军改后，武警部队有两个重要变化，一是取消了原来的“双管体制”，由军委直接管辖；二是随着“6大警种”的退出，武警部队现存的3大警种，均为有作战能力的警种，不再下辖如“水电、黄金”等非作战警种。
也就是说，在军改后，武警的职能发生了重大转变，由之前的“综合类”转为了以“防卫作战”为主要任务的“新武警”。
那么，在新的任务，新的时代的背景下，武警部队由哪里指挥呢？
一、军改后，共设6个联合指挥中心，其中5个在战区
军改后，不仅武警有了新变化，解放军同样如此，随着原来“7大军区”体制的撤销，在2016年2月1日，五大战区宣告成立（东部战区、南部战区、西部战区、北部战区、中部战区）
而战区及下级部队的指挥体系，则是按照”军委—战区—部队”的三级指挥体系执行的。
而且相应的，在军委和战区，也成立了相应的“指挥机构”，新设了两级共6个联合指挥机构，
分别是“军委联合作战指挥中心”以及5个“战区联合作战指挥中心”。
比方说，关于近期台湾省附近的军演，就是在“东部战区联指中心”的统一指挥下进行的。
二、军改后，武警部队的35个总队，均为军级部队，其中29个为副军级
军改后，随着6大警种的退出，武警部队共保留了35个总队，其中在31省级行政区和新疆建设兵团，共设立32个武警“内卫总队”，同时还新有2个武警机动总队和1个武警海警总队。
其中正军级的武警总队共6个，其中内卫总队中，北京总队、新疆总队和西藏总队这三个总队为正军级，其余均为副军级建制，2个武警机动总队和1个武警海警总队也均为正军级建制。
也就是说，武警现有的35个总队均为“军级”部队，其中29个为副军级，其余6个为正军级。
三、武警部队依据《武警法》，服从战区或军委指挥
军改后，随着“军委管总、战区主战、军种主建”的原则，理论上讲，战区内所有的作战力量，都应该服从战区调遣，也就是说，五大战区的指挥调度权的范围，涵盖了战区内的所有武装力量。
那武警部队是否也涵盖其中呢？
根据《警察法》第二章第十条之规定：
1、武警部队平时与解放军共同参加抢险救援、维稳处突、联合训练演习等非战争军事行动，由中央军事委员会授权战区指挥。
2、武警部队在战时执行任务，由中央军事委员会或者中央军事委员会授权战区组织指挥。这两条规定为战区在平时或战时指挥武警部队提供了很好的法理支撑。
也就是说，武警部队在日常的抢险救灾等活动，均接受战区指挥。而在战时，则由军委或者“军委授权战区”进行指挥作战。
不过，在“非战时”的常规工作中（如看守、巡逻等），则由武警部队自行指挥。
四、最后
也就是说，随着武警部队的职能变化，其已经不再是“综合”部队，而是专注防卫作战的独立部队，其虽然装备不如解放军先进，但是其“作战部队”的属性不容忽略。
而既然是作战部队，由战区进行指挥也是应当的。
