【视频+代码】CellPhoneDB v5 | CellPhoneDB v5 可视化之热图改进

文摘   2024-10-21 11:43   江苏  

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合集说明

您现在看到的是单细胞转录组高级分析的部分内容(持更中)...在阅读全文之前,推荐您先掌握单细胞转录组标准分析流程。

单细胞转录组标准分析

单细胞转录组高级分析

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Cellranger上游分析(植物适用)

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细胞通讯-CellPhoneDBv5简介
细胞通讯-CellPhoneDBv5安装及使用

联合bulk-Scissor
联合单细胞atac-Liger

文献复现1-公共数据读取
文献复现2-Dotplot组图
文献复现3-GSE192742人肝细胞图谱1
文献复现4-GSE192742人肝细胞图谱2

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内容预览

在之前的文章介绍了CellPhoneDB v5的安装使用,接下来看如何对结果进行可视化。

本篇文章是热图部分,在ktplots函数的基础上进行改进,稍稍修改源码。原版教程:

https://zktuong.github.io/ktplots/articles/vignette.html

主要改进了显示显著性个数,显示图例,修改之后的示例结果:

本文包含以下内容(视频+文字):
1.ktplots函数安装
2.绘图函数解析
3.热图改进
4.改进后的代码使用

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以下是正文部分

视频教程

你好我是一只羊
个人号,内容主要涉及种质资源、分子标记开发及遗传多样性分析,表观遗传、编程语言在生物信息学中的应用、转录组、基因组、单细胞测序多组学数据分析等;其它更新平台:B站&小红书-一只羊做生信/捡羊毛的咩/生信小羊🐑
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