IF:16.6震撼登场！重庆医科大学：孟德尔随机化数据库——DMRdb，专治不会MR的你！傻瓜式操作，分析不再求人！

文摘 2024-11-10 18:00 上海

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题目：DMRdb：一个以疾病为中心的孟德尔随机化数据库，用于系统评估疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病的因果关系

杂志：Nucleic Acids Research

发表时间：2024.10

研究背景

探索疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病之间的因果关系是生命科学的基础。然而，目前还缺乏使用MR分析的大规模研究。该研究介绍了一个以疾病为中心的MR数据库——DMRdb，旨在系统地评估疾病与基因、蛋白质、CpG位点、代谢物和其他疾病的因果关系。

数据来源

(i)来自公共来源的6640项高质量疾病全基因组关联研究（GWASs）；

(ii)来自MR分析的4970多亿个结果，涉及6640个疾病GWAS数据集、16238个表达数量性状位点（eQTLs）数据、2564个蛋白质数量性状位点（pQTLs）数据、12000个甲基化数量性状位点（meQTLs）数据和825个代谢物数据；

(iii)来自1223个与MR分析相关的文献来源的380多万个因果关系对。

数据库内容和应用

DMRdb的详细工作流程和数据处理管道

在“数据收集和管理”阶段，从FinnGen、GWAS Catalog、MRC IEU和UK Biobank等来源筛选和标准化了6640个高质量的GWAS数据集。在“数据处理管道”阶段，SNP经过严格的过滤，然后进行MR和敏感性分析。该过程产生了超过4.97亿个结果，其中包括4300万个疾病MR结果，2900万个pQTL-疾病MR结果，2.67亿个eQTL-疾病MR结果，1.42亿个mQTL-疾病MR结果和1600万个代谢物疾病MR结果。此外，从1223篇与MR分析相关的文献中收集了超过38万对因果关系。在“数据库建设”阶段，开发了一个用户友好的在线数据库，用户可以查询、搜索和下载所有结果。

Web界面

DMRdb允许轻松访问有关疾病相关GWAS数据和MR分析结果的丰富信息。这些接口包括搜索、浏览和下载数据的一系列功能。

DMRdb的应用示例

使用MR获得基因预测的2型糖尿病（T2D）状态对冠心病风险影响的无混淆估计。使用遗传变异作为IV来推断因果关系。

步骤如下：

数据集选择:

暴露：疾病GWAS ID: DGWAS-5576(性状：T2D；样本量：655 666)。

结局：疾病GWAS ID: DGWAS-5735(特征：冠心病；样本量：19427)。

分析执行:

在搜索页面上输入曝光ID和结果ID。

选择所有可用的MR方法。

点击“提交”按钮查询结果。

MR分析结果表明，基因预测的T2D状态增加了发生冠心病的风险。反向MR分析没有观察到统计学上显著的关联。

进一步的验证强化了T2D对冠心病有负面影响的结论。通过该数据分析的结果与一篇题为“A Mendelian randomization study of the effect of type 2 diabetes on coronary heart disease” （ID: DMR363300926）的文章的结果一致。

小结

DMRdb支持广泛的研究活动，包括元分析；疾病之间的关联研究；遗传机制的阐明；识别危险因素、生物标志物和治疗靶点；并对功能实验进行指导。

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