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单细胞转录组标准分析
单细胞转录组高级分析
推荐阅读顺序
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细胞分化-monocle2原理
细胞分化-monocle2实战
细胞分化-velocyto.R
文献复现1-公共数据读取
文献复现2-Dotplot组图
文献复现3-GSE192742人肝细胞图谱1
文献复现4-GSE192742人肝细胞图谱2
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在上篇文章中我们下载了人肝细胞单核的数据,原文不光给了原始数据(包括注释后的信息),代码也是开源的,后续有需要会再解析这篇文献所用的代码。本篇文章中将采用常规流程对其进行分析,然后还原Cell原文的注释和降维信息,看marker基因的表达情况。
原文:
复现结果:
接上篇内容,看一下下载的数据,进入countTable_human路径下,是未经质控的数据,保存了所有细胞和基因
而annot_humanAll.csv文件则保留了质控后的meta信息,包含病人、注释结果等。我们用这个结果里面的barcode过滤原始的信息。原文中的数据分析过程如下: