高级分析之细胞分化 | monocle2安装及实战

文摘   2024-07-15 11:03   江苏  

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合集说明

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单细胞转录组标准分析

单细胞转录组高级分析

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内容预览

大多数细胞状态转换,无论是处于发育,重编程还是疾病状态,都以基因表达变化的级联为特征。“pseudotemporal ordering”生物信息技术按进程对细胞进行排序,并在它们分化或经历某种其他类型的生物学转变时重建它们的“轨迹”。在上篇文章中已经介绍了monocle2的算法原理,本篇文章为monocle2的实操部分,包括令人头疼的软件安装一并解决。包含以下内容:

  • 软件安装
  • 创建CDS对象
  • 预处理
  • 轨迹定义基因的三种方法,重点!
  • 可视化
  • 拟时差异基因热图
  • 分支分析热图
  • 实战视频
  • 测试脚本及安装包下载

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以下是正文部分

你好我是一只羊
个人号,内容主要涉及种质资源、分子标记开发及遗传多样性分析,表观遗传、编程语言在生物信息学中的应用、转录组、基因组、单细胞测序多组学数据分析等;其它更新平台:B站&小红书-一只羊做生信/捡羊毛的咩/生信小羊🐑
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