38天接受,网络药理学咋发这么快!网药+简单实验助攻湖南中医药大学团队拿下Q1区,中医药发文利器,国家扶持如有神助!

文摘   2024-11-02 19:00   上海  


是不是很多人都认为中药方向发文很慢、实验-写作-投稿-修回补实验-接受这整个周期很长?

确实只做实验的话会面临这个发文慢的问题,但现在有了网药这个神助攻,大大节省了实验时间,用生信为主、实验为辅的模式就能快速发文,缩短研究周期的同时发文实力也能与纯实验相媲美,所以我们没有理由不选它啊!

今天大麦再带来了一篇发文超快的网药文章,38天接受,Q1区4.8分(这也是个毕业神刊,中医药方向的毕业党赶紧码住),这速度、这性价比,就说厉不厉害吧?分析了下文章,思路设计为UPLC化学成分鉴定+网药+简单实验,算是常规网药的发文模式,如果分析非肿瘤疾病发文难度有点大,但把这套分析放在肿瘤中那就够用了,在网药中选择肿瘤是占优势的,研究量少竞争小!网药思路变化多,到底该选哪一个?大麦日更生信新思路、新方向,只要跟紧我的每日推荐,思路的事就迎刃而解啦!什么?看到新思路不知道怎么复现?直接联系大麦,专业生信团队,个性化思路设计、生信分析都能做,十年经验,包满意的~   

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题目:整合UPLC-Q-Exactive Orbitrap/MS、网络药理学和实验验证揭示黑老虎根在结肠癌中的潜在作用机制

杂志:Journal of Ethnopharmacology(IF=4.8)

研究背景

黑老虎根是用于治疗胃肠疾病的传统民间药物,具有抗肿瘤活性。近年来,对黑老虎的研究主要集中在化学成分的分析和活性的筛选上,但很少有采用质谱分析黑老虎根的研究。

研究思路

该研究首先采用UPLC-Q-Exactive Orbitrap/MS对黑老虎根进行化学分析,并通过诊断产物离子、碎片模式、ChemSpider数据库和内部数据库对化合物进行鉴定。利用网络药理学筛选药物和疾病的共同靶点,功能富集分析与药理机制相关的途径。此外,还采用 MTT 法测定了化合物对结肠癌细胞株的抑制活性,并通过流式细胞术和 Western 印迹法评估了其凋亡能力。    

主要结果

1. 黑老虎根中成分的鉴定

作者采用 UPLC-Q Orbitrap HRMS 系统,以 MS/dd-MS2 全扫描模式分析了黑老虎根提取物的化学成分。根据正离子和负离子模式下的总离子色谱图(TIC)和标准品对比分析,共鉴定出 54 种化合物(图1-3)。

图1:正离子模式下的总离子色谱图    

图2:负离子模式下的总离子色谱图    

图3:54种化合物

2. 网络药理学分析

从Swiss Target Prediction数据库中获得54种化合物的726个靶点。从 OMIM 平台、DisGeNET 平台和 GeneCards 数据库中获得1462个结肠癌疾病相关靶点,两者取交集得到153 个共同靶标(图 4)。针对这153个靶点进行PPI网络构建,TP53、AKT1、EGFR、HSP90AA1、CASP3等靶点为关键靶点。对这些靶点进行GO和KEGG富集分析,结果显示在黑老树根对结肠癌调控的各种通路中,最显著富集的通路与癌症有关,在细胞过程相关通路中,最明显富集的通路是细胞凋亡(图5)。    

图4:共有靶点的鉴定    

图5:功能富集分析

3. 实验验证

以紫杉醇为阳性对照,通过 MTT 生物测定检测4 种化合物对 HCT-116细胞生长的抑制作用。结果表明,Kadsulactone(37)、五味子酸(51)、heilaohuacid G(52)和 seco-coccinic acid F(53)对 HCT-116 细胞株的细胞毒活性最强。接下来,利用V-FITC/PI 染色法评估了五味子酸(51)、heilaohuacid G(52)和 seco-coccinic acid F(53)这三种三萜类化合物对 HCT-116 细胞的凋亡诱导作用。同时用WB检测凋亡蛋白Bax 和 Caspase-3 的表达,结果表明五味子酸(51)、heilaohuacid G(52)和 seco-coccinic acid F(53)在体外诱导 HCT-116 发生剂量依赖性细胞凋亡(图6)。    

图6:细胞凋亡检测

小结

这篇文章的网药纯生信分析非常简单吧?纯纯的常规网药分析,生信和实验的工作量都不大,但选择了肿瘤方向后发文就容易了很多,做中药研究的朋友不妨试试肿瘤方向,它比非肿瘤性价比更高!另外,Journal of Ethnopharmacology这个杂志也可以关注一下,还是很适合毕业投稿的,审稿很快。想要在中医药领域追求创新思路的朋友,建议紧跟大麦脚步,生信热点日更不停!想做个性化生信分析?欢迎随时联系大麦!专业团队为你保驾护航,1V1定制创新思路~  

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