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哈喽哈喽大家好，大海哥来报到啦！又到了每日科研分享时刻，各位宝子猜猜大海哥今天带来了什么好消息？那就是2024年持续爆火的孟德尔随机化不仅发文量持续暴涨，最近还登上了NC期刊！说到NC期刊，很多小伙伴都吐槽它是顶刊中的“水刊”，但是大家反过来想想，不需要做实验，利用公共数据就能“征服”一篇14分+的期刊，周期短，成本低，还顺利完成KPI任务，这时候大家还觉得它水嘛？今天大海哥介绍的这篇内容就是利用孟德尔随机化轻松拿下NC期刊，那它到底是赢在哪里呢？话不多说，直接上内容，给各位宝子都开开眼~这篇文章是上海交通大学附属瑞金医院团队发表的研究论文，该研究主要以2型糖尿病（T2D）和冠状动脉疾病（CAD）等心脏代谢疾病的药物开发为研究方向，主要通过一项全转录组孟德尔随机化（MR）研究，以估计CD4 T细胞活化期间11,021个基因表达谱对T2D和CAD发展的推定因果影响。研究选题新颖，逻辑清晰，总结一句话就是现在利用MR复现SCI绝对最佳时机！1. 选题角度新颖：本研究结合MR和共定位方法来识别T2D和CAD的推定致病基因，解决了类似的因果问题，可能为确定针对特定疾病的最佳激活时间提供有价值的见解。2. 研究结果可靠：本研究采用动态单细胞eQTL数据分析增强相关基因的鉴定，通过不同激活时间点的估计效应基于基因表达和激活时间之间动态相互作用的假设，使得进一步增强了研究结果的可靠性！ PS：MR正处于发文关键红利期，且适用于临床各科室研究！如果你也想复现此类研究，那就快来联系大海哥吧！各位宝子不仅可以参考大海哥此前的各种MR文献分享寻找灵感，也可以滴滴大海哥，根据您的想法，为您设计专属实验方案及选题，及免费体验生信服务器服务！机不可失，就等你来哦~题目：CD4 T 细胞活化过程中的转录组范围孟德尔随机化揭示了心脏代谢疾病的免疫相关药物靶点公众号后台回复关键词“999”即可获得原文，文献编号：241106
免疫力在为2型糖尿病（T2D）和冠状动脉疾病（CAD）等心脏代谢疾病的药物开发提供信息方面显示出潜力。因此本研究旨在提供支持免疫与代谢疾病联系的证据，并优先考虑心脏代谢疾病的免疫介导药物靶点。
本研究旨在利用取自119名欧洲个体的样本，在CD4 T细胞活化期间的五个时间点（0 h、低活跃期、16、40h和5天）获得的动态单细胞eQTL数据来系统估计11,021个基因表达谱的推定因果效应，包括1817个基因，涉及46个表达谱。随后使用MR和共定位分析方法来探讨治疗T2D和冠状动脉疾病（CAD）的基因。 1. CD4 T细胞活化和非动态eQTL使用动态eQTL的基因表达对T2D和CAD的因果影响本研究结果显示，在15,982个基因-疾病对中，766个基因-T2D对和211个基因-CAD对在MR分析中显示出强有力的证据，进行了基因共定位和LD检查。共定位分析显示530个T2D MR信号和153个CAD MR信号，具有强有力的共定位证据，而LD检查分析确定了578个T2D MR信号和170个CAD MR信号，具有近似的共定位证据。图2. 动态CD4 T细胞eQTL对T2D和CAD以及主要靶基因的MR结果表示随后对使用来自7项研究的单细胞基因表达数据鉴定的162个T2D基因进行了差异基因表达分析。结果发现，在7项研究中的至少一项研究中，162个T2D基因中有79个表现出T2D和非T2D个体之间差异表达的证据。MR结果表明，初始CD4 T细胞中的STK17B基因表达与T2D风险降低相关，这与从差异基因表达分析中获得的结果一致（图3）。 图3. 162个因果影响T2D风险的基因的差异表达分析2. CD4 T细胞基因表达对T2D和CAD的细胞类型特异性因果效应在46个CD4 T细胞表达谱中，鉴定了39个表达谱，这些表达谱具有来自MR和共定位的证据支持与T2D相关，以及35个与CAD相关的谱。除了记忆和初始CD4 T细胞外，还观察到T2D和CAD的致病基因主要在CD4 T细胞活化的五个时间点（0 h、LA、16 h、40 h、5天）中在TCM和TEM亚群中表达。这些发现与这些特定细胞类型中仪器的丰度一致，并表明每个表达谱的MR信号数量与报道的每种细胞类型的eGenes数量之间存在相关性。 3. CD4 T细胞活化过程中基因表达对T2D和CAD的激活时间特异性因果影响在162个T2D基因和80个CAD基因中，73个基因在静息状态下被检测到，而192个（86.5%）基因在激活时被检测到。这强调了研究CD4 T细胞活化状态的重要性，因为它可能有助于识别心脏代谢疾病的其他致病基因。接下来进行了两项额外的分析，以确定在不同CD4 T细胞活化时间点表现出独特MR信号的基因-疾病对。结果显示7个基因-CAD对和24个基因-T2D对表现出强有力的证据，显示不同时间点的时间因果模式。 图5. 不同激活时间点的基因分布、成对Z评分和MR估计的异质性检验为了确定免疫相关药物靶点和T2D和CAD的再利用机会，将MR结果（基因-疾病对）与现有的临床试验证据（药物-适应症对）进行了比较。结果显示所有25个优先基因都参与了与CD4 T细胞相关的免疫介导机制和通路。此外MR结果显示遗传证据支持抑制ERAP2表达水平在降低CAD风险中的因果作用。
本研究确定了162个T2D的推定致病基因和80个CAD的推定致病基因，其中9%的基因-疾病对仅通过免疫细胞特异性eQTL进行识别。研究强调了研究免疫和代谢途径融合的潜力，为开发针对心脏代谢疾病的免疫调节药物铺平了道路。读完此篇相信很多宝子对MR又充满了兴趣，如果你也想复现此类文章，但苦于缺乏思路与分析技术方法，那么欢迎宝子们随时来滴滴大海哥，无论是创新思路设计和分析实操复现，大海哥都是专业的，助您早日实现SCI梦想~医学海公众号持续为大家带来最新科研思路，想复现这种思路或者定制更多创新性思路欢迎直接call大海哥，竭诚为您的科研助理！
