IF 45.5，不愧是顶刊Cell!樊荣教授团队开发新技术，结合单细胞测序，这篇简直是空间转录组天花板！

文摘 2024-11-22 18:04 上海

嗨喽~大海哥如约来给大家分享文献啦！今天这篇可是重量级文献，是由耶鲁大学樊荣教授团队发表自“Cell”的一篇文章，含金量自然是不言而喻，并且分析方法用到了现在很火热的技术——空间转录组，该团队利用该技术揭示了恶性克隆的分布、RNA剪接动态以及肿瘤发生的时空特性。

除此之外，该团队还开发了一种名为Patho-DBiT的新技术，该技术能够同时探测多种RNA物种（如mRNA、miRNA、tRNA等），并进行空间共谱分析，为临床病理评估提供了新的工具。不仅如此，还采用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行整合，进行无监督聚类分析，识别不同细胞类型。以上这些技术分析皆有助于理解肿瘤微环境中细胞间的相互作用。

看到这里，是不是感觉这篇文章使用的工具可以为我们所用呢？而且本篇代码公开，联系大海哥可以领取哦！跟随大佬的步伐肯定没错的~还在等什么，没有思路的小伙伴们赶紧联系智星，寻找更多新思路吧！

定制生信分析

云服务器租赁

加微信备注99领取使用

l题目：在档案中空间探索RNA生物学福尔马林固定石蜡包埋组织

l杂志：Cell

l影响因子：IF=45.5

l发表时间：2024年6月

研究背景

空间转录组学正在彻底改变我们对发育生物学、肿瘤学和疾病病理学的理解，在其原生组织环境中绘制复杂的基因表达模式。然而，到目前为止，该领域的范围主要围绕信使RNA （mRNA）表达的分析。

研究思路

在这个不断发展的领域，作者提出了病理兼容的组织中的确定性条形码（Patho-DBiT ），不仅可以实现空间全覆盖的碱基全转录组测序，还可以解决临床存档的FFPE组织的挑战（图1A）。该平台利用了FFPE标本中自然发生的RNA片段，并将poly(A) tail附加到广泛的RNA物种中，从而克服了与FFPE样品相关的传统障碍，甚至优于冷冻组织进行的检测。作者通过对这些RNA分子进行空间条形码，可以获得对高灵敏度转录组学、选择性剪接、遗传变异谱、microRNA调控、和临床组织中的RNA动力学的更深入的了解

图1A 小鼠胚胎Patho-DBiT工作流程及空间全转录组定位

研究内容

1、小鼠胚胎Patho-DBiT设计及空间全转录组定位

作者使用50 mm像素大小的装置将Patho-DBiT应用于E13小鼠胚胎FFPE切片。无监督聚类显示了20个转录组簇，空间UMAP与H&E染色的相邻切片的组织学紧密一致。Patho-DBiT平均每像素检测到5,480个基因和15,381个独特的分子标识符（UMIs），全基因组泛mRNA和UMI图谱显示出与组织形态和密度的强烈一致性。在相邻切片上进行的重复重复性非常高（图1）。

图1

2、小鼠大脑中区域特异性替代剪接和A-to-I RNA编辑的空间共谱分析

为了证明Patho-DBiT同时映射基因表达和转录后RNA加工的能力，作者分析了FFPE小鼠冠状脑切片。结果显示，Patho-DBiT提供了基因表达的空间描述，区域特异性剪接亚型，以及FFPE小鼠脑切片中的A -to- I编辑。

图2

3、Patho-DBiT概述了临床档案AITL样本的淋巴瘤发生生物学

接下来，作者将空间分析扩展到临床存档的FFPE 组织。无监督聚类揭示了10个空间组织簇与组织学结构对齐，UMAP平均包含5364个基因，每像素 11989个UMAP，描述了标准标记定义的不同细胞类型。为了评估这种长期储存的FFPE切片的捕获准确性，作者使用索引共检测（CODEX）法对相邻组织切片进行了高复杂性空间细胞分型（图3）。

图3

4、通过整合扩展Patho-DBiT与高分辨率组织学的超分辨率组织结构

作者进一步使用100 - 3 - 100微流控装置对 10,000个点进行条形码扫描，以20毫米像素大小对临床肿瘤活检进行空间分析，该患者被诊断为结外边缘区粘膜相关淋巴组织淋巴瘤（MALT），这是一种低级别非霍奇金b细胞淋巴瘤（BCL）。空间转录组和组织学图像的深度数据融合已被证明可以产生转录组范围的超分辨率表达图谱，并进一步发展为获得整个组织的幻灯片级转录组图谱（图4）。

图4

5、用于肿瘤鉴别的基因组尺度空间序列变异分析

序列变异在RNA转录本中很常见，在很大程度上反映了潜在的基因突变或RNA编辑，这一过程在癌症中经常被解除管制。为了描述这个MALT片段的RNA变异谱，作者实现了一个变异调用管道来识别所有潜在的单核苷酸变异（snv）（图5）。

图5

文章小结

作者开发了一种强大的技术Patho-DBiT，可以在FFPE组织中对丰富的RNA生物学进行空间探索。Patho-DBiT技术展示了在FFPE组织中进行空间转录组分析的潜力，能够为肿瘤研究和临床病理提供重要的分子信息。这一技术的应用可能会改变传统的病理学研究方法，推动精准医学的发展。如果你也对空转感兴趣，或者想结合单细胞测序技术实现课题研究，尽管来找大海哥帮忙哦！像文中这写天花板级别的图，大海哥也都不在话下！

医学海公众号持续为大家带来最新科研思路，想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call大海哥，竭诚为您的科研助理！

最新热点思路

文献思路复现

创新思路设计

服务器租赁

超绝思路新鲜出炉！直接平地起高楼？准备好迎接国立成功大学林世杰团队“铁死亡+线粒体”把“毛坯”秒变“精装”的科研震撼吧！

震惊！只研究1种交互作用就拿到21分+？快进来学最严谨的交互作用分析方法

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzk0NDUwOTM3Nw==&mid=2247501545&idx=2&sn=8d58fd5f9ea431a8fc0d44956bf67db2

医学海

实用医学学术平台：专注分享生物医学方向最新热点研究，高分思路分享

不到一周就见刊了？这速度堪比中东土豪购物啊！孟德尔随机化带你急速登刊，还在等什么啊，着急毕业的宝子速来！

中医药的风依旧很大！中国中医科学院团队这篇文章做的是“中药复方调节氨基酸稳态和PI3K/AKT/mtor通路”，值得学习~

曹雪涛院士3天连发3篇高水平文章（1篇29+），真的牛！“单细胞+空间转录组”上大分！这把真是高端局，这“泼天的富贵思路”接起来

二区跃一区！发文量破万，还在逐年攀升！孟德尔随机化高光依旧，收拾收拾文章准备升咖啦！

IF 45.5，不愧是顶刊Cell!樊荣教授团队开发新技术，结合单细胞测序，这篇简直是空间转录组天花板！

Aging被踢又如何？这本1区6+Top神刊，清华大学都在投！谁投了谁知道好！

狂中国自然706项的热点！中国农大“巨噬细胞”与肠道菌群、色氨酸代谢梦幻联动，大有反超“免疫”之势，不容错过！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

中医药人又幸福了！网络药理学+分子对接+多组学的绝佳组合，上中医团队2个月拿下药学TOP刊！码住收藏！

2个月登顶药学神刊！中医药发文“套路”算是让浙大团队玩明白了！就看“虚拟筛选+化学蛋白组学+代谢组学”如何在一区大放异彩!

机会来了，获得生信大神同款必备生信服务器，不要错过

研究靶点如何丝滑切入？暨南大学查振刚团队这篇文章单细胞测序入手，结合“国自然王炸”糖酵解+巨噬细胞，4个月登上AS！

档次层层加码！XX疾病细胞异质性+单细胞分析，揭示XX机制，可别小瞧这个思路，保你一做一个不吱声！

如何看待Science Advances影响因子疯狂下跌？复旦大学硕士共一打的巨噬细胞+代谢重编程组合拳，化身科研界的变形金刚！

绝了！和 “潘展乐” 速度有的一拼！20天飞速接收，孟德尔随机化这篇5分+文章，绝对是生信小白的神助攻！上分没跑了~

齐鲁大地，人才辈出！齐鲁口腔医学院靠“单细胞+免疫抑制”思路，干湿结合拿下12分+，这是要技术有样貌啊！

样本量爆棚？分析深度加码？选对服务器，省心科研无忧！

远离F刊，孟德尔随机化依旧嘎嘎发文！药靶MR联合多组学，天作之合拿下一区Top 8分+，抓紧复现！

妥妥友刊向你招手，快来投稿！不愧是华西医学院，MR搭配单细胞测序带你弯道超车，思路超绝，想毕业的来！

火爆全领域的孟德尔随机化又杀疯了！代码公开！IF 20+的Nature子刊直接拿下，你信不信，这还不是MR的上限！

年轻有为！88年的他，优青、杰青、副院长！2024年更是势如破竹，目前已发表9篇SCI，累计影响因子达200+！

绝了绝了！中医药又发纯生信，机器学习成关键加分点！暨南大学凭药理学分析+分子对接轻松斩获一区SCI！

IF 31.7/ 子刊，饮食习惯并不是造成痛风的主要原因！青岛大学团队权威研究：遗传才是痛风的罪魁祸首！

中医药这泼天的富贵被山东中医药大学接住了！中药成分如何利用经典思路同时获得国家、省、市级自然科学基金支持？

cell顶刊：全球首个不同RNA种类的全貌空间分析！樊荣团队玩转全转录组，结合单细胞测序，天花板级别思路直接呈现！

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

IF：11.4！双1区顶刊中的“水刊”，巨好投！青岛农大张西峰团队：铁元素切入，多组学加持，4个月拿下！这波操作赢麻了！

IF 12.4/Q1！三校联手共同打造数据整合利器！scRNA-seq+转录组+机器学习，用这个思路上分，体验“飞”一般感觉！

热度不减的cGAS-STING信号通路？结合线粒体自噬登上“巨型顶刊”Nat Commun！绝佳思路上发大分！

出息了，我的宝！硕士共一勇夺27.7分Cell大子刊，西南医科大学“乳酸化+线粒体转运”的课题思路一骑绝尘！乳酸化修饰真的全面！

这本期刊IF连年上涨，速来取经！成都医学院团队：单细胞测序+一丢丢实验，斩获一区TOP，思路这么绝还不快来学！

每个生信人都需要一台服务器

5+超级“水刊”从预警到Top，成功逆袭！天津医科大学团队瞅准时机，多组学+PCR两个月轻松拿捏！临床快速发文捷径在此！

解锁NC，勿错过！恭喜湘雅医院团队再创佳绩！UK Biobank数据库联合孟德尔随机化，轻松登顶！速来get同款研究思路!

6分+纯生信！单细胞竟如此吃香！海南大学团队又一佳作，升级版思路基础和临床都适用！快看过来啦~

Nat Commun到底有谁在啊，单细胞文章全过去了！中国医学科学院团队：scRNA-seq联合单细胞T细胞受体测序再创佳绩！

中医药人的理想型文章！西北大学朱忠良团队完美融合“网络药理学+代谢组学+肠道菌群+动物模型”，天花板级别的科研思路，还不赶紧领走

师弟逆袭记：如何通过租服务器，从实验室新手到生信专家的华丽转身

这把MVP跑不了了！哈尔滨医科大学张学院士团队:孟德尔随机化与单细胞强强联手，大招一出，所向披靡！

IF:16.6震撼登场！重庆医科大学：孟德尔随机化数据库——DMRdb，专治不会MR的你！傻瓜式操作，分析不再求人！

我没看错吧！南方医科大学吴娴波团队挖掘UKB数据库，仅七张图表，就这么水灵灵的发了26.7分！怎么做到的？快来取经！

IF 36.1，还得是Nature methods啊！单细胞和空间转录组王炸组合，全新分析方法推断细胞间通信驱动的细胞间流动

妥妥的新思路！恭喜中国医科大学团队“单基因纯生信”发双一区8+！孟德尔随机化+多组学+单细胞+UKB，这工作量还是发低了！

乳酸化又有新发现！PNAS重磅发文：RNA m6A去甲基化酶的乳酸化促进对DNA病毒的先天免疫反应

不愧是顶流！乳酸化一登场，9分+轻松到手！无需测序，盛京医院团队仅凭单细胞公共数据+空间转录组+少量实验，顺利拿下一区Top！

一鸣惊人（IF12.8）！吉林大学郭建锋与上海中医药大学曙光医院余卓团队：揭开cGAS-STING通路新秘密，免疫治疗走向新纪元

IF 27.7！TCGA+GTEx老树开花，纯生信轻松卷上Mol Cancer！不是实验做不起，而是纯生信更有性价比！

中医药的风依旧很大！中国中医科学院团队这篇文章做的是“中药复方调节氨基酸稳态和PI3K/AKT/mtor通路”，值得学习~

超强思路来袭！北协和团队做的是“天然活性物质通过PPARα/LACC1/NF-κB信号通路抑制巨噬细胞焦亡和极化”，值得学习！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉