Nature Communications:人工选择提高了细菌群落对污染物的降解能力

文摘   2024-09-26 09:03   福建  

该文章的研究聚焦于微生物群落在生态系统功能中的关键作用,尤其是在降解污染物和其他工业废物方面。微生物群落天然具有多样的生态功能,例如分解难以获取的营养物质、清洁废水等。然而,如何从头设计或优化这种多物种群落以提高其生态功能,尤其是污染物降解功能,仍是一个重大的生物技术挑战。

在过去,研究者尝试通过分析候选物种的基因组和表型特性,将它们进行组合,以优化这些群落的功能。但这种方法的成功率有限,部分原因是物种之间的复杂生态和进化动态难以预测。为了应对这一挑战,人工选择(或称为定向进化)方法被引入,用于在群落水平上进行优化。人工选择从自然选择中获得灵感,已经在农业、化学、制药等领域取得了成功,但在微生物群落的选择上,其效果还不尽如人意,结果往往不一致。

此外,传统的微生物群落选择实验在多个实验重复间表现出较大的差异,功能提高有限。群落内部的个体竞争、资源分配不均等因素使得一些关键物种可能被淘汰,进而降低了群落的整体功能。因此,如何有效地对群落进行选择并确保其功能性提升,是该领域中的一个主要问题。

本研究在此背景下提出,采用一种基于遗传算法的人工选择方法,优化微生物群落以提高其对工业污染物——特别是金属加工液(MWF)的降解效率。通过这种方法,研究者希望能突破传统方法的局限,实现微生物群落功能的显著提升。

这篇文章的主要发现是通过人工选择方法来提高微生物群落对污染物的降解能力。具体的发现包括:

人工选择提高了污染物降解效率:研究通过基于遗传算法的人工选择方法,从29个随机生成的四种细菌组成的群落开始,经过18轮选择后,最佳群落的降解能力显著提高,降解效率达到了75.1%,而初始群落的降解率为44.4%。

不同类型的物种贡献不同:实验发现,最佳群落包含能够高效降解的物种、单独表现较差但能够提升群落降解效率的物种,以及不直接贡献降解但仍存活的“搭便车”物种。即使某些物种单独表现不佳,但在特定组合中可以显著提高整个群落的功能表现。

遗传进化影响较小:尽管进行了18轮选择,大多数群落成员的表型并未显著改变,这表明在此时间尺度内,遗传进化对群落功能的影响较小。选择主要在群落层面发生,而非个体层面。

人工选择可以有效优化群落功能:实验表明,人工选择能够在一定程度上提高微生物群落的功能,尤其是在处理工业污染物时具有潜力。研究表明,通过精心设计的选择策略,可以在微生物群落中培养出高效合作的物种组合,以达到更好的降解效果。

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