DNAMAN是我们常用的分子生物学应用软件之一，几乎可完成所有日常核酸和蛋白质序列分析工作，包括多重序列比对、PCR引物设计、限制性酶切分析、蛋白质分析、质粒绘图等。
以下内容分享了利用DNAMAN进行多序列比对以及导出序列比对图的教程，另外DNAMAN的安装教程、安装包也一起分享给大家。
DNAMAN软件进行多序列比对
首先下载好需要比对的序列文件。
序列文件的下载步骤为：进入NCBI官网（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/），选择Nucleotide核酸数据库，输入目的基因名称点击search。在弹出的页面中，选择物种类别，以及核酸类别。然后对弹出的页面信息进行初步甄别，看是否是我们需要检索的内容。
确定后在右侧菜单中，物种筛选人类，以此来缩小检索范围。
找到目的基因条目后，点击打开，页面一直往下翻，找到CDS，点击CDS按钮，点击右下角FASTA进入下一页面。
点击send to，选择Complete Record，选择File，下载项选择FASTA，最后点击Create File将序列文件下载到电脑本地。（也可以直接在这个页面复制序列保存到txt或者word文档内）
接下来使用NCBI数据库中的BLAST在线工具（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）得到同源序列并下载完整的FASTA序列。
在上一个页面直接点击右边工具栏中的--Run BLAST，直接跳转到BLAST工具页面。
点击BLAST按钮，开始检索同源序列。
跳转到这个页面之后需要等一会才会出现结果页面，在线检索结果需要时间。
之后出现的这个页面就是显著对齐序列的结果页。找到自己感兴趣的序列，可以多选条目，点击Download--FASTA (completesequence)，下载序列文件。
这是下载好的4个序列的文件（多选的序列在一个文件内）。
接下来打开DNAMAN软件，菜单栏点击如下图所示图标新建文件（或者快捷键Ctrl+N新建文件）。
把刚刚下载的序列文件，直接全选复制，粘贴到DNAMAN中。
在DNAMAN的窗口全选序列，菜单栏点击Sequence--Selected Sequence Alignment（选择的序列比对），在弹出的窗口点击【是】选项。
在Method选项卡内，不需要修改设置，按照默认设置就行。然后点击下一步。
Pairwise Alignment 选项卡也是按照默认选项，直接点击下一步即可。
这一步依然不需要更改设置，点击完成即可。
以下就是多序列比对结果。
高亮的颜色代表突出同源级别：深蓝色表示该位点所有序列均一致，蓝色或红色表示部分序列一致，无高亮则表示该序列与其他样本序列不匹配，这样看起来所有序列比对的结果就一目了然啦。
然后点击output，Graphic (EMF) File可以导出序列的比对结果图片。
导出的多序列对比图如下：
细心的人肯定已经发现这跟我们文章开篇放的那张图怎么长得不一样。
差异：①序列名称太长；②每一行的碱基数对比起来比较少；③色彩搭配不一样。
这个只需要在DNAMNA内简单设置一下就可以改变比对图的序列名称、每列展示的碱基数以及高亮的颜色。
修改序列名称：在下载同源序列文件后，我们可以使用文本编辑器修改序列的名称（“>”符号后面的文本），只保留序列ID即可（保留红色框住部分，绿色框柱的名称部分可以删除）。修改完之后再把序列号全部复制，粘贴到DNAMAN内进行序列比对。
然后点击Options，点击Preferences选项卡，下图所示，Text的Letters per可以自行设置，下方视图设置的Letters per为100。（这里设置的就是每行展示比对的碱基数）
然后点击Shading homology选项卡，可以自定义设置不同同源度高亮颜色。这个就按照自己的喜好设置就可以了，或者是按照你文章里面的插图配色方案来也行。Highlight homology level（突出同源级别）那默认是选择的50%，可以不改。设置好之后点击确定。
然后点击output，Graphic (EMF) File导出比对结果图。
如果要用比对后的文件做后续的分析，则单击菜单—File—Save As，保存成.msd文件，可以用于构建进化树等分析。
DNAMAN 9软件下载及安装
安装包内还有DNAMAN7、DNAMAN8的安装包，里面有安装教程，有需要的可以自行下载。
下文中以DNAMAN 9安装为例。
下载DNAMAN 9软件安装包，解压安装包。点击setup开始安装。
选择I accept the agreement，点击next。
选择安装路径，点击Next。选择的安装路径不要有中文命名。同时记住你的安装位置，之后会需要替换破解文件至软件安装目录下。
默认安装位置：C:\Program Files(x86)\DNAMAN，点击Install，安装完成，点击finish。
安装完成之后，点击cancel关闭序列号填写页面。
软件安装完成之后已经桌面创建好了快捷方式，鼠标右键点击快捷方式选择【打开文件所在的位置】，可以进入到软件的安装目录。
如没有快捷方式，可以根据你刚刚选择的软件安装目录进入到软件安装目录文件下。
打开安装包，复制DNAMAN文件，粘贴到上一步打开的软件所在的位置中，选择【替换目标中的文件(R)】。
打开DNAMAN软件，提示软件已授权，可以正常使用。
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