环境配置 | homer安装

文摘   2024-10-16 16:43   江苏  

HOMER(Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment)是一套用于Motif发现和ChIP-Seq分析的工具。为了使用它进行peak注释和motif分析,本文先介绍其安装方法:

http://homer.ucsd.edu/homer/introduction/install.html

创建一个homer分析环境,并安装它:

mamba create -n homer
mamba activate homer
mamba install bioconda::homer

which homer
# ~/.conda/envs/homer/bin/homer

找到homer后,安装数据包,这里以人为例。数据比较大,挂在后台执行

# 安装注释包
cd ~/.conda/envs/homer/share/homer
# 查看可选物种
perl configureHomer.pl -list
nohup perl configureHomer.pl -install hg19 > install_hg19.log 2>&1 &
cd ./data/genomes # 安装在这里

END


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