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植物根的单细胞转录组研究主要针对的是双子叶植物拟南芥，然而单子叶植物与双子叶植物根系的解剖学和形态学特征不同，单子叶植物根的转录图谱研究水平有限，细胞类型及其进化的分子机制仍未知。
为此，作者选取了水稻两个品种：粳稻Nip和籼稻93-11的根尖区域（5 mm）进行单细胞转录组测序，总共鉴定了8种主要的细胞类型，包括皮质、内皮层、表皮、表皮（近根毛）、后生木质部、根冠、根毛和中柱。利用差异表达分析，作者还得到了一组新的水稻根尖marker基因，并利用荧光原位杂交实验进行了验证。
通过拟时序分析，刻画了表皮向根毛的分化轨迹。并整合了拟南芥的数据，揭示了水稻和拟南芥根细胞的保守性和差异。
1.构建水稻根组织的细胞图谱
2.水稻品种间高度保守的细胞类型
3.表皮细胞向根毛细胞的分化轨迹
4.水稻和拟南芥细胞的保守性和差异
真核生物中，基因表达与开放染色质高度相关。
水稻是世界上最重要的作物之一，研究者之前分析了两个品种的水稻根尖单细胞转录组，为了阐明水稻根系发育过程中的染色质可及性，利用scATAC-seq对水稻根尖46758个细胞核进行了分析，通过细胞类型特异性可及性染色质区域(ACRs)鉴定了6种细胞类型，并利用这些ACR来探索水稻根系发育过程中染色质可及性的动态以及对环境变化的响应。
1.水稻根尖scATAC-seq和细胞类型注释
2.水稻根尖细胞类型TF基序特征分析
3.表皮和根毛细胞的染色质可及性轨迹
4.热胁迫下单细胞染色质可及性动态变化
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