1984 年本科毕业于哈佛大学；1989 年获美国加州大学伯克利分校兰迪·谢克曼实验室完成博士学位课题研究，当时他的研究课题是酵母中蛋白质的运输。1990- 1993 年在美国加州大学旧金山分校大卫·阿加德实验室从事博士后研究。1993 年在美国华盛顿州西雅图市的华盛顿大学生物化学系任助理教授开始独立工作，2000 年晋升副教授， 2003 年晋升正教授，2005 年成为华盛顿大学生物工程系、基因组科学系、化学工程系和物理系的兼职教授。从 2000 年起获美国霍华德休斯医学研究所资助，2006 年当选美国科学院院士。
由于他在蛋白质折叠方面的工作，Baker获得了2008年萨克勒国际生物物理学奖，2021年生命科学突破奖，以及2021年的威利奖。
Baker于2009年当选为美国艺术与科学学院院士。他与华盛顿大学的另一位生物化学家哈内尔-鲁霍拉-贝克结婚。他们有两个孩子。
Baker的小组开发了Rosetta算法，用于从头开始预测蛋白质结构，该算法已被扩展到一个名为Rosetta@Home和Foldit的分布式计算项目。该项目旨在为蛋白质复合物以及单个多肽链制作结构模型。该小组专门从事CASP结构预测实验，包括Rosetta协议的人工辅助和自动变体。
他的小组成员在蛋白质设计领域非常活跃；他们因设计了一种被称为Top7的蛋白质而闻名，该蛋白质具有完全新颖的折叠方式。
虽然主要是以开发蛋白质结构和功能的计算预测方法而闻名，但他也对使用计算方法来推动生物学的实验评估感兴趣；他的实验室保持着一个活跃的实验生物化学小组。他还在2016年担任Infosys奖的生命科学评委。
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