直播时间：2024.7.18 15:00-16:00
主要内容：
1. 哪些环节可以判断异常样本
2. 如何处理异常样本
3. 如何避免异常样本的影响
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【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理
本套课程是由上海唯那生物技术团队结合多年的项目分析实战经验，经过大量的用户需求调研，专注于高通量测序数据处理和绘图实战而综合开发的大型R语言课程，本套课程具有五大显著特点：
（2）开展转录组学分析的科研工作者；
（3）开展基因组学统计和绘图分析的科研工作者；
（4）需要使用R语言快速进行实战研究的零基础学习者；
（2）如何使用R语言进行数据过滤和统计分析（第二章节）；
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（1）课程目标、面向的人群和课程解决的主要问题
（2）课程学习和脚本使用指南
（3）唯那生物团队提供的免费无忧售后服务
（1）R、Rstudio与R包的关系
（2）R、Rstudio与R包的安装方法
（3）如何获得帮助信息
（4）国内镜像的设置
（5）R包的更新与卸载
（1）变量的定义和赋值
（2）基本数据类型与常用操作（向量，矩阵，数据框，列表）
（3）数据的读取和导出
（1）R语言编程中常用循环方式和实操
（2）R语言编程中各类判断方法和实操
（1）数据（*.csv）的读取和导出
（2）数据框基本操作：缺失值替换、数据过滤、行列信息提取与替换、均值/总和/标准差等常用统计量的计算
（1）tidyverse包的安装和加载
（2）宽表格和长表格相互转换
（3）数据清洗函数：新列的添加、行筛选、排序、选择指定列
（4）数据框合并：左连接、内连接、反连接、半连接
（5）实战案例：数据的分组汇总（以微生物菌群不同层级物种丰度信息统计为例）
（1）使用rstatix包中函数进行T检验、Wilcox检验和ANOVA检验
（2）实战：使用DESeq2包进行基因表达差异检验与统计
（1）相关性分析的生物学意义与应用场景
（2）实战：组内样本间相关性分析
（3）实战：组间样本相关性分析（以宏基因组数据物种与代谢通路相关性分析为例）
（1）ggplot2的安装和功能
（2）ggplot2的语法规则
（3）ggplot2的使用方法
（1）工作目录设置和文件读取
（2）列名修改和替换
（3）数据升序/降序处理
（4）geom_bar()函数绘制柱状图使用规则
（5）柱状图添加文本标签和轴标签方法
（6）实战绘图：一键化绘制多样本柱状图和分组柱状图
（1）组间差异检验常用方法
（2）实战：使用ggbarplot函数绘制柱状图
（3）实战：柱状图添加差异检验结果
（4）绘图结果导出方法
（1）堆积柱状图和簇状柱状图的类型、使用场景
（2）实战：堆积柱状图和百分比堆积柱状图绘制
（3）实战：簇状柱状图绘制
（4）扩展：如何将差异检验结果添加到簇状柱状图中
（1）箱线图的结构特点和源数据文件整理方法
（2）箱线图的绘制和参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制箱线图
（1）小提琴图的结构特点和源数据文件整理方法
（2）小提琴图的绘制和参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制小提琴图
（1）散点图的结构特点和源数据格式要求
（2）散点图参数设置：拟合曲线添加和相关性分析
（3）实战：使用脚本一键化绘制散点图
（1）火山图的结构特点和源数据格式要求
（2）火山图绘制的各类参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制火山图
（4）火山图结果生物学意义的解读
（1）PCA图的结构特点和源数据准备方法
（2）PCA图绘制的R包和参数设置
（3）实战：使用脚本一键化绘制PCA图
（4）PCA结果图生物学意义的解读
（1）折线图的结构特点和源数据格式要求
（2）实战：折线图绘制和各类参数设置
（3）实战：折线图中添加面积图和堆积面积图绘制
（4）实战：折线图绘图中添加误差棒
（5）折线图绘图脚本使用与修改建议
（1）饼图的结构特点和源数据准备方法
（2）常规饼图和环形饼图的绘制方法和参数设置
（3）实战：使用脚本绘制饼图
（1）拼图的类型和使用场景
（2）实战：使用patchwork包拼图
（3）扩展：拼图后图片标记添加和主题设置
（4）拼图结果的导出方法
（1）Venn图的结构特点和结果解读
（2）Venn图源数据准备和格式转换
（3）实战：使用脚本绘制Venn图
（4）扩展：脚本参数的修改建议
（1）花瓣图的应用场景和结果解读
（2）花瓣图源数据准备和格式转换
（3）实战：使用脚本绘制花瓣图
（4）扩展：脚本参数的修改建议
（1）Upset图的结构样式和应用场景
（2）Upset图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）实战：使用脚本绘制Upset图
（4）Upset图结果解读
（1）热图的应用场景和结果解读
（2）常规热图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）常规热图绘制的R包使用方法
（4）实战：使用脚本绘制热图绘图
（1）组内相关性热图的应用场景和结果解读
（2）组内相关性热图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）组内相关性热图绘制的R包使用方法、脚本参数的必要性调整
（4）实战：使用脚本绘制组内相关性热图
（1）组间相关性热图的应用场景和结果解读
（2）组间相关性热图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）实战：使用脚本绘制组间相关性热图
（1）弦图的应用场景和结果解读
（2）弦图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）弦图绘制的R包和使用方法
（4）实战：使用脚本绘制微生物物种与样本关系的弦图
（1）GO功能注释弦图的应用场景和结果解读
（2）GO功能注释弦图绘制源数据文件准备
（3）GO功能注释弦图绘制方法和脚本参数的必要性调整
（4）实战：使用脚本绘制GO功能注释弦图
（1）华夫饼图的应用场景和结果解读
（2）华夫饼图绘制源数据文件整理与格式规范
（3）华夫饼图绘制R包和使用方法
（4）实战：使用脚本绘制华夫饼图
【课程】微生物比较基因组精品系列课——全套自学必入的系统课程
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【课程】微生物比较基因组与群体进化——基因组变异专题研究
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【课程】密码子偏好性分析——全套（含理论、软件、脚本、方法）
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【课程】微生物分子分型-MLST课程——分型全套（含理论、软件、方法）
课程链接：微生物分子分型-MLST课程
【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理
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【课程】肺炎克雷伯菌基因组学研究综合指南
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【课程】铜绿假单胞菌基因组研究和分子分型实战
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【课程】基因组结构分析神器Easyfig实操精品课
【课程】BRIG绘图——结构比较专题2
【课程】微生物基因组生信必学课程
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【课程】微生物生防菌研究
课程链接：生防菌的系统化研究
【资料】耐药专题材料
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