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植物由各种类型细胞组成，作为一个整体发挥作用。不同植物细胞携带着几乎相同的遗传信息，其功能上的分化是由转录活动的程序化调节产生的，了解单细胞转录组的异质性将为植物生理和发育研究提供重要支撑。烟草作为一种重要的模式植物，在植物科学研究中发挥了重要作用。
针对植物单细胞转录组分析细胞标记基因缺乏的问题，项目团队前期开发了植物细胞标记基因数据库PCMDB（Nucleic Acids Research，2022） 在此基础上，该研究针对萌发后21天的烟草幼苗开展了单细胞核转录组测序，绘制了基因表达图谱。研究获得了13028个烟草细胞的基因表达数据，降维聚类后获得29个细胞簇。利用PCMDB收集的植物细胞标记基因，鉴定出18个主要细胞类型，并针对部分细胞类型通过原位杂交进行了验证。
目前植物单细胞转录组所有能做的高级分析：轨迹、细胞互作、跨物种整合基本上都做了，所以方法和结论放在一起，供大家学习。本公众号后续也将更新PlantPhoneDB、OrthoFinder、MetaNeighbor的使用，欢迎关注。
简介
上游分析
Cell Ranger (v6.0)
大类注释
轨迹分析
细胞互作
跨物种比较分析
※标准分析|标准分析流程
※标准分析|Read10X源码拆解
标准分析|自动获得QC阈值
标准分析|污染处理SoupX
※细胞分化|轨迹分析基本概念1
※细胞分化|轨迹分析基本概念2
※细胞分化|monocle1原理
※细胞分化|monocle2原理
细胞分化|解决monocle2报错
细胞分化|Cytotrace分析
细胞分化|使用VECTOR进行无监督发育方向推断
※细胞分化|单细胞可变剪切分析全流程（基于velocyto.R）
细胞分化|不同scVelo模型
细胞分化|使用GeneTrajectory进行基因轨迹分析
细胞通讯|细胞通讯简介
※细胞通讯|CellPhoneDBv5安装及使用
※细胞通讯-可视化-热图
※细胞通讯-可视化-网络图
※富集分析|基于TBtools&R语言进行富集分析及可视化
富集分析|更新clusterprofiler包
富集分析|基因ID格式转换
富集分析|水稻富集分析
※富集分析|植物组织特异性干细胞通路获取
※可视化|Featureplot函数进阶
※可视化|DotPlot函数进阶
※可视化|给你的Dotplot添加聚类及其它统计信息
※可视化|Cell级降维图绘制
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