背景
长期暴露于室内微生物会影响呼吸系统健康。很少有研究使用先进的测序方法来检测成人呼吸系统的结果，尤其是连续性指标。本研究旨在识别与成年人肺功能和气道炎症定量特征相关的室内灰尘中的宏基因组特征。
在美国一个队列中，从779个家庭的卧室吸尘灰尘中鉴定了1264个物种（389个属）的微生物群落，并采用全基因组鸟枪法测序进行了表征。
我们研究了两种总体微生物多样性指标：丰富度（微生物物种的数量）和Shannon指数（反映丰富度和相对丰度）。为了鉴别具有显著差异丰度的属，我们应用了Lasso回归与高维推论方法，这是一种新颖的框架，用于分析微生物组数据与连续性特征的关系，并将所有分类群一起考虑在内。
结果
肺功能指标——第一秒用力呼气容积（FEV1）、用力肺活量 (FVC) 和 1 秒率（FEV1/FVC）与总体灰尘微生物多样性无关。然而，许多单个微生物属的丰度存在差异（p值 < 0.05，控制了所有其他微生物分类单元的检验）并与FEV1、FVC或FEV1/FVC相关。同样，呼出气一氧化氮 (FeNO) 作为气道炎症的标志物，与总体微生物多样性无关，但与许多单个属的差异丰度相关。
包括黏液乳杆菌属（Limosilactobacillus）在内的几个属与肺功能测量值和FeNO相关，而其他属，如莫拉氏菌属（Moraxella）与FEV1/FVC相关，寡养单胞菌属（Stenotrophomonas）与FeNO相关，仅与单一特征相关。
结论
通过最先进的宏基因组测序技术，我们识别出了与肺功能和气道炎症相关的室内灰尘中的特定微生物。其中一些微生物以前就与呼吸系统疾病相关，而另一些微生物则是新发现的，这表明特定的环境微生物成分对各种呼吸系统结果有影响。本研究所使用的方法也适用于研究微生物组与其他连续结果的关系。
期刊简介
BMC 开放获取期刊 Microbiome 致力于为微生物生态学的研究人员提供一个良好的学术研讨平台。期刊接收范围包括微生物群在人类、动物、植物或环境中定殖的研究。
2023 IF：13.8
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House dust metagenome and pulmonary function in a US farming population
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