图源：Nature Communications
11月3日，华大基因智惠医学研究院联合中国科学院上海营养与健康研究所、上海交通大学附属仁济医院，在Nature Communications上发表了重要成果。该研究提供了胃肠间质瘤基因组和转录组全景图，提出了基于多组学的分子分型，鉴定出新型抑癌基因YLPM1, 为胃肠间质瘤（GIST）的发病机制和精准治疗提供了新的视角和策略。（点击文末“阅读原文”，查看研究原文内容）
原发于间叶组织的恶性肿瘤统称为肉瘤，目前至少有70种病理类型。GIST通常起源于胃或小肠，是最常见的肉瘤，但过往癌症基因组图谱（TCGA）肉瘤专项并没有包含GIST。
临床上GIST恶性程度差异大，如有的小GIST呈“惰性”，长期不会进展，而有的GIST进展快，易转移。前期GIST遗传学研究已经鉴定出一些驱动基因，如DMD、DEPDC5 、MAX 和SETD2 等，但是GIST系统性的基因组和转录组图谱尚无报道。
本次研究纳入了来自105位患者的117例GIST，通过全基因组测序（WGS）、外显子组测序（WES）和转录组测序（WTS）等多平台技术进行综合分析。
研究人员发现GIST肿瘤突变负荷低，但存在广泛的拷贝数变异，并且随着恶性程度增高，遗传学变异增加。染色体碎裂（chromothripsis）和突变阵雨（kataegis）等复杂遗传学变异富集于原发高危和转移GIST。
研究进一步鉴定出新型抑癌基因YLPM1, 并证明YLPM1失活通过增强氧化磷酸化促进GIST生长和进展。利用来自同一病人不同转移灶和原发/转移配对肿瘤，证明转移GIST具有复杂的遗传学异质性。
研究人员通过整合转录组、基因组和拷贝数组数据提出了新的分子分型，四种分子亚型具有不同的基因组、表达谱、免疫学以及临床特性，提出并验证了亚型特异性治疗策略，指出C1亚型单纯手术切除病人即可长期获益， C2亚型（小肠间质瘤）而不是C3亚型（胃间质瘤）有望获益于免疫治疗，C4亚型将获益于PDGFRA的分子靶向治疗。
此次研究填补了相关研究空白，为理解胃肠间质瘤发病机制提供了关键依据，也为后续探究针对性治疗方案带来更多可能。未来，华大基因也将开展更多深入研究，相信随着精准医学的不断推进，将极大提高肿瘤的治疗效率，让更多患者远离病痛折磨，减轻家庭及社会经济负担。
华大基因智惠医学研究院罗淑贞、刘栋兵与中国科学院上海营养与健康研究所谢飞飞、芦晓晶和刘晓筱，上海交通大学附属仁济医院汪明为该论文的共同第一作者，王跃祥、吴逵、曹晖和王思敏为论文的共同通讯作者。
本研究符合所有相关伦理规范，所有样品均经上海交通大学医学院、仁济医院伦理委员会机构评审委员会批准（核准ID2018-029），所有动物实验均按照中国科学院上海营养与健康研究所机构动物关怀与使用委员会（I CUC）批准的程序进行（核准IDSIBS-2017-WYX-1）。
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