顶级“水刊” Nat Commun，不要只沉迷于单细胞等老热点了，机器学习结合转录组，肿瘤微环境这个思路很不错！

文摘 2024-11-03 19:00 上海

嗨喽~大家好，大麦又来给大家分析新鲜生信热点、高分思路了！Nat Commun作为大家公认的顶级“水刊”频频登上热榜，虽有“水刊”头衔，但也抵挡不住它深受各领域科研人员的欢迎啊！毕竟是Nature旗下期刊，如果能顺利被接收，那必然是要有实力的。但这并不是件容易的事，需得有新颖的课题，结合当下领域热点，还得有一定水平的数据分析方法和写作水平才行。当下人人都想做单细胞测序，但测序费用属实不低，对于刚起步经费不足的课题组或个人，用性价比最高的方法得到有用的数据才是正解！

今天大麦给大家带来了一篇NC上不错的高分思路文章，是由国外研究团队发表的一项癌症免疫治疗研究，研究者开发了一个名为IRIS（Immunotherapy Resistance cell-cell Interaction Scanner）的机器学习模型，该模型分析了五个最大的黑色素瘤ICB队列的转录组数据，研究旨在识别与ICB抗性相关的肿瘤微环境中细胞类型特异性的配体-受体相互作用。

NC不是人人都能发的，但高分思路咱得学起来！如果你有发文想法，大麦这里可以为您量身定做适合你的方案，让您体验高性价比的科研服务，个性化方案设计和数据分析从此不担心！下一个发SCI的就是你！

定制生信分析

云服务器租赁

(加微信备注99领取试用)

l题目：FBXO7泛素化PRMT1以抑制肝细胞癌中的丝氨酸合成和肿瘤生长

l杂志：Nature Communications

l影响因子：IF=14.7

l发表时间：2024年6月

请前往文末获取文献DOI哦~

•

✦

研究背景

✦

•

免疫检查点阻断（ICB）治疗为黑色素瘤患者提供了持久的临床益处，但反应率仍有改善的空间，大约40%的患者经历了积极的结果。大多数接受检查点治疗的患者面临着产生耐药性的挑战，包括原发性耐药，即肿瘤最初对治疗没有反应，以及获得性耐药，即最初反应的肿瘤随着时间的推移变得耐药。ICB耐药的机制是复杂的，仍然没有得到很好的理解。

•

✦

研究思路

✦

•

✦

研究内容

✦

•

1、与上调的相互作用相比，耐药患者中下调的相互作用对ICB治疗反应提供了更强的预测价值

该研究团队预计功能性耐药相关的相互作用可预测ICB治疗反应，并观察到RDS在预测ICB治疗反应方面明显优于RUS。图2结果进一步表明，当使用单细胞转录组学进行评估时，rdi可预测ICB耐药性。

图1 基于RDS的黑色素瘤ICB反应预测

2、功能分析揭示了耐药下调相互作用在介导CD8 + T细胞浸润TME中的潜在作用

为了研究抗性下调相互作用与ICB抗性发展之间的可能关联，作者对每个ICB队列特定模型中推断的相互作用联合进行了功能分析。抗性下调的相互作用在那些已知介导CD8 + T细胞浸润到TME的相互作用中丰富，研究结果表明，肿瘤与免疫系统之间的串扰可能被破坏和下调，作为逃避免疫反应的机制，导致 ICB治疗产生耐药性（图2）。

图2

3、发现 RDS显著正相关与T细胞浸润特征呈负相关，而与T细胞排斥特征和icb后抗性特征呈负相关。根据Jerby-Arnon等人的建议，T细胞浸润的排斥和抵抗特征都得到了控制。除了检查先前的相关文献外，通过研究TCGA-SKCM样本（未包括在推断RDS评分的训练队列中）TME中RDS评分与T细胞浸润水平之间的关联，进一步研究了抗性下调相互作用（RDIs）在募集CD8 + T细胞中的作用（图3）。

图3

4、总的来说，研究结果表明RDS可以预测ICB治疗反应，并且确定的RDS是那些参与将CD8 + T细胞运输到肿瘤部位的RDS。作者提出了ICB耐药发展的理论机制：最初，那些已确定的RDI在将CD8 + T细胞募集到肿瘤部位和维持活跃的免疫浸润环境中发挥关键作用。RDIs的预处理激活导致高CD8 + T细胞浸润水平在TME中加强热肿瘤生态位，尽管由于检查点激活，效应T细胞的比例有限（图4）。

图4

•

✦

研究结果

✦

•

本研究基于研究结果，提出了一个关于黑色素瘤在ICB治疗过程中免疫微环境演变的理论模型，强调了在抗性发展过程中RDI的下调导致肿瘤微环境从“热”变为“冷”。通过分析5个大型黑色素瘤队列，确定了这种预测性相互作用，当下调时与ICB耐药性相关。在单细胞ICB队列中的独立验证进一步支持了这些发现。这些相互作用高度富集于CD8 + T细胞向肿瘤块的刺激性趋化因子募集，并与“热”肿瘤龛相关。该研究的设计的确令人眼前一亮又一亮，虽然步骤简洁但不失大气，但研究逻辑链条比较完整，想做机器学习和转录组的朋友可以参考这篇文章的思路！最后想做方案设计和数据分析的朋友直接滴滴大麦哦，如果有方案未敲定我们也可提供免费评估哦~

推荐阅读

大麦有话说

大麦还提供服务器租赁、思路设计、定制生信分析、文献思路复现、临床数据库挖掘；有需要的小伙伴欢迎直接扫码咨询大麦，竭诚为您的科研助力！

原文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-52555-4

http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5MDY5NDcyNw==&mid=2247513432&idx=2&sn=1fa5429bef9412717691ae5db3db1e2b

尔云间meta分析

分享meta分析学习方法、医学统计基础知识、meta分析软件操作技巧、SCI论文发表经验等精彩内容。

肠道菌群又登上Cell“新贵”子刊！江南大学陈卫院士团队这次做的“脑肠轴”是肠道菌群和神经炎症，“多组学”整合分析思路值得细品！

IF=50.5！浙大博士生一作登《自然》！“乳酸化修饰”不愧是热点主流！“cGAS+CRISPR”助力，首次发现乳酸感知蛋白！

乳酸化又有新发现！PNAS重磅发文：RNA m6A去甲基化酶的乳酸化促进对DNA病毒的先天免疫反应

中医药的风依旧很大！中国中医科学院团队这篇文章做的是“中药复方调节氨基酸稳态和PI3K/AKT/mtor通路”，值得学习~

每个生信人都需要一台服务器

中医药、网药分析加上技术路线图，发文就能涨1分？这好事儿不得跟一波！

CHARLS数据库太牛了！分分钟拿下TOP期刊！

同一天连发2篇《柳叶刀》正刊！“网状Meta”又立大功!兰州大学/重庆医科大学太牛牪犇了！

“药食同源”潜力无限，1个月拿捏2区毕业神刊，审稿飞快！贵州中医药大学：成分测定+网络药理学+分子对接，超简单思路爱了爱了！

网络药理学难上5分+？那可不见得，有了机器学习和干湿结合，拿下11分+也未尝不可！2个多月发文，太惊艳了！

家人们，独享拼团服务器，真的很贴心！

没开玩笑！就是纯生信发Nat Commun！多疾病“牵头”,单细胞+转录组+共定位“一条龙”！这模版你也可以！

一种新型神经保护策略的诞生！上交殷善开/时海波：GABAergic中间神经元对神经毒性更易感，“保护机制”思路适合临床人细品！

IF 26.8！高被引论文！让我们一起迎接“GBD数据库”时代，最佳发文时期，拼的就是手速！！别逼我催你！

IF=11.4南京医科大“本科生一作”发中科院1区，后浪真的强啊！预后模型纯生信分析还能发11分，得好好看看怎么做的~

药食同源化合物就这么华丽的登上了Nat Commun！重庆医科大郭风劲团队这篇做的是非肿瘤细胞衰老方向，好思路学起来！

研究靶点如何丝滑切入？暨南大学查振刚团队这篇文章单细胞测序入手，结合“国自然王炸”糖酵解+巨噬细胞，4个月登上AS！

老师，我是某科室的，我们能做生物信息学研究吗？

What！这本中科院一区Top期刊突然被on hold了？科睿唯安飘了？

曹雪涛院士3天连发3篇高水平文章（1篇29+），真的牛！“单细胞+空间转录组”上大分！这把真是高端局，这“泼天的富贵思路”接起来

Nature Communications是水刊？能水到国自然，你服不服？国自然榜一大哥”巨噬细胞“结合多组学领跑，实至名归！

IF10.4！发文新姿势:孟德尔随机化+心脏病代谢组+蛋白质组，GENOME MED杂志新鲜出炉的这篇药靶研究很妙！

“植物提取物XXX通过MAPK/mTOR信号通路激活自噬保护XXX”，这个设计思路一看就非常适合你！

巨泡式死亡——新热点一定不能放过！厦大团队：新型细胞死亡联合焦亡+凋亡+溶酶体，多热的联合发AS!

这套孟德尔随机化生信“组合拳”打的也太溜了！12种机器学习+转录组+WGCNA，buff叠满！快学起来！

已发！国自然新宠乳酸化+线粒体+整合多组学数据集+胃腺癌做预后分析，换个癌种可复现！

三天内连发三篇顶刊，曹雪涛院士团队这节奏太快了！后两篇是拆开发的吗？

一分钟讲清什么是网络药理学

又幸福了，单细胞转录组测序！湘雅医院：单细胞测序+小鼠模型发14分+，NC对“单细胞”真的很青睐！

“药食同源”再度发力！南京大学团队：药食同源植物提取物入手，结合巨噬细胞+多组学，手把手教你设计一篇国自然！

发文量暴涨五倍！Advanced Science会将成为下一本高分“水刊”吗？复旦大学这篇“多组学-共病”佳作前来打假！

IF14.7|巨噬细胞方向只知道做“极化”？南方医科大学团队手把手教你用“巨噬细胞吞噬”联合“多组学”设计一篇国自然！

中草药提取物携“细胞衰老”登上Nature Aging！老外都开始研究中药了，你还在等什么？

每个生信人都需要一台服务器

干湿结合思路简直不要太好用！同济大学何志颖团队直击“细胞衰老”主题，拿下1区11+！经费不够，生信来凑！

国产数据库再显风采！不想做实验千万别错过CHARLS！

号外号外！临床数据库挖掘新热点：“甘油三酯-葡萄糖指数（TyG）”，与多种疾病相关！再不下手可就没了！

发顶刊如鱼得水！IF即将破10分，0实验3张图，看安徽医科大学团队如何搞定一区Top期刊！孟德尔随机化也太好用了吧！

南京医科大团队开发乳腺癌预后模型纯生信发11分+，一作是本科生，现在都这么卷了吗？

家人们，独享拼团服务器，真的很贴心！

生信0实验直击13分1区Top！microRNA +机器学习+生物标志物，这热点拿捏的谁看了不说一声绝了！

IF=26.8！不是吹牛，是真的牛！复旦大学团队：巨噬细胞+单细胞+脂代谢+免疫治疗热点堆堆乐，简直是好吃到不行的国自然全家桶！

登高望远！中医药研究思路如何拔高？青岛大学附属医院：网络药理学+代谢组学+分子对接，这篇一区SCI指明方向！

肝不好，头先知？北大屠鹏飞/曾克武搭档：国自然Top级热点“脂质代谢”结合单细胞测序，“脂” 高一筹拿下一区12+!

如何看待Science Advances影响因子疯狂下跌？复旦大学硕士共一打的巨噬细胞+代谢重编程组合拳，化身科研界的变形金刚！

清华大神发布Nat commun，代码大方公开，复现so easy！机器学习 “巅峰” 时刻！双诺奖护航，速速冲！

临床医生发文捷径！单细胞“干湿结合”，省时省力又省钱！南京医科大学携手线粒体自噬+泛素化，发文效果立竿见影！

我没看错吧！南方医科大学吴娴波团队挖掘UKB数据库，仅七张图表，就这么水灵灵的发了26.7分！怎么做到的？快来取经！

生信大神都在用的生信服务器，好东西值得试试，双十一入手超划算！

分类

时事

民生

政务

教育

文化

科技

财富

体娱

健康

情感

旅行

百科

职场

楼市

企业

乐活

学术

汽车

时尚

创业

美食

幽默

美体

文摘

原创标签

时事社会财经军事教育体育科技汽车科学房产搞笑综艺明星音乐动漫游戏时尚健康旅游美食生活摄影宠物职场育儿情感小说曲艺文化历史三农文学娱乐电影视频图片新闻宗教电视剧纪录片广告创意壁纸头像心灵鸡汤星座命理教育培训艺术文化金融财经健康医疗美妆时尚餐饮美食母婴育儿社会新闻工业农业时事政治星座占卜幽默笑话独立短篇连载作品文化历史科技互联网

发布位置

广东北京山东江苏河南浙江山西福建河北上海四川陕西湖南安徽湖北内蒙古江西云南广西甘肃辽宁黑龙江贵州新疆重庆吉林天津海南青海宁夏西藏香港澳门台湾美国加拿大澳大利亚日本新加坡英国西班牙新西兰韩国泰国法国德国意大利缅甸菲律宾马来西亚越南荷兰柬埔寨俄罗斯巴西智利卢森堡芬兰瑞典比利时瑞士土耳其斐济挪威朝鲜尼日利亚阿根廷匈牙利爱尔兰印度老挝葡萄牙乌克兰印度尼西亚哈萨克斯坦塔吉克斯坦希腊南非蒙古奥地利肯尼亚加纳丹麦津巴布韦埃及坦桑尼亚捷克阿联酋安哥拉