🐑🐑遇到个客单,3万+个SNP位点的遗传多样性分析,提供的是基因型格式
ISSR、InDel、SSR、RAPD的数据基于电泳的结果咱都做过,SNP的数据确实第一次遇到。基于咱的经验,首先觉得应该不是这么个流程:
那怎么办?翻了一下文献,也有用popgene做的。试试呗!
首先我们需要转换成popgene要求的格式:
第一行是一些无关紧要的注释信息,第二行以后分别是群体的数量,位点的数量,位点名,以及基因型信息
整理好后给popgene,因为是手动从Excel表中整理的,遇到任何一点点小错误软件都会报错,一定要注意了。
最后...当然是失败。实际上人家也在用户手册中说明了(已购买视频教程的可以在软件包中获得,使用前多多阅读):
用别人的工具就是这点不好,总会有适用场景的限制。
完~
🔗单细胞测序 、🔗scRNA-seq高级分析、🔗scATAC-seq、 🔗R包开发、🔗源码拆解、 🔗测试、🔗RNA-seq 、🔗其它生信分析、 🔗R语言 、🔗Python 、🔗环境配置 、🔗文献分享 、 🔗一只羊的碎碎念
分享内容:分子标记开发及种质资源鉴定、单细胞多组学数据分析、生信编程、算法原理、文献分享与复现等...
点个赞再走!