2024年11月21日，工信部、财政部联合发布第34号《关于优化调整国务院部门涉企保证金目录清单的公告》，按照国务院减轻企业负担部际联席会议《2024年全国减轻企业负担工作实施方案》要求，对国务院部门涉企保证金进行优化调整，发布《国务院部门涉企保证金目录清单（2024版）》。
清单列明了国务院部门涉企保证金名称、责任单位、设立依据、征收标准、征收方式、征收程序和返还时间。
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清单共包括11个国务院部门的22项保证金，商务部最多，6项，海关总署其次，3项。
海关总署设立或管理的3项涉企保证金是：
其中，海关税收类保证金的设立依据中的《船舶吨税暂行条例》已经根据2017年12月27日第十二届全国人民代表大会常务委员会第三十一次会议通过、自2018年7月1日起施行的《船舶吨税法》第二十二条规定，自2018年7月1日起废止。
除了已经废止6年的《船舶吨税暂行条例》外，海关税收类保证金设立依据中的《进出口关税条例》和标注为“海关总署令第124号”的《海关进出口货物征税管理办法》已于2024年12月1日被废止，不过，第34号公告发布时《进出口关税条例》和第124号署令发布的《海关进出口货物征税管理办法》仍然有效。
另外，还有多项保证金的设立依据存在矛盾之处：
海关风险类保证金的设立依据中，《海关加工贸易单耗管理办法》标注的文号是“海关总署令第243号”，第243号署令是公布《海关总署关于修改部分规章的决定》，决定修改了45部海关规章；《海关加工贸易货物监管办法》标注的文号是“海关总署令第262号”，第262号署令是公布《海关总署关于修改部分规章的决定》，决定修改了22部规章。
这2部规章标注的文号是对各自进行修改的最新署令，也就是现行有效版本的出处。
如果以此标准，那么同时作为海关风险类保证金设立依据之一的《海关进出口货物集中申报管理办法》也应当标注对其进行修改的最新署令，即“海关总署令第243号”，但是，实际标注的却是当初发布的署令“海关总署令第169号”；海关案件类保证金设立依据中的《海关关于<知识产权海关保护条例>的实施办法》也应当标注对其进行修改的最新署令，即“海关总署令第240号”，但是，实际标注的却是当初发布的署令“海关总署令第183号”。
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