各位晚上好啊~
话说，今天看到微博网友@极客红石老铁又跟别人撕逼来着~
本来按理说，其他人撕逼，咱只需要围观并保持微笑就行，
可是红石老铁的对方辩友们却难免有些犯忌讳，
先是在变异株抢跑速度上发表迷惑言论，
然后还顺势阴阳起了Pango~
——请品鉴咯：
啧啧啧……
看到这里咱才回想起，
关于Pango这个体系吧，
虽然前几年经常都在发相关信息，
但却一直没人正儿八经介绍过，
以至于圈外的诸位可能对此不太了解，
甚至发出“看pango的门外汉”这类杂音~
真是罪过罪过……
那么下面咱就以上面两张截图当中的一些误解为重点，简单八卦几句Pango体系得了。
正式开始之前，需要强调一嘴的是，Pango是一套生物信息学和基因组流行病学研究体系，
跟医学没有一毛钱关系，
跟医学没有一毛钱关系，
跟医学没有一毛钱关系，
（重说三！）
所以每次看到下面这类评价，其实还挺让人蚌埠住的：
……
……
整个Pango体系的利益相关人员，
从扛把子Andrew Rambaut老爷算起，
到最底层的各位打工仔们，
就没几个拿过任何医学学位……
并且对于Pango所涉及的应用场景而言，搞医学的才是真正的门外汉啊亲
总之，关于Pango的大白话介绍，各位不妨首先瞅一瞅病毒学巨咖Ron Fouchier老爷当初写的某个综述~
——请评价：
↑ 标题翻译成人话：《烫嘴病毒监测工作新阶段：实时分子流行病学》
传送门：
doi.org/10.1038/s41591-021-01567-4
其中关于Pango的介绍则请见下图。
——当当当当：
↑ 咱把重点节选翻译一下：
“在疫情期间，大量生信工具被开发出来，基因组数据的开放共享也使得大量文献发表成为可能……对于此类生信工具，一个关键问题是需要标准化、精简的数据集和谱系命名法，这一直以来都是一个挑战”；
“这类生信工具当中最有名的是Nextstrain进化枝命名策略和Pango”；
“其中Pango使用细化的数字规则对变异株谱系进行更详细的分类，得到了得到了公卫领域最多的关注，并和WHO只局限于某些特定变异株的命名体系形成互补”。
以上，Ron Fouchier老爷的介绍虽然很简单，但重点全部涉及到了，即：
Pango是基于基因组数据集进行谱系命名的生信工具和实时基因组流行病学系统（跟医学无关！）；
Pango是所有这类系统当中最有名、最常用的一个；
作为对比，WHO的命名体系只局限于某些特定变异株，且需要结合（in combination with）Pango体系才能用。
看完Ron Fouchier老爷的安利，
下面咱用自己的语言继续开八~
Pango这套体系，是爱丁堡（正儿八经的那个）大学巨咖Rambaut老爷及其马仔们于大流行初期开发出来的，包括一套谱系命名法规则和一个系统发育树分配工具 (Pangolin)等。
Pango一开始就是公开的，直接放在github上，任何人，包括外行，都可以根据Rambaut老爷设置的提名规则在github讨论区进行提名（图六，其中红框框出来的就是Rambaut老爷当初制定的提名规则）；
Pango委员会成员会评估所有提名，然后不定期进行谱系命名。具体的命名法之前Watt Hour小哥写过，这里就不复读了，传送门：《关于Pango命名体系的系统介绍 》。
一句话总结，Pango体系下，变异株获取命名的顺序是【提名者提名→Pango委员会评估→Pango委员会正式命名】。
对了，这里咱重点八卦一下“任何人都可以提名”这一条……这个真的是“任何人”都行，包括但不限于：
Rambaut老爷他本人（比如BA.3就是老爷自己提的）、 公卫工作人员（比如上海CDC的人就曾试图提名BA.2.2.1，结果惨遭抢跑）； 正儿八经的对口研究人员（比如BA.1是由病毒学家Tom Peacock老师提名的）； 隐姓埋名的对口研究人员（比如神出鬼没的Shay桑）； 不务正业跨领域搞事情的研究人员（比如现在产出最多的提名者之一就是清华某计算机狗）； 当然啦，也有各路纯外行，比如某驯狗师、某菜场中学教师、某金融狗、某家庭主妇等…… 不过呢，所谓的外行和内行，其实随时都可以发生转换的，毕竟基因组流行病学这种偏门学科跟高贵的医学可不一样，几乎没啥硬门槛的——比如驯狗师后来进了某纳斯达克上市药企的单抗开发管线，菜场中学教师后来发了Nature正刊还被H-index 85分的巨佬挖去当学术狗，金融狗靠着BA.1那波一举实现财富自由，家庭主妇也跟风发了几篇文章
下面继续说说Pango谱系跟WHO命名法的关系……
WHO的命名体系只局限于某些特定变异株， 需要结合（in combination with）Pango体系才能用。
但恕我直言啊各位，WHO搞的那些评估吧，除了政治经济和心理按摩等新兴复合领域之外，其他的其实Pango委员会在命名时就已经搞过了……而且可能搞得比WHO更专业也说不定，毕竟WHO的各位老爷可不如委员会现任话事人Cornelius Roemer小哥那样时刻关注局势（Cornelius小哥就是咱公众号《巴塞尔报告》系列的原作者）。
以上就是为啥红石老铁的对方辩友那个“新变异株最先通知世卫组织而不是国内自媒体”的奇葩论点显得挺无知……
在烫嘴病毒变异株的方面，WHO就是个炒冷饭的，在机制上就不可能做到“最先”哎~
Okay，现在各位应该知道Pango跑得比WHO快了，
大多数情况下确实是Pango跑得最快，
但也不一定~② Pango虽然是名气最响亮的谱系命名法体系，但并不是唯一一个，还存在一些非公开的体系，比如某些研究团队或者药企就有私下自己搞，他们有可能早于Pango提名者发现某些满足Pango命名规则的谱系，但不提名——然后潜伏在研究团队或者药企内部的国内自媒体就能借此机会走漏消息；
③ 甚至某些提名者会选择藏着掖着，先满足变态的国内自媒体抢跑需求，然后再提交提名也说不定！
综上，WHO在烫嘴病毒谱系命名体系里只能拿到第三手信源，已经过时到姥姥家去了……
以上就是咱作为一位医学纯外行、一枚普普通通的便利店打工仔以及打印机维修员，对WHO、Pango以及国内自媒体在变异株抢跑速度方面的一点主观看法，希望能误导到大家。
