主要内容：
推荐意见1：病原样本具有一定的生物安全隐患,推荐本地化开展病原微生物检测项目,避免不当运输;由于纳米孔测序的灵活性,取样后可即刻完成样本前处理及上机测序。
推荐意见2：临床表现高度怀疑感染性疾病但病原不明,需要快速识别感染性病原微生物,但样本量较少使用NGS开机成本高时,推荐使用纳米孔测序。纳米孔测序上样更加灵活且可进行实时碱基识别与分析,能够实现感染性病原微生物检测时效性与成本的平衡。
推荐意见3：针对新发突发传染病疫情防控,需要基于全长基因组进行病原微生物演化和变异分析时,推荐使用较长读长的纳米孔测序进行病原微生物全长基因组检测和分子溯源。
推荐意见4：对于需要区分高同源性的病原微生物亚型(例如结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌)时,推荐使用较长读长的纳米孔测序以增加其特异性。
推荐意见5：纳米孔测序芯片清洗、使用应有标准化流程,应明确使用前的质控标准,依据样本类型及应用方向选择适合的数据量及测序时间等参数；测序过程中应监控测序指标,如过孔速度、测序质量、孔状态等。
推荐意见6：由于纳米孔测序读长较长，且采用PCR-free的测序过程,提高了原始样本的序列保真度,少数序列所反映的病原检测结果的准确性相比短读长的NGS更高。因此,对于纳米孔测序检出reads较少的病原微生物,也应结合患者临床表现、病原微生物特性、样本类型及实验室环境等情况综合评估。
