网络药理学还能发纯生信？
老方之前分享了个网药纯生信的文章，这是收到的粉丝朋友私信，包括有些来找老方做生信服务的朋友也常会问到，大家有这种疑虑老方完全能够理解，但既然我们还在持续分享这类文章就说明还有发文空间，而这种发文空间大多是靠创新思路拼出来的。Ps：网药老套路不好发文是事实，新思路不好找也是事实，不过找新思路这事儿朋友们就不用担心了，【生信舟】日更生信新思路、新方向，只要跟紧我的每日推荐，思路的事就迎刃而解啦！什么？看到新思路不知道怎么复现？直接联系老方，专业生信团队，个性化思路设计、生信分析都能做，十年经验，包满意的~
再重复一遍，网药纯生信还能发，纯生信只是比较少了，看到这种文章老方都得给作者竖大拇指，不论是靠创新思路还是靠投稿选刊，能发出来都很厉害！
今天老方带来了一个非常哇塞的文章，25天就接受的网药纯生信，Q1区4.3分，这速度、这性价比，就说厉不厉害吧？老方在给客户设计中药相关个性化思路的时候，客户大多数都会要求加点实验，保险一点，所以老方也不太敢冒险用简单纯生信拼4分+文章了，但有人做到了！分析了下文章，思路设计为网药+分子对接+机器学习，有了机器学习的助力，常规网药分析的创新性也有一定程度的提高，但老方认为杂志选的好才是这篇纯生信发文的关键！
所以这次咱们换个分享方式，主要分享杂志，顺便看看文章思路~
杂志：Pharmaceuticals
ISSN：1424-8247
影响因子：4.3
分区：医学3区，JCR Q1区
期刊官网： https://www.mdpi.com/journal/pharmaceuticals
自引率：4.7%（2023-2024年）
发文量：1704篇（2023-2024年）
CAR指数：0.82%（2024年），被踢风险低
预警情况：非预警
审稿速度：手稿经过同行评审，大约在提交后12.8天提供第一个决定；接受到出版平均3.6天，录用率44%左右，整体速度还是比较快的，录用难度较低
版面费：完全OA出版，需要版面费CHF 2900 (Swiss Francs)
期刊评价：这个期刊是药学研究方向，对生信友好，并且可以接受纯生信，并且发文量也比较大，审稿速度也比较快（这篇文章从投稿到接收只用了25天，审稿速度已经超过很多生信文章了），录用率比较高，投稿难度不大，比较适合药学和中医药方向的毕业党~
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题目：藏药六味木香丸抗结直肠癌的潜在机制:网络药理学和生物信息学分析
杂志：Foods（IF=4.3）
研究背景
结直肠癌(CRC)在各种恶性肿瘤中发病率排名第三，死亡率排名第二，手术切除、放化疗和分子靶向治疗是目前大肠癌患者的主要治疗策略。然而，这些治疗方案伴随副作用、有限的生存改善、对耐药性的易感性和沉重的经济负担，因此，迫切需要探索和开发用于CRC的具有可靠效力、最小毒性和理想成本效益的新候选药物。传统藏医(TTM)是中国草药医学的一个重要组成部分，已有研究表明，藏药六味木香(LWMX)丸具有抗炎和抗癌作用，特别是在胃肠疾病中，但其在CRC中的作用机制仍未被探索。
研究思路
该研究首先从TCMSP和SwissTargetPrediction数据库中检索LWMX丸的有效成分和相关靶标。通过对公共CRC数据集的生物信息学分析确定CRC相关的靶标。通过计算药物特异性和疾病相关靶标的交集，使用蛋白质相互作用(PPI)方法和功能富集分析构建LWMX pill-CRC相互作用网络。随后，使用机器学习工具确定LWMX药丸在CRC治疗中的关键枢纽基因，并通过免疫浸润分析和分子对接研究进一步验证了它们在CRC治疗中的关键作用。
主要结果
该研究通过公共数据库鉴定了LWMX药丸中的81种活性成分和614个靶点。CRC数据集差异分析获得1877个差异表达基因，WGCNA分析获得9534个与CRC相关的共表达模块基因（图1）。三者取交集，获得108个基因，作为LWMX药丸在CRC治疗中的潜在靶点。构建PPI网络和包括60个活性成分、108个交叉靶基因、6个TTM成分和1个CRC疾病节点的LWMX pill-CRC网络（图2）。KEGG通路和GO富集分析显示，LWMX药丸的多靶点CRC治疗涉及多个生物学过程，如炎症反应和细胞周期调节（图3）。使用机器学习算法在108个交叉基因中识别出总共5个目标中枢基因（图4）。免疫浸润分析结果提示LWMX丸可通过调节靶hub基因的表达来影响大肠癌免疫浸润微环境（图5）。最后，分子对接结果揭示了所有目标枢纽蛋白和LWMX药丸的主要活性成分之间的稳定结合亲和力（图6）。
图1：药物靶标和疾病靶标的获取
图2：网络药理学分析
图3：潜在靶点的功能富集分析
图4：机器学习确定hub基因
图5：免疫浸润分析
图6：分子对接
小结
这篇文章的网药纯生信分析非常简单吧？在常规网药分析基础上，加上了机器学习、免疫浸润分析，提高了文章创新性，做中药方向的朋友不妨试试这个联合思路，这可比实验性价比高多了！另外，Pharmaceuticals这个杂志也可以关注一下，还是很适合毕业投稿的，毕竟这年头接收纯生信的杂志可不多见了。想要在中医药领域追求创新思路的朋友，建议紧跟老方脚步，生信热点日更不停！想做个性化生信分析？欢迎随时联系老方！专业团队为你保驾护航，1V1定制创新思路~
老方有话说
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