文献复现4 | 人类肝细胞图谱2

文摘   2024-07-20 13:14   江苏  
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合集说明

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单细胞转录组标准分析

单细胞转录组高级分析

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上篇文章中我们下载了人肝细胞单核的数据,原文不光给了原始数据(包括注释后的信息),代码也是开源的,后续有需要会再解析这篇文献所用的代码。本篇文章中将采用常规流程对其进行分析,然后还原Cell原文的注释和降维信息,看marker基因的表达情况。

原文:

复现结果:

接上篇内容,看一下下载的数据,进入countTable_human路径下,是未经质控的数据,保存了所有细胞和基因

而annot_humanAll.csv文件则保留了质控后的meta信息,包含病人、注释结果等。我们用这个结果里面的barcode过滤原始的信息。原文中的数据分析过程如下:

1.创建seurat对象

你好我是一只羊
个人号,内容主要涉及种质资源、分子标记开发及遗传多样性分析,表观遗传、编程语言在生物信息学中的应用、转录组、基因组、单细胞测序多组学数据分析等;其它更新平台:B站&小红书-一只羊做生信/捡羊毛的咩/生信小羊🐑
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