 - 核苷酸酶,胞质 IIIA(NT5C3A)/ 分泌素 1(SCRN1)蛋白水平比率降低    



文章讨论



① 研究结果与先前一些研究的发现相符,如 ARG1、TGM2、GGT1、LYN、FAM3C 等蛋白与 2 型糖尿病的关系。

② 研究还揭示了其他血浆蛋白与 2 型糖尿病易感性的因果联系,如 NSFL1C、碳酸酐酶、PPCDC、CD160 等。

③ 在反向 MR 分析中,仅在 META 分析的样本中发现了反向因果关系,但可能是由于生理反馈机制导致的双向关系。

④ 同时,存在一些局限性MR 的固有局限性、依赖汇总数据、研究人群主要为欧洲血统以及未进行多重检验校正等。



文章小结



该研究确定了 23 种与 2 型糖尿病高度因果相关的蛋白 - 蛋白比率水平,以及 8 种与 2 型糖尿病并发症相关的蛋白水平,并明确了 BMI 在这些关联中的潜在中介作用,为 2 型糖尿病的诊断和治疗提供了新的见解。总的来说,大海哥认为该研究具有多个优点,包括数据来源可靠、减少样本重叠和人口差异的影响、遗传工具强度高以及敏感性分析全面PS:MR文章呈现爆发式增长,想越快的发出,就更要全面的分析方法加持,感兴趣MR方法和复现文章的朋友,直接滴滴大海哥就好啦!


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