天启元年，16岁继位的朱由校收到了史官董其昌的一份奏折，大意是向新皇帝介绍一位叫毛文龙的将才。赞扬他能“持孤剑穿贼中”，又说“使今有三文龙，奴可掳，辽可复”，希望新皇帝能够对其进行重用。
天启皇帝
董其昌认为拯救大明边境危机的人要是有三位毛文龙这样的将才就可以全面实现，然而，最终令人感到遗憾的是，连唯一一个毛文龙最终也被袁崇焕给擅自先斩后奏。
毛文龙，浙江杭州人，青年时落拓磊落，穷困潦倒。后来他的舅舅向辽东巡抚王化贞举荐，认为外甥是“奇才也，慷慨多大略，且究心时事久矣，试与之一旅，必能为国效力，成功名。”《明末纪事本末》于是王化贞念老友相托，特提拔毛文龙出任都司职位，“临出鼓吹，簪以花，亲易其所衣拱揖上吗。”毛文龙激动地流出眼泪磕头，以至折断了身上的革带，发誓说：“所不矢死以报国者，有如此带。”《明史稿》毛文龙此后陆续收复了许多辽东岛屿，战功逐渐卓著。
毛文龙
因此在天启登基的第二年升任为总兵，驻守皮岛。由于不断屡建奇功，朝廷舆论称赞他“浑身是胆，满腹皆兵”，“好大将才也”。于是从总兵升任左都督、平辽将军。兵部官员评价他“毛文龙灭奴不足，牵努则有余。”
工科给事中杨所修评价毛文龙：“东方自逆奴狂逞以来，惟一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘腋撩动而牵制之；奴未出老巢则不时攻掠，以阻其来。”此后他升为练兵游击、总兵官，平辽将军，左都督并获赐尚方宝剑。
大明让毛文龙驻守皮岛已经成为广泛共识，甚至认为皮岛的驻防可以成为一座最牢固的大明屏障吗“登莱、天津、山海诸要害，务为率然策应，使酋奴不得见长，万里金汤将在皮岛焉。”
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后金对于毛文龙相当忌惮，甚至派出第一位投靠后金的李永芳做说客，以“中分土地”作为回报，鼓动毛文龙叛变投靠后金。毛文龙不为所动，并将相关信件上报朝廷。此后毛文龙多次代表大明与皇太极进行谈判，甚至斥责皇太极：“一面与我讲和，一面又来偷抢我人民，似此颠倒反复，良心何在？天理何在？”因此在反复拉锯之中维持基本的边疆稳定，甚至最后成了袁崇焕诛杀毛文龙的一大罪证。
毛文龙个性鲜明，军纪非常严明，在军中不贪不占，也不对明朝任何官员俯首勾连“于权要决不可馈遗，或送白银千两，须人参八百斤，公但如其银价报之，故怒之者多，亦以此致祸焉。”《明末纪事本末》年纪的帝听了汇报后多次称赞毛文龙：“多方牵制，使奴狼狈而不敢西顾。”在毛文龙以封疆大吏的身份与满洲谈判，相约和好，以维持边界安定，甚至到了崇祯即位后，也大体采用这种方针。
皇太极
然而，正是因为皮岛的位置特殊，毛文龙越发成为大明比较敏感的人物，从上到下，一些大臣开始担忧毛文龙是否实力过于庞大，这种复杂心态，当时的沈国元在其著述中说：“照得海外之事，论者多端，非过信则过疑。”
毛文龙对此有着颇为深刻的解读，在给朝廷的上疏中，感慨地说：“庙堂全无一定之计，奴伏而群情泄泄”，就是说整个运行大明的系统没有一个能够有主见的，倒是一张张嘴都在说着轻松的风凉话。
不久，天启皇帝朱由校去世，由于没有子嗣，因此按照“兄终弟及”的原则，朱由检成了大明的当家之主。而在不久，崇祯就任命了袁崇焕出任辽东总督一切军务，并赐给尚方宝剑，
崇祯刚登基就把袁崇焕找来说：“卿万里赴召，忠勇可嘉，所有平辽方略，可具实奏来！”袁崇焕随口说：“臣受皇上知遇之恩，召臣于万里之外，倘皇上能给臣便宜行事之权，五年而辽东外患可平，整个辽东可收复。”正是袁崇焕的“海口”说“五年可平辽”， 让崇祯听完异常兴奋地说：“五年收复整个辽东，朕不会吝啬一个封侯之赏，望卿努力。”内阁辅臣们听了“五年全辽可复”后无不对袁崇焕交口称赞说：崇焕肝胆识力实在不凡，真是一位奇男子！《明史纪事本末》
袁崇焕
由此让崇祯将全部心思压在了他的身上，继而不再对毛文龙寄托重望。
山雨欲来风满楼，毛文龙显然感觉到自己的境地愈加凶险，对于这位新皇帝，毛文龙也整理了一份汇报，将自己的难处对崇祯诉说：
“自从受到几十份奏疏诽谤以来，早已心腹事会，只因圣恩未报，才力疾以做未完之事，这是臣的愚忠，并非恋位。谁知袁督师封锁登州沿岸，不许一船出海，以至客船畏法不敢前来，故而部下士兵说：是拦喉切我一刀。”由于崇祯已经授予袁崇焕尚方宝剑全权处置蓟辽及登莱天津一切事宜，当然包括东江在内，故未对毛文龙上书进行表态。
崇祯画像
显然崇祯对毛文龙还没有具体措施，本质上来讲他丝毫没有预见到毛文龙对于帝国战略的重要。
毛文龙只得继续上疏辩解：“臣一届末弁，孤处天涯，曲直生死惟命是从，岂敢挠挠取憎？实在是文臣误我”。最后毛文龙已经对自己的命运有所预见，对崇祯悲痛地说：“诸臣独计除臣，不计除奴，将江山而快私忿，操戈矛于同室。”毛文龙一语击中大明内部沉疴，然而与强大的命运相比，任何先见之明都显得苍白无力。
袁崇焕赴任后，先是忙于平定宁远兵变等事务，不久才腾出手来对付毛文龙。袁崇焕对于毛文龙的态度十分强硬，在出任总督后将处理毛文龙当作新官的第一把火。在对送行的官员们表示对毛文龙:“可用则用之，不可用则除之。”显然是袁崇焕对毛文龙带着极大的火气，在突然来到的权力助长下，先除去毛文龙，以此全部控制整个辽东战局的指挥。
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你死我活的内部斗争思维显然最终害死毛文龙也让袁崇焕尝到了报应的苦果。
崇祯二年，袁崇焕抵达旅顺口，次日毛文龙前来拜见，几番谈话后，袁崇焕斥责毛文龙时颇能看出急于处死他以夺走军权的迫切的心情：“你道本部院是个书生，本部院是一个首将！“本部院与你谈了三日，只道你回头迟也不迟。那晓得你狼子野心，总是一片欺诳，到底目中无本部院犹可，方今圣天子英武天纵，国法岂容得你！”不等毛文龙分辨，袁崇焕已经将准备好的“十二条”大罪进行公布，随即信誓旦旦地说：“今日杀毛文龙，本部院若不能恢复全辽以还朝廷，愿试尚方剑以偿尔命！”，又对毛文龙的部将说：“毛文龙如此罪，尔等以为应杀不应杀？若我屈杀毛文龙，尔等就来杀我。”
并且在诛杀毛文龙时，袁崇焕还不解气，声色剧烈地地说：“文龙一匹夫耳，以海外之故，官至都督，满门封荫，尽足酬劳何得，借朝廷之宠灵，欺骗朝廷，无法无天！夫五年平奴，所凭者祖宗之法耳。法行自贵近始，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐尚方正为此也。”显然袁崇焕让大家以为诛杀毛文龙是奉了皇帝的旨意。并且煞有介事地向西南扣头：“臣今诛文宝以肃军政，镇将中再有如文龙者，亦以法诛之。臣五年不能平奴，愿皇上以诛文龙者诛臣。”《明清史料袁崇焕杀了毛文龙，为后金军队大举南下解除了后顾之忧，终于导致此后兵临京都的“已巳之变。”，袁崇焕给崇祯的“口头支票”，不仅没有兑现，相反却把后金兵引入京师。等崇祯醒悟后，一切都来得太迟，对于他把毛文龙不经请示就擅自诛杀的恶果才猛然惊醒，然而这些已然来的太晚。
不管如何，袁崇焕上任，毛文龙人头落地。此后，袁崇焕专门将诛杀毛文龙进行“后奏”，并信誓旦旦地对崇祯表示杀了毛文龙如果“苟利封疆，臣死不避“，他始终认为杀了毛文龙是自己对大明最大的功劳。崇祯收到奏疏，大为震惊，为何大敌当前突然同室操戈，但是由于袁崇焕事先已经向他保证“五年平辽”，因此把所有希望都押在袁崇焕的身上，只能忍住不发作。万斯同记录了崇祯当时的情境“帝骤闻，意殊骇，念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。”就是崇祯不得已认同了这个既定事实，还对袁崇焕进行了“表彰”，并且把毛文龙的“罪行”公布天下。
袁崇焕诛杀毛文龙的最大受益者是皇太极，因为此前皇太极多次招降毛文龙就是不能，派兵多次征讨又多次大败而归，皇太极无法做到的，袁崇焕帮他做了，不仅如此，袁崇焕的行为直接让毛文龙部下纷纷逃跑投奔后金，避免被杀解决，这其中就包括尚可喜，此外毛文龙的另外两位部下孔有德、耿仲明在登州发动反叛，最终率部投靠皇太极。
相关人物
袁崇焕在杀了毛文龙后，不断在舆论上制造毛文龙的污点，把他说得一无是处，“死有余辜”，自己为大明做了一件千秋万名之事。
袁崇焕“五年平定辽东”的空头支票未能实现，后金大举入京，崇祯将袁崇焕千刀万剐。
此后袁崇焕正式全部接手辽东军务，但是令所有人震惊的是，袁崇焕不仅未能“五年平辽”，相反在此后的“乙巳之变”后，相反还把满洲兵放到北京城下。
当时袁崇焕赶到河西务，由于布置失措，结果本来应该挡住后金人马于蕲州到通州一线，却最终弄成了“纵敌深入”，把后金兵了北京城下，袁崇焕吓得带着喇嘛要进城。
乙巳之变
袁崇焕几天后被允许进城，却极力形容敌军凶猛，希望由朝臣提出城下之盟，促使后金撤退。甚至煞有介事地说：“东人此来要做皇帝，已卜某日登极矣！”吓得户部尚书舌头伸出久久不能缩回《烈皇小识》。
几天后，崇祯在乾清宫暖阁召见内阁辅臣等大臣，商议处理袁崇焕问题，然后持续在召见内阁、五府六部以及大明的所有调查机构，涉及部门之多，调查相当周密，为处死袁崇焕做出依据。
“袁崇焕托付不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅（诛杀毛文龙），纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集尽行遣散，等兵临城下时，又偷偷带着喇嘛坚请入城，种种罪恶。”崇祯几乎是一口气历数罪状后问群臣说：“卿等已知之，今法司罪案云何？”几百名大臣都低头不语后，崇祯正式宣布对袁崇焕的处理决定：“依律磔之！”
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就是将身上的肉一片片割下来，最终受刑者在极大痛苦下慢慢死去。京城百姓听说是袁崇焕把后金兵引到城下，对其恨之入骨，“割肉一块，京师百姓从侩子手争取生啖之，侩子乱扑，百姓以钱买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃百姓群起抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流颊间，犹唾骂不已。”（《石匱书后集》）还有的人拿起袁崇焕的骨头，用斧子剁碎，最后骨肉全无，剩下一个人头，传给各地方守卫。
