R语言实战:ggplot2包及扩展包的使用实操

学术   科学   2024-07-23 08:56   上海  


课程简介:






本套课程是R语言大型综合实操课《R语言入门与高通量测序数据实战处理》的子课程,全套课程链接:https://college.mimazi.net/course/article-55.html

本套课程是由上海唯那生物技术团队结合多年的项目分析实战经验,经过大量的用户需求调研,专注于高通量测序数据处理和绘图实战而综合开发的大型R语言课程,本套课程具有五大显著特点:
(1)实用性强:课程精选的每个专题都是科研客户的热门需求;
(2)实战性强:每个专题,都有完整、专门的脚步和案例数据,在Windows系统、Mac系统、Linux系统,均可学习和操作;
(3)可移植性强:把案例数据替换成自己的实际项目数据,使用课程附带的脚本就可以运行获得结果;
(4)体系更系统:课程包含软件、软件包的各种安装方法,脚本的写作规则,数据统计方法和各类典型绘图方法,循序渐进,基本包括了处理高通量测序数据的主要分析模块,逻辑严谨且体系完善,更容易综合掌握R语言;
(5)上手更容易:课程既适合于零基础的入门学习者,也适合于具有一定基础的初级使用者,课程中结合着一个个的具体案例,拆解了R语言使用的各个重要知识点,并对结果做了解读分析,同时分享了很多经验,学习起来更友好,可以举一反三用于实践。
课程适用于


(1)开展菌群16S rDNA、ITS、宏基组测序研究和分析的科研工作者;

(2)开展转录组学分析的科研工作者;

3)开展基因组学统计和绘图分析的科研工作者;

(4)需要使用R语言快速进行实战研究的零基础学习者;

(5)具有一定R语言基础,需要系统学习和技能提升的入门使用者。










































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课程大纲

第一章:R语言的安装与快速上手
 
课时1.1:R、Rstudio与R包的安装与使用

(1)R、Rstudio与R包的关系

(2)R、Rstudio与R包的安装方法

(3)如何获得帮助信息

(4)国内镜像的设置

(5)R包的更新与卸载

 
课时1.2:R语言编程入门实战

(1)变量的定义和赋值

(2)基本数据类型与常用操作(向量,矩阵,数据框,列表)

(3)数据的读取和导出

 
课时1.3:R语言编程中的循环与判断方法实操

(1)R语言编程中常用循环方式和实操

(2)R语言编程中各类判断方法和实操


第二章:ggplot2包及扩展包使用和各类绘图实战

 
课时2.1:ggplot2的功能与安装实操

1)ggplot2的安装和功能

(2)ggplot2的语法规则

(3)ggplot2的使用方法

 
课时2.2:柱状图之常规柱状图和分组柱状图绘制

(1)工作目录设置和文件读取

(2)列名修改和替换

(3)数据升序/降序处理

(4)geom_bar()函数绘制柱状图使用规则

(5)柱状图添加文本标签和轴标签方法

(6)实战绘图:一键化绘制多样本柱状图和分组柱状图

 
课时2.3:箱线图绘制实战

(1)箱线图的结构特点和源数据文件整理方法

(2)箱线图的绘制和参数设置

(3)实战:使用脚本一键化绘制箱线图

 
课时2.4:小提琴图绘制实战

(1)小提琴图的结构特点和源数据文件整理方法

(2)小提琴图的绘制和参数设置

(3)实战:使用脚本一键化绘制小提琴图

 
课时2.5:常规型散点图绘制

1)散点图的结构特点和源数据格式要求

(2)散点图参数设置:拟合曲线添加和相关性分析

(3)实战:使用脚本一键化绘制散点图

 
课时2.6:折线图绘制实战

1)折线图的结构特点和源数据格式要求

(2)实战:折线图绘制和各类参数设置

(3)实战:折线图中添加面积图和堆积面积图绘制

(4)实战:折线图绘图中添加误差棒

(5)折线图绘图脚本使用与修改建议

 
课时2.7:常规饼图和环形饼图绘制实战

(1)饼图的结构特点和源数据准备方法

(2)常规饼图和环形饼图的绘制方法和参数设置

(3)实战:使用脚本绘制饼图



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