分子标记 | popgene32使用限制

文摘   2024-08-10 16:39   江苏  

🐑🐑遇到个客单,3万+个SNP位点的遗传多样性分析,提供的是基因型格式

ISSR、InDel、SSR、RAPD的数据基于电泳的结果咱都做过,SNP的数据确实第一次遇到。基于咱的经验,首先觉得应该不是这么个流程: 

那怎么办?翻了一下文献,也有用popgene做的。试试呗!

首先我们需要转换成popgene要求的格式:

第一行是一些无关紧要的注释信息,第二行以后分别是群体的数量,位点的数量,位点名,以及基因型信息

整理好后给popgene,因为是手动从Excel表中整理的,遇到任何一点点小错误软件都会报错,一定要注意了。

最后...当然是失败。实际上人家也在用户手册中说明了(已购买视频教程的可以在软件包中获得,使用前多多阅读):

用别人的工具就是这点不好,总会有适用场景的限制。

完~


END


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