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今天先带大家“认识”一位“生信大佬”~
他是北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）中心主任，一生都致力于用前沿的生物信息和基因组学来解决癌症生物学中的核心问题，专注于研究肿瘤微环境的底层特征。发现了肿瘤在微环境水平的异质性和潜在规律，推进其在药物疗效预测和靶点发现中的应用。
他就是张泽民，2023年当选中国科学院院士。其课题组目前主要的研究方向包括：（1）研究肿瘤微环境特别是肿瘤浸润免疫细胞的精确组成、相互作用以及功能状态，并鉴定影响这些细胞功能的调控基因；（2）研究肿瘤微环境的异质性、及其对癌症病人治疗的影响；（3）开发原创的生物信息学工具和数据库，来进行大数据的整合、分析和可视化。
作为肿瘤与生物信息领域的领军人物，他已经发了多篇cell、nature、Science等正子刊，今天大麦带大家看一篇他近期发表在顶级期刊Nature cancer（中科院一区，IF=23.5）上的文章，一起领略一下张泽民院士团队的高分思路。
这篇文章以结肠直肠癌（CRC）为研究对象，基于公共数据集（单细胞、空间转录组、TCGA）进行了一项大规模的CRC队列研究，全面描绘出了人类结肠组织中细胞异质性的全景图！看来“单细胞+空间转录组”大有可为，能瞬间让文章更上一个层次。心动的话就赶紧用起来，这篇文章的代码公开，也方便朋友们学习复现！你还不行动？（PS：大麦也可以根据你的研究方向和需求，为你量身定制个性化的课题设计方案，确保你的研究具有创新性和可行性，为你的研究提供坚实的数据支持~有需要速速踢我吧！）
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题目：人类结直肠癌单细胞分析揭示不同患者免疫逃逸机制差异，有助于患者分层
发表时间：2024年8月
研究背景
结直肠癌（CRC）是全球最常见的恶性肿瘤之一，其肿瘤微环境（TME）在癌症进展和治疗反应中起着至关重要的作用。尽管已有研究开始探索TME的细胞异质性，但尚缺乏对结直肠癌TME中细胞亚群全面和深入的表征。
研究思路
研究概要
(1)整合公共数据库192个体的结直肠组织的单细胞转录组数据，经过严格的质控和注释后，建立了一个高质量的超过60万个细胞的人类结直肠组织单细胞图谱，并成功鉴定出一种罕见的、具有T细胞募集潜力的肿瘤特异性内皮细胞亚群；
(2)对患者进行基于TME异质性的分层分析发现，CRC患者中存在多种TME亚型，每种亚型中癌细胞利用的免疫逃逸机制各不相同；
(3)结合公开的结直肠癌空间转录组数据，鉴定出一群特异性表达CXCL9/10/11与T细胞招募相关的富集在肿瘤组织中的血管内皮细胞，并描绘了这群细胞的胞内调控网络和胞外信号；
(4)通过将单细胞转录组特征与全基因组关联研究确定的风险基因进行关联分析，确定了基质细胞在CRC遗传易感性中的关键作用。
研究主要结果展示
1.人类结肠直肠图谱及主要细胞类型组织偏好
2.结直肠癌中免疫和基质细胞亚群的特征
3.结直肠癌中EC亚群和细胞亚群共现的特征
4.TME个体间异质性及患者分层
5.不同组的免疫逃逸机制
6.通过空间转录组和单细胞转录组分析来鉴定TLS
7.CRC遗传风险基因的转录改变
文章小结
该研究通过整合约200名捐赠者的结直肠单细胞转录组数据，首次构建了一个全面的参考图谱，识别了一种罕见具有招募T细胞潜力的肿瘤特异性内皮细胞亚群，为理解肿瘤免疫微环境提供了新的视角。文章各式分析可谓是应接不暇，“单细胞+空间转录组”一直在高分文章中占领C位，如果你想让自己的文章上一个档次，赶快尝试这两种分析方式的联合应用吧！需要更多新颖思路的朋友速来滴滴大麦吧~
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