1979年2月，彭真正式复出，出任全国人大常委会法制委员会主任。
彭真
彭真复出之时，正值刚刚改革开放不久，当时社会上刮起了一股怀疑四项基本原则、全盘否定毛泽东和毛泽东思想的风，一些领导干部在思想上感到困惑，也发生了动摇。彭真对此深感忧虑，他虽然受过委屈，但他从不以个人的遭遇作为判断是非的标准，每当他每谈到毛泽东时，总是先谈其功绩。
1980年初，彭真有一次和秘书杨景宇聊天时，说了这么一番话：
高举毛泽东思想的旗帜与对毛主席的个人崇拜，是两码事。旗帜就是方向，一定要举；丢掉这面旗帜，就会迷失方向，党心民心会乱，那还得了？
……
讲对毛主席的个人崇拜，就不能把账都算在毛主席头上，我们这些人都有责任。扪心自问，我不是一个盲目迷信的人，但我就是崇拜毛主席。
不久以后，中央召开工作会议，彭真被列在东北组。会议第一天，有一位同志私下对彭真说：“过去要解放思想，突破毛主席定下的清规戒律是一个难题。现在解放了，但问题又转到另一方面，人们往回看，对毛主席横加指责，有些问题涉及到对党的批判！”
毛泽东和彭真
彭真听后非常生气，这天晚上他失眠了。
第二天，会议继续进行讨论，彭真在会议开始后首先发言：
我想讲几句话。小平同志讲，实现四个现代化必须坚持四项基本原则。现在一个突出的问题是，应当怎样看待毛泽东同志和毛泽东思想这面旗帜！否定了毛泽东思想，我们举什么旗帜呢？毛泽东思想就是马克思主义普遍真理和中国具体实践相结合。如果把它放弃了，我们用什么理论作为全党、全军、全国各族人民的行动指南呢？否定毛泽东思想，则必然造成大家的思想和整个革命阵线的混乱，使亲者痛、仇者快。
彭真把桌子敲得咚咚作响，他有些激动了：
要注意啊，同志们！对毛泽东同志，应当全面来看！我们在宣传中必须慎重，决不能给国外敌对势力提供反华弹药，国外敌对势力正希望我们搞“非毛化”，他们对毛泽东思想极端仇视，正在千方百计地贬低它，妄图把它搞臭。对此，我们决不能等闲视之！
彭真
这次讲话，是彭真复出后一次较为正式的讲话，话虽然不多，但在党内引起了很大的反响。彭真的观点，加上党内大多数同志的类似观点，很好地支持了邓小平主持的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》的起草论点。
1980年3月，中央决定成立中央“两案”审判指导委员会，统一领导林彪、江青反革命集团“两案”的审判工作，彭真被任命为“两案”审判指导委员会主任，统一领导“两案”的审判工作。
彭真上任后，认为这次审判应该和历次搞“运动”时的审判不一样，因为新中国刚刚成立时，我们就有了自己的宪法，此次审判要向全世界表明，我们不仅仅是一个主权国家，更是一个法制的国家。
此后“两案”审判工作在彭真的精心安排、具体指导下，有条不紊地进行着。曾有两位中央政治局的领导问彭真：“一个不杀，大部不抓，这是毛主席定下来的，这一次审判怎么办？”
彭真回答说：“那得审下来再看！”
彭真和陈云
1980年9月8日，中央政治局全体成员和彭真带领的“两案”指导委员会成员在人民大会堂开会，定夺“两案”的审判事宜。彭真向政治局汇报说：
10个主犯罪行基本上弄清了：一边是黄、吴、李、邱，加江腾蛟；一边是“四人帮”加陈伯达。送给常委的起诉书，提出判10人。他们主要罪行弄清楚了，林、江是头子，康生是军师，两派作贼一方，分赃也有矛盾，但是一个集团。列入起诉书的罪行，不涉及毛、周和中央其他领导同志的过错。
此时华国锋问彭真：“是一案起诉？还是两案呢？”
彭真回答说：“黄、吴、李、邱、江由军队法庭审讯，这几个人一定要审，判刑可以轻一点，他们同江青不一样，历史上做过一些好事，打过胜仗。”
最后华国锋拍板说：“10月初就审吧，外国人还是不参加好！”
彭真补充说：“还有一件事，这次审判，律师也要上台，这样才符合司法程序，成为真正意义上的法律审判！”
彭真（右二）
1980年9月29日，在彭真的建议下，第五次全国人大常委会第16次会议决定成立最高检察院特别检察厅，最高人民法院成立“特别法庭”，审判“两案”。
1981年1月25日，最高人民法院特别法庭在查清林彪、江青反革命集团案10名主犯犯罪事实的基础上，开庭宣判：判处江青、张春桥死刑，缓期两年执行，剥夺政治权利终身。判处王洪文无期徒刑，剥夺政治权利终身。姚文元、陈伯达、黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、江腾蛟被分别判处有期徒刑20年、18年、18年、17年、17年、16年、18年，均剥夺政治权利5年。
江青被判死缓后，彭真曾去监狱里看过她。江青一见彭真就骂：“你是邓小平的走卒！”
彭真没有理江青，而是问她：“你还有什么要求？”
江青说：“我要见华国锋，向他问个明白。”彭真摇头表示拒绝。
江青
江青又说：“我要见邓小平一面。”彭真再次拒绝。彭真见江青没有任何认罪的表示，就结束了谈话。
1987年10月，彭真正式从领导岗位上退了下来。彭真复出的这8年，是他生命中最愉快的8年，同时也是中华民族崛起的8年！
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