通过封装，可以将常用的代码块或功能模块化，便于在不同的脚本或项目中重复使用，提高开发效率。本文介绍shell脚本的一个简单封装模板，文末附pdf资源赠送。
参数传递
通过封装，可以将一些常变的值作为参数传入，使得脚本更加灵活，适应不同的使用场景。shell脚本可以通过位置参数（如$1, $2等）来进行参数传递。其中$1是第一个参数，$2是第二个参数，依此类推。$0通常是脚本本身的名称。$#表示传递给脚本的参数总数。$@和$*表示所有传递给脚本的参数。
#!/bin/bash
# 脚本名：example.sh
echo "脚本名：$0"
echo "第一个参数：$1"
echo "第二个参数：$2"
echo "参数总数：$#"
echo "所有参数（使用\$*）：$*"
echo "所有参数（使用\$@）：$@"c
运行该脚本
bash example.sh param1 param2 param3
则输出
脚本名：example.sh
第一个参数：param1
第二个参数：param2
参数总数：3
所有参数（使用$*）：param1 param2 param3
所有参数（使用$@）：param1 param2 param3
位置参数示例
以下演示创建一个简单shell脚本，用于查找并显示某一个用户的登录信息。
cat >find.sh
#!/bin/sh
#finduser—查看第一个参数指定的用户是否登录
who |grep $1
^D
chmod +x find.sh
/find.sh rna
chmod +x find.sh修改了find.sh文件的权限，添加执行（x）权限，使得文件成为可执行脚本。执行find.sh脚本，传递rna作为参数，将会检查用户rna是否登录到系统中。
命名参数
如果你想让脚本更加灵活和易于理解，你可以使用命名参数。这通常需要使用getopts或手动解析$@（所有参数的列表）。以下是一个使用手动解析方法来接受命名参数的简化示例：
#!/usr/bin/bash
# 定义使用说明函数
usage() {
echo "Usage: $0 [options]"
echo "Options:"
echo " -h, --help 显示帮助信息"
echo " -o, --out_dir PATH 指定结果输出路径"
echo " -s, --outs PATH 指定cellranger atac输出路径，写到outs。ie: gss1/home/2024/batch_2/01.data/Cg/outs"
exit 1
}
# 初始化变量
out_dir=""
outs=""
# 解析命令行参数
while true; do
case "$1" in
-h|--help)
usage
;;
-o|--out_dir)
out_dir="$2"
shift 2
;;
-s|--outs)
outs="$2"
shift 2
;;
--)
shift
break
;;
*)
if [ -n "$1" ]; then
echo "无法识别的选项: $1"
usage
else
break
fi
;;
esac
done
# 检查必要的参数是否已经被传递
if [ -z "$out_dir" ] || [ -z "$outs" ]; then
echo "缺少必要的参数。"
usage
fi
该脚本创建了通过解析命令行参数来接收用户输入的信息。它支持两种参数：-o 或 --out_dir：指定结果输出路径。-s 或 --outs：指定cellranger atac输出路径。
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