Nature Communications是水刊?能水到国自然,你服不服?国自然榜一大哥”巨噬细胞“结合多组学领跑,实至名归!

文摘   2024-11-17 19:01   上海  


上周天大麦与朋友约了个饭,朋友愁眉苦脸的一顿吐槽......说是他单位现在卯足劲给开2025国自然动员大会,定指标,不写就不给奖金,不中就不给评职……

你单位是不是也如此?确实很多医院和研究院陆续展开了国自然动员大会~~~看来学医的尽头大概就是年复一年的论文和标书吧!今年的你是不是不想再陪跑落榜了?那就即刻行动起来增加自身中标优势,练就一份顶级的国自然标书吧!

就预实验而言,赶时间还是生信拿的出手呀!山东大学齐鲁医院张铭湘/陈玉国/张运团队联合北京安贞医院姜文剑团队在Nature Communications发的文章引入了公共数据库GEO的单细胞和转录组数据集,进行围绕腹主动脉瘤ILF3免疫因子研究,联系上了“巨噬细胞+多组学”的国自然热点,就拿到了国自然的资助(国自然项目批准号82370455)!都说“Nature Communications”是水刊!那么水到国自然,你服吗!大麦是大写的服!

这篇文章亮点满满,一起看看吧~

1)紧抓热点:据不完全统计,近五年来,巨噬细胞相关国自然中标项目数量呈“爆炸式”增长,将“巨噬细胞+多组学”结合,打出一套“组合拳”,完美实现1+1>2的效果;

2)多组学分析:利用多个公共数据库中的数据,还进行了多组学分析,内容丰富,结论可靠省时省钱省力);

3)药物靶向验证:通过使用BW靶向药物治疗,使基础研究更具临床转化意义(热点与临床丝滑结合)。

巨噬细胞的中标概率极高,那么如何根据巨噬细胞设计合理的课题方案呢?灵光乍现,但没有下文?就速来联系大麦定制专属于你的思路吧!跟着大麦,国自然不迷路! 

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题目:巨噬细胞ILF3通过诱导雄性小鼠的炎症失衡来促进腹主动脉瘤

发表时间:2024年8

研究背景

腹主动脉瘤(AAA)是一种致命的血管疾病,其特征是主动脉直径不可逆地扩大,伴有局部炎症和细胞外基质的降解。炎症细胞的浸润和强烈的炎症反应在AAA的起始和进展中起着关键作用,特别是巨噬细胞在炎症平衡中扮演重要角色。白细胞介素增强子结合因子3(ILF3)作为一种先天免疫反应的调节因子,与心血管疾病如中风和心肌梗死有关联,但其在AAA发展中的具体作用尚不清楚。    

研究设计

研究主要结果

1.ILF3在人类和小鼠AAA组织中升高

对公共数据库GEO的GSE57691和GSE12591转录组数据集进行二次分析(用别人的数据,发自己的文章,领会到了没?),发现ILF3在AAA患者和Ang II诱导的AAA小鼠模型中均显著升高,表明ILF3在AAA进展中起重要作用。此外,对人类单细胞GSE166676数据集进行二次分析,发现ILF3在AAA巨噬细胞中表达显著增加,表明巨噬细胞ILF3在AAA进展中起着关键作用。进一步探讨ILF3在AAA内巨噬细胞中的功能,流式细胞术显示,随着Ang II暴露时间的延长,ILF3阳性巨噬细胞逐渐增加。此外,人类和小鼠AAA样本中ILF3表达均增加,免疫荧光测定发现明显的巨噬细胞共定位。 

2.巨噬细胞ILF3有助于Ang-II诱导的炎症细胞浸润和炎症反应

基于scRNA-seq数据的GO和KEGG富集分析结果发现,巨噬细胞ILF 3与免疫应答和与免疫应答相关的途径显著相关;免疫荧光双染色表明,ILF3在巨噬细胞中的表达与炎症反应的增强有关。Elisa显示随着Ang II暴露时间的延长,ILF3阳性巨噬细胞的数量逐渐增加;免疫印迹分析表明,IL-3缺陷的巨噬细胞显示MCP-1和炎性细胞因子的表达降低。

3.巨噬细胞ILF3通过p105和Keap1介导NF-κB和Keap1-Nrf2通路

机制深入研究发现,一方面,巨噬细胞ILF3激活后加速了p105 mRNA的降解,激活NF-κB途径从而增强促炎反应;另一方面,巨噬细胞ILF3通过蛋白复合物ILF3-eIF4A1与Keap1 mRNA结合并促进Keap1的翻译,Nrf2泛素化降解增加,从而抑制抗炎反应。  

4.BM抑制巨噬细胞ILF3高表达诱导AAA进展的药物治疗

通过给ILF3M-Tg ApoE−/−小鼠模型使用Bardoxolone methyl (BM)进行治疗,发现BM治疗能够减少AAA的发生率、破裂率和死亡率,表明BM对由高ILF3表达引起的AAA进展具有缓解作用。血管超声成像结果显示,BM治疗显著抑制了由Ang II诱导的ILF3M-Tg ApoE−/−小鼠的主动脉扩张。HE和VVG染色发现BM治疗能够显著改善Ang II诱导的弹性蛋白降解。在CaCl2诱导的AAA模型中,BM同样减轻了ILF3过表达引起的腹主动脉扩张和弹性蛋白破坏。

文章小结

该研究揭示了巨噬细胞ILF3在AAA进展中的关键作用,ILF3通过调控促炎和抗炎反应的平衡,推动了AAA的进展,强调了BM在减轻由巨噬细胞ILF3激活加剧的AAA不良反应方面的治疗潜力,为预防和治疗AAA提供新的潜在治疗靶点。结合转录组学和蛋白质组学测序联合分析,不仅明确了ILF3基因表达变化与脂代谢及免疫炎症反应的密切关联,还通过KEGG通路分析深入探究了ILF3影响AAA进展的具体分子机制。以“转录组+”、“单细胞+”等多组学联合的研究设计思路,已是公开的文章提分秘籍~没经费,无法实现?那就公共数据库2次分析走起,大数据时代,科研人拿别人的数据,发自己的文章!数据挖掘就应当提上日程,想感受手握大把数据的朋友,速速联系大麦吧!

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