Gene Search 基因查询。
TF/TFBS Search 转录因子/转录因子结合位点查询。
Gene Group Search 基因集查询。
Promoter Analysis 启动子分析。
Cross Species 跨物种分析。
ChIP-seq数据查询。
1. Gene Search
点击Search，我们会得到AT1G15820.1的具体注释信息“light harvesting complex photosystem II subunit 6（光合作用复合体II亚单位6 基因名字 LHCB6） ” 。
点击基因可以得到具体的信息，包括基本信息（物种、基因ID、基因名字、染色体位置、基因具体位置、基因描述、序列、KEGG 注释信息）、GO注释、序列注释和启动子分析。
点击Analysis of this promoter可以得到转录因子结合位点保守的非编码元素串联重复序列 CpG岛。其中不同颜色是预测不同转录因子的结合位点信息，可以勾选进行展示。在下面可以得到具体的转录因子信息。这样我们就可以通过预测结果来判断要不要进行下一步的酵母单杂、双荧光素酶以及 ChIP-seq/qPCR的验证实验了。
2. TF/TFBS Search 转录因子/转录因子结合位点查询
Regulatory network construction if co-occurrence TFs based on protein-ptotein interaction. 基于蛋白质-蛋白质相互作用，构建共现TF的调控网络。
点击Search，可以得到转录因子AGL15的调控信息。
然后，我们会得到转录因子的基本信息、调控信息（转录因子结合的motif）、蛋白序列注释。
选择Explore a TFBS by keyword or ID。
点击Search。可以得到基因启动子上的有哪些motif信息。
选择Explore a TFBS by sequence。
3. Gene Group Search基因集分析
得到结果如下：有AT2G46590、AT1G13260等这些转录因子调控这些基因集。
点击TF Locus得到转录因子的信息。
点击Network construction的view可以看出来，这一组基因分别被AT2G46590调控，而且还给出了不同颜色标识，点击每个基因前面的□，可以得到转录因子可以结合该基因的具体位点信息。
Transcription Factor Binding Site展示的是具体的motif信息。
4. Promoter Analysis启动子分析
这里我们可以直接输入启动子序列来得到启动子序列上其他转录因子结合的位点信息。我们这里以AT1G01020.1为例：
结果显示有AT-HOOK还有NAC等转录因子可以结合在该基因的启动子区上进行调控。还可以通过不同颜色标识不同转录因子的结合位点信息。
5.Cross Species跨物种分析
CNS analysis用于同源基因中的保守非编码序列（CNSs）的识别以及CNSs中的转录因子结合位点（TFBSs）的组合和序列变异的识别。
比如输入：AT2G32730.1 (Arabidopsis thaliana)得到的similar geneID 为Os08t0224700-01 (Oryza sativa Japonica Group)
还可以比对两个序列之间的相似性。
以示例数据为例，点击search。
6. ChIP-seq数据查询
点击进去后显示是一个数据库资源植物 ChIP-seq 数据库 (PCBase)，它收集并利用来自基因表达综合 (GEO) 和序列读取档案 (SRA) 的各种条件下的植物 ChIP-seq 实验数据来推断七种模型植物和一种绿藻的转录结合位点：拟南芥、水稻、玉米、番茄、大豆、琴叶拟南芥、陆地棉和莱茵衣藻。大家可以自行查看一下。
精选合集，欢迎收藏哟！
