太平天国后期，由于太平天国高层的腐化堕落，洪秀全不问政事，军政大权集于其两位兄长之手，导致朝政紊乱，军事上也接连败退，清军逐渐完成了对太平天国都城的合围。
曾国藩和曾国荃率军围攻金陵（天京）时，清廷主要交办了三个政治任务：
一是收复金陵，恢复清朝对江南一带的控制；二是擒获“首逆”洪秀全，彻底摧毁太平天国的有生力量；三是起获传说中洪秀全藏在金陵城中的宝藏，来充实国库，处理多年战乱下来的各种善后事宜。
对第一项任务，曾氏兄弟办的还算可以，于同治三年（1864）成功炸塌城墙，并收复了金陵，但第二和第三项目标都落了空：曾国藩坚称金陵城破后，并未在天王府发现什么宝藏，一点钱都没捞着；而天王洪秀全，早在城破前一个多月就自尽身亡了。
关于洪秀全的死亡时间，清朝的官方记录和太平天国方面的供词都比较一致，应该没有疑问。比较有争议的，是洪秀全的死因。
第一种说法，正如曾国藩所言，是因为清军兵临城下，洪秀全自知翻盘无望而自杀身亡；另一种说法，则认为洪秀全在太平天国后期已经长期病重，刚好在清军攻破金陵前病死了。
关于曾国藩的说辞，是存有疑问的。虽然曾国藩领兵与洪秀全作战多年，但两人从未见过一面，湘军攻破金陵后，曾国藩在天王府见到的，也仅是洪秀全的一具骸骨而已，洪秀全自尽身亡的说法，可能带有一定想象的成分。而另一种关于洪秀全病逝的观点，在太平天国后期仅存的大将李秀成的供词中，得到了印证。
根据李秀成在狱中的供述，在湘军围城之时，金陵城内缺兵少粮，太平天国政权处于岌岌可危的境地。而作为太平天国领袖的天王洪秀全，由于长期不问政事，醉心于其宗教研究当中，此刻已经陷入了几近癫狂的状态。
比如李秀成劝谏洪秀全不要作困兽之斗，应该让城别走，图谋再举时，洪秀全大怒呵斥，自言有天兵天将帮助守城：
“我朕奉上帝圣旨、天兄耶稣圣旨下凡，作天下万国独一真主，何惧之有！不用尔奏，政事不用尔理，尔欲出外去，欲在京，任由于尔。朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖者乎！”
而对于缺粮的问题，李秀成在供词中叙述道，早在金陵城破前二三年间，洪秀全就命人四处采集一种叫“甜露”的野草，储存在仓库之中。洪秀全偏执地认为，食用这种野草有强身健体的功效，每天都以此为食。
因此，很有可能是由于长期食用野草缺乏营养，久而久之洪秀全的身体逐渐衰弱，加之敌军围城形成的巨大精神压力，导致其患上重病，却又因迷信上帝而不积极配合治疗，最终一病不起。
当然，虽然洪秀全是病死，但曾国藩在军事上施加的压力，也是导致洪秀全病情加剧的主要原因。在无法也无需求证洪秀全真实死因的情况下，曾国藩最好的选择是报告洪秀全自尽身亡。
因为如果说他是病死，显得是因为太平天国群龙无首，湘军才攻破了金陵，有运气的成分存在；而如果报告洪秀全自尽，则可以凸显曾国藩的功劳，为曾国藩自己和湘军的部属们捞取更多的政治资本。
