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标题：Integrative Single-Cell Analysis Reveals Transcriptional and Epigenetic Regulatory Features of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
期刊：Cancer Research
IF：13.312
发表时间：2023.03.02
第一作者：玉镇源
通讯作者：莫曾南、南阿若、程继文
通讯作者单位：广西医科大学
研究背景
肾癌是泌尿系统中最常见的癌症之一，2020年全球死亡人数为179368人。
病理上通常将肾癌分为4型：透明细胞型肾癌、颗粒细胞型肾癌、混合细胞型肾癌、未分化细胞型肾癌。其中，透明细胞型肾癌(ccRCC)是肾细胞癌(RCC)最常见的亚型，约占RCC病例的75%，是肾癌死亡的主要原因。许多研究已经绘制了ccRCC的基因组图谱，并揭示了重要的驱动事件，如VHL的双等位基因失活，其次是染色质重构和组蛋白修饰相关基因PBRM1、BAP1和SETD2的突变。
以前的研究主要集中在单细胞RNA水平，忽略了ccRCC的表观遗传调控。本文以19个ccRCC样本进行单细胞多组学的研究。通过整合19个ccRCC样品（总共164000个细胞）的scATAC-seq和scRNA-seq数据，结合全外显子组测序（WES），揭示了ccRCC的表观遗传调控特征。
1. 单细胞多组学研究绘制人类ccRCC转录组图谱
2. 通过scRNA-seq表征肿瘤细胞分子亚型
3. 结合scRNA-seq数据鉴定内皮细胞和免疫细胞亚型
4. 构建ccRCC的单细胞染色质可及性景观
5. scATAC-seq揭示了lncRNA在体外促进ccRCC侵袭和迁移中的生物学功能
6. scATAC-seq揭示了ccRCC中起作用的转录调控因子
7. scATAC-seq和scRNA-seq的整合分析揭示了肿瘤细胞的调控特征
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