近年来，我国政府高度重视卫生健康事业，不断加大财政投入，推动疾病预防控制事业快速发展。各级疾病预防控制中心（简称疾控机构）能力建设逐步加强，为构建和谐社会提供了有力支撑。然而，部分地区存在“重医轻防”的思想，导致对疾控机构的投入不足，影响了疾控事业的发展。
经费保障落实存在差异
①公共卫生投入占医疗卫生总投入的比重偏低。尽管各级疾控机构被定位为公益性事业单位，但公共卫生中疾控机构的经费投入仍显不足，特别是2009年的新医改、2011年事业单位分类改革、2016年国家第二类疫苗政策调整以及2017年4月财政部明确取消（停征）事业单位服务收费等改革以来，原有的疾控体系投入机制受到冲击，导致疾控体系改革和发展的后劲不足。
②经费投入结构不合理，人员支出经费和项目经费不平衡。公共卫生专项经费投入虽增长较多，但对提高疾控机构的工作能力和效率有着重要作用的机构公用经费和人员经费方面投入却不足。此外，项目经费投入方向差异较大，主要集中于疾病预防控制和卫生应急方面，而职工教育培训和能力提高、实验室能力维持以及公共卫生科学研究等方面缺少相应资金支持。
不合理的经费投入结构导致疾控机构内部存在项目经费富足而人员经费、事业发展经费不足的资金矛盾，甚至出现部分基层疾控机构存在项目经费执行率低或因基本支出经费不足而挪用项目经费的现象。
③分级财政制度导致不同地区疾控机构人员待遇保障不平衡。中央财政、省级财政补助资金较多，但地方财政经费保障有限。各级疾控机构的基本支出按照属地原则由各级地方财政承担。
作为政府举办的公益一类全额拨款事业单位，由于各市、县 （区）的财政保障水平不同，很多地方存在“全额不全”的现象，有的县（区）能够提供较高水平的财政保障，即有的县（区）则保障水平较低，导致不同地区机构人员待遇保障出现不平衡的情况。
机构人员待遇低，人才流失严重
各级疾控机构现有的薪酬水平与其医学专业技术人员的劳动价值不匹配。疾控机构人员主要来自医学专业，医学教育时间长、学习任务重、教育成本高，同时一线岗位从业风险大。而疾控机构的职工薪酬待遇低、社会地位不高、工作成就感不强，专业技术人员的薪酬水平明显低于同级医疗机构，导致疾控机构人员的职业成就感低，工作积极性不高。
近年来，由于薪酬待遇低，全省乃至全国疾控机构普遍存在人员不足现象，尤其是市、县（区）级的疾控机构招聘困难，优秀人才难以引进，人才流失严重，进一步导致职工队伍整体素质下降，机构的履职运行面临困难。
绩效工资制度设计存在缺陷，难以发挥有效的激励作用
自2009年开始实施绩效工资制度以来，疾控机构现行绩效工资制度总额核定上不够科学，绩效工资水平偏低，且一般按既定的人头经费拨款，在突发公共卫生事件发生时，这种制度不能体现工作价值，难以起到预期的激励作用。此外，机构内部绩效考核制度也不科学。由于绩效工资本身基数不大，剔除基础绩效工资部分后，奖励绩效工资部分绝对数更低，无法拉开差距。
绩效工资的百分之六七十的部分按职称随工资发放，只有少量的百分之三四十按考核结果发放，这种分配方式不能有效调动机构人员的积极性，高层次人才引不进、骨干人才留不住、基础人才招不到的问题日益突出。
不断加大经费投入是疾控体系生存和发展的基本物质保障。2020年突发公共卫生事件发生后，各级财政部门加大对公共卫生的投入力度，不断补齐公共卫生的短板，但还需要建立稳定长效的经费保障机制。
疾控机构实施“公益一类保障、二类绩效管理”是在受不同区域经济水平影响，一些地方财政，尤其是县（区）级财政困难，机构人员经费保障不足、薪酬待遇水平不高的情况下探索的改革策略。它可以提高疾控机构的服务能力，激发疾控机构运行活力，但是也需要进行更加广泛的研究运用和实践，以防范疾控机构为提高待遇滋生逐利思想，削弱自身公益一类属性，违背国家对公益一类事业单位发展定位的初衷。【整理自陆梅。疾控机构实施“公益一类保障、二类绩效管理”的思考。会计师2024】
