HOMER(Hypergeometric Optimization of Motif EnRichment)是一套用于Motif发现和ChIP-Seq分析的工具。为了使用它进行peak注释和motif分析,本文先介绍其安装方法:
http://homer.ucsd.edu/homer/introduction/install.html
创建一个homer分析环境,并安装它:
mamba create -n homer
mamba activate homer
mamba install bioconda::homer
which homer
# ~/.conda/envs/homer/bin/homer
找到homer后,安装数据包,这里以人为例。数据比较大,挂在后台执行
# 安装注释包
cd ~/.conda/envs/homer/share/homer
# 查看可选物种
perl configureHomer.pl -list
nohup perl configureHomer.pl -install hg19 > install_hg19.log 2>&1 &
cd ./data/genomes # 安装在这里
🔗单细胞测序 、🔗scRNA-seq高级分析、🔗scATAC-seq、 🔗R包开发、🔗源码拆解、 🔗测试、🔗RNA-seq 、🔗其它生信分析、 🔗R语言 、🔗Python 、🔗环境配置 、🔗文献分享 、 🔗一只羊的碎碎念
分享内容:分子标记开发及种质资源鉴定、单细胞多组学数据分析、生信编程、算法原理、文献分享与复现等...
点个赞再走!