MACS2工作原理
MACS2是2008年最早提出，当时主要用于分析TF的ChIP-seq数据。后来证实对于broad peaks也是适用的。MACS2既可以用于没有Control的ChIP-seq数据，也可以用于有Control的ChIP-seq数据（增加了peak的特异性）。
双峰模型
由于NGS的2个特点（单端，较短），会得到两个峰，分别代表了正负链的峰。但是，TF应该是在这个峰的中间，而非在这两个峰上，所以，我们需要将这两个峰向3'端进行移动。
具体移动多少个bp呢，应该根据DNA fragments的长度。MACS2的方法是，随机找1000个Peaks，然后将每个peak中的Reads分到正负链上，然后计算从正链到负链的距离di，最后对这1000个值取平均值视为DNA fragments的长度。然后我们就可以通过将所有的Reads向3'方向移动d/2距离，从而知道Peaks所在位置。
宽峰和窄峰
这里需要提到2个概念：broad peaks和narrow peaks。一般来说，所谓的broad peaks是指这些区域的peaks信号范围非常的广，看上去很平，不是很sharp。与之对应的是narrow peaks，这些则是peaks信号范围很窄，看上去非常sharp。根据TF和组蛋白的性质，我们一般认为：broad peaks主要是组蛋白的信号；narrow peaks主要是TF的信号。
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